示例#1
0
        public void test_SBMLConvert_convertToL3_localParameters()
        {
            SBMLDocument d = new  SBMLDocument(1, 2);
            Model        m = d.createModel();
            Compartment  c = m.createCompartment();

            c.setId("c");
            Species s = m.createSpecies();

            s.setId("s");
            s.setCompartment("c");
            Reaction         r  = m.createReaction();
            SpeciesReference sr = r.createReactant();

            sr.setSpecies("s");
            KineticLaw kl = r.createKineticLaw();

            kl.setFormula("s*k");
            Parameter p = kl.createParameter();

            p.setId("k");
            assertTrue(kl.getNumLocalParameters() == 0);
            assertTrue(d.setLevelAndVersion(3, 1, false) == true);
            m  = d.getModel();
            r  = m.getReaction(0);
            kl = r.getKineticLaw();
            assertTrue(kl.getNumLocalParameters() == 1);
            LocalParameter lp = kl.getLocalParameter(0);

            d = null;
        }
示例#2
0
        public void test_L3_KineticLaw_addParameter2()
        {
            KineticLaw     kl  = new  KineticLaw(3, 1);
            LocalParameter lp  = new  LocalParameter(3, 1);
            LocalParameter lp1 = new  LocalParameter(3, 1);
            int            i   = kl.addLocalParameter(lp);

            assertTrue(i == libsbml.LIBSBML_INVALID_OBJECT);
            lp.setId("p");
            lp1.setId("p1");
            i = kl.addLocalParameter(lp);
            assertTrue(i == libsbml.LIBSBML_OPERATION_SUCCESS);
            assertTrue(kl.getNumParameters() == 1);
            assertTrue(kl.getNumLocalParameters() == 1);
            i = kl.addParameter(lp1);
            assertTrue(i == libsbml.LIBSBML_OPERATION_SUCCESS);
            assertTrue(kl.getNumParameters() == 2);
            assertTrue(kl.getNumLocalParameters() == 2);
            lp = null;
            kl = null;
        }
示例#3
0
        public void test_L3_KineticLaw_addParameter1()
        {
            KineticLaw kl = new  KineticLaw(3, 1);
            Parameter  p  = new  Parameter(3, 1);
            int        i  = KL.addParameter(p);

            assertTrue(i == libsbml.LIBSBML_INVALID_OBJECT);
            p.setId("p");
            i = KL.addParameter(p);
            assertTrue(i == libsbml.LIBSBML_OPERATION_SUCCESS);
            assertTrue(KL.getNumParameters() == 1);
            assertTrue(KL.getNumLocalParameters() == 1);
            assertTrue(kl.getNumParameters() == 0);
            assertTrue(kl.getNumLocalParameters() == 0);
            i = kl.addParameter(p);
            assertTrue(i == libsbml.LIBSBML_OPERATION_SUCCESS);
            assertTrue(KL.getNumParameters() == 1);
            assertTrue(KL.getNumLocalParameters() == 1);
            assertTrue(kl.getNumParameters() == 1);
            assertTrue(kl.getNumLocalParameters() == 1);
            p  = null;
            kl = null;
        }