public static bool pairwiseangle(OBMol mol, ref double pangle)
{
VectorVecInt mapping = new VectorVecInt();
if (findcarboxylates(mol, ref mapping))
{
double sum = 0;
List <double> angles = new List <double>();
if (mapping.Count > 1)
{
OBAtom c1 = mol.GetAtom(mapping[0][1]);
OBAtom a1 = mol.GetAtom(mapping[0][3]);
OBAtom c2 = mol.GetAtom(mapping[1][1]);
OBAtom a2 = mol.GetAtom(mapping[1][3]);
pangle = pairwiseangle(c1, a1, c2, a2);
return(true);
}
else
{
return(false);
}
}
else
{
return(false);
}
}
/// <summary>
/// Проверка соответствия молекулы паттерну.
/// </summary>
/// <param name="Mol"></param>
/// <param name="DB_Mol"></param>
/// <returns></returns>
private bool CheckMol(string Mol, string DB_Mol)
{
DataBase.Log($"Получены молекула {DB_Mol} и паттерн {Mol}");
DataBase.Log($"Формирование объектов для сравнения");
// Создаём объекты OpenBabel
OBSmartsPattern SP = null;
OBConversion obconv = null;
OBMol mol = null;
try
{
SP = new OBSmartsPattern();
obconv = new OBConversion();
obconv.SetInFormat("smi");
mol = new OBMol();
obconv.ReadString(mol, Mol);
obconv.SetOutFormat("smi");
DataBase.Log($"Объекты сформированы");
}
catch (Exception e)
{
DataBase.Log($"Объекты не сформированы: причина {e.Message}");
}
string Temp = obconv.WriteString(mol);
DataBase.Log($"Обработанный паттерн {Temp}");
if (!mol.DeleteHydrogens())
{
Console.WriteLine("DeleteHidrogens() failed!");
}
; //Убираем все водороды
DataBase.Log($"Водороды убраны");
string SubMol = System.Text.RegularExpressions.Regex.Replace(obconv.WriteString(mol), "[Hh ]", ""); //Убираем все водороды
SP.Init(SubMol); //Задаём структуру поиска в SMARTS
DataBase.Log($"Инициализация поиска по паттерну {SubMol}");
obconv.SetInFormat("smi");
obconv.ReadString(mol, DB_Mol); //Добавляем структуру из БД
SP.Match(mol); //Сравниваем
DataBase.Log($"Сравнение прошло");
VectorVecInt Vec = SP.GetUMapList();
DataBase.Log($"Число совпадений {Vec.Count}");
if (Vec.Count > 0)
{
return(true);
}
else
{
return(false);
}; //Возвращаем результат
}
public static VectorVecInt findcarboxylates(OBMol mol)
{
//finds carboxylates and returns a mapping, mapping must be initialized
OBSmartsPattern findcbxl = new OBSmartsPattern();
findcbxl.Init("[#8]=[#6](-[#8])-*"); //find the carboxylate
var mapping = new VectorVecInt();
findcbxl.Match(mol, mapping, OBSmartsPattern.MatchType.AllUnique);
return(mapping);
}
//functions for evaluating
public static bool findcarboxylates(OBMol mol, ref VectorVecInt mapping)
{
//finds carboxylates and returns a mapping, mapping must be initialized
OBSmartsPattern
findcbxl =
new OBSmartsPattern(); //initialization is sufficiently fast that we do not need to worry about initializing an obsmartspattern and keeping it around
findcbxl.Init("[#8]=[#6](-[#8])-*"); //find the carboxylate
return(findcbxl.Match(mol, mapping, OBSmartsPattern.MatchType.AllUnique));
}
public static void writemaplisttoconsole(VectorVecInt maplist)
{
foreach (VectorInt vi in maplist)
{
string line = "";
///Console.WriteLine("begin");
foreach (int i in vi)
{
//Console.WriteLine(i);
line = line + " " + i;
}
Console.WriteLine(line);
//Console.WriteLine("end");
}
}
public static bool averagepairwiseangle(OBMol mol, ref double avgangle)
{
VectorVecInt mapping = new VectorVecInt();
if (findcarboxylates(mol, ref mapping))
{
double sum = 0;
List <double> angles = new List <double>();
if (mapping.Count > 1)
{
OBAtom c1 = mol.GetAtom(mapping[0][1]);
OBAtom a1 = mol.GetAtom(mapping[0][3]);
OBAtom c2 = mol.GetAtom(mapping[1][1]);
OBAtom a2 = mol.GetAtom(mapping[1][3]);
double pangle = pairwiseangle(c1, a1, c2, a2);
angles.Add(pangle);
sum += pangle;
OBForceField MMFF94 = OBForceField.FindForceField("MMFF94");
MMFF94.Setup(mol);
for (int i = 0; i < 300; i++)
{
MMFF94.MolecularDynamicsTakeNSteps(1, 300, 1.2, 1);
MMFF94.GetCoordinates(mol);
pangle = pairwiseangle(c1, a1, c2,
a2); //this function is sufficiently fast that it does not need to be optimized, molecular dynamics takes about 15 milliseconds per step, this take practically nothing
angles.Add(pangle);
sum += pangle;
}
avgangle = sum / angles.Count;
return(true);
}
else
{
return(false);
}
}
else
{
return(false);
}
}
/// <summary>
/// Проверка соответствия молекулы паттерну.
/// </summary>
/// <param name="Mol"></param>
/// <param name="DB_Mol"></param>
/// <returns></returns>
private bool CheckMol(string Mol, string DB_Mol)
{
// Создаём объекты OpenBabel
OBSmartsPattern SP = new OBSmartsPattern();
OBConversion obconv = new OBConversion();
obconv.SetInFormat("smi");
OBMol mol = new OBMol();
obconv.ReadString(mol, Mol);
obconv.SetOutFormat("smi");
string Temp = obconv.WriteString(mol);
if (!mol.DeleteHydrogens())
{
Console.WriteLine("DeleteHidrogens() failed!");
}
; //Убираем все водороды
string SubMol = System.Text.RegularExpressions.Regex.Replace(obconv.WriteString(mol), "[Hh ]", ""); //Убираем все водороды
SP.Init(SubMol); //Задаём структуру поиска в SMARTS
obconv.SetInFormat("smi");
obconv.ReadString(mol, DB_Mol); //Добавляем структуру из БД
SP.Match(mol); //Сравниваем
VectorVecInt Vec = SP.GetUMapList();
if (Vec.Count > 0)
{
return(true);
}
else
{
return(false);
}; //Возвращаем результат
}
