public QMatch FindBestScore(double MZ, int Charge, double IsoRatio, double MinRT, double MaxRT)
{
MSMatch First = null, Best = null;
QMatch Res = new QMatch();
Res.Clean();
Res.MSMatches = new List <MSMatch>();
double FirstIso = 0.0, SecondIso = 0.0;
double BestScore = 0.0, fs = 0.0;
int BestIndex = 0;
int Scan = 0;
double AveRT = (MinRT + MaxRT) / 2;
RawFile.ScanNumFromRT(AveRT, ref Scan);
Scan = ms2index[Scan];
//отступаем до минимального времени RT в массиве спектров
double LowMZ = (MZ * Charge + (float)1.007277) / (Charge + 1);
double HighMZ;
if (Charge > 1)
{
HighMZ = (MZ * Charge - 1.007277) / (Charge - 1);
}
else
{
HighMZ = 0.0;
}
while (Scan > 0 && RawSpectra[Scan].RT >= MinRT)
{
Scan = IndexRev[Scan];
}
//цикл поиска лучшего
while (Scan != -1 && RawSpectra[Scan].RT <= MaxRT)
{
if (Settings.Default.Deconvolution) //прихватываем другие зарядовые состояния
{
First = FindMatchwithCharges(Scan, MZ, Charge, LowMZ, HighMZ);
}
else
{
First = FindMatch(Scan, MZ, Charge);
}
//если не найден сам пик или его первый изотоп - сбрасываем
if (First.Score == 0.0 || First.SecondIsotope == 0.0)
{
Scan = IndexDir[Scan];
continue;
}
FirstIso = First.FirstIsotope +
(First.UpperCharges == null ? 0 : First.UpperCharges.FirstIsotope) +
(First.LowerCharges == null ? 0 : First.LowerCharges.FirstIsotope);
SecondIso = First.SecondIsotope +
(First.UpperCharges == null ? 0 : First.UpperCharges.SecondIsotope) +
(First.LowerCharges == null ? 0 : First.LowerCharges.SecondIsotope);
fs = SecondIso / FirstIso;
double CurrentScore = First.Score +
(First.UpperCharges == null ? 0 : First.UpperCharges.Score) +
(First.LowerCharges == null ? 0 : First.LowerCharges.Score);
//пик может распространяться за границы, но апекс должен быть внутри
if (CurrentScore > BestScore && fs > IsoRatio * 0.5 && fs < IsoRatio * 2)
{
BestScore = CurrentScore;
BestIndex = Scan;
Best = First;
}
//переходим к следующему full-ms
Scan = IndexDir[Scan];
}
if (BestScore == 0.0)
{
return(null);
}
//если хоть что-то нашли
//добавляем наибольшее
LowMZ = (Best.MZ * Charge + (float)1.007277) / (Charge + 1);
if (Charge > 1)
{
HighMZ = (MZ * Charge - 1.007277) / (Charge - 1);
}
else
{
HighMZ = 0.0;
}
Res.ApexRT = Best.RT;
Res.MSMatches.Add(Best);
//берем сплошную область вокруг Best - вперед
for (Scan = IndexDir[BestIndex]; Scan > 0; Scan = IndexDir[Scan])
{
if (Settings.Default.Deconvolution) //прихватываем другие зарядовые состояния
{
First = FindMatchwithCharges(Scan, Best.MZ, Charge, LowMZ, HighMZ);
}
else
{
First = FindMatch(Scan, Best.MZ, Charge);
}
if (First.Score == 0.0 || First.SecondIsotope == 0.0)
{
Res.MSMatches.Add(First);
break;
}
fs = First.SecondIsotope / First.FirstIsotope;
//включаем здесь контроль по соотношению изотопов
//if (fs < IsoRatio*0.5 || fs > IsoRatio * 2 ){
// break;
//}
Res.MSMatches.Add(First);
}
//берем сплошную область вокруг Best - назад
for (Scan = IndexRev[BestIndex]; Scan > 0; Scan = IndexRev[Scan])
{
if (Settings.Default.Deconvolution) //прихватываем другие зарядовые состояния
{
First = FindMatchwithCharges(Scan, Best.MZ, Charge, LowMZ, HighMZ);
}
else
{
First = FindMatch(Scan, Best.MZ, Charge);
}
if (First.Score == 0.0 || First.SecondIsotope == 0.0)
{
Res.MSMatches.Add(First);
break;
}
fs = First.SecondIsotope / First.FirstIsotope;
//включаем здесь контроль по соотношению изотопов
//if (fs < IsoRatio*0.5 || fs > IsoRatio * 2 ){
// break;
//}
Res.MSMatches.Insert(0, First);
}
Res.Estimate(IsoRatio);
Res.CleanUp();
return(Res);
}
public void CutTails(QMatch Ext)
{
//упрощенная версия - от апекса
double Shift = ApexRT - Ext.ApexRT;
//double Shift = -Ext.Shift;
int CutOff, i;
if (MSMatches == null || Ext.MSMatches == null)
{
return;
}
//сортируем
//передние хвосты
if (MSMatches[0].RT - Shift > Ext.MSMatches[0].RT)
{
//наш хвост короче
for (i = 1; i < Ext.MSMatches.Count; i++)
{
if (MSMatches[0].RT - Shift < Ext.MSMatches[i].RT)
{
break;
}
}
if (i < Ext.MSMatches.Count)
{
//Ext.MSMatches.RemoveRange(0,i-1);
////ноль будет объявлен там же где и ноль у образца
//Temp = ((MSMatches[0].RT - Shift) - Ext.MSMatches[i-1].RT)/2;
//Ext.MSMatches[i-1].RT = MSMatches[0].RT - Shift;
//Ext.MSMatches[i].RT = Ext.MSMatches[i].RT + Temp;
CutOff = (Math.Abs(MSMatches[0].RT - Shift - Ext.MSMatches[i].RT) < Math.Abs(MSMatches[0].RT - Shift - Ext.MSMatches[i - 1].RT))?i:i - 1;
//Ext.MSMatches.RemoveRange(0,CutOff); - предидущее
if (CutOff > 0)
{
Ext.MSMatches[CutOff - 1].Score = 0.0;
Ext.MSMatches.RemoveRange(0, CutOff - 1);
}
}
}
else
{
//их хвост короче
for (i = 1; i < MSMatches.Count; i++)
{
if (Ext.MSMatches[0].RT + Shift < MSMatches[i].RT)
{
break;
}
}
if (i < MSMatches.Count)
{
CutOff = (Math.Abs(MSMatches[i].RT - Shift - Ext.MSMatches[0].RT) < Math.Abs(MSMatches[i - 1].RT - Shift - Ext.MSMatches[0].RT))?i:i - 1;
//MSMatches.RemoveRange(0,CutOff);- предидущее
if (CutOff > 0)
{
MSMatches[CutOff - 1].Score = 0.0;
MSMatches.RemoveRange(0, CutOff - 1);
}
}
}
//задние хвосты
int IntCount = MSMatches.Count - 1;
int ExtCount = Ext.MSMatches.Count - 1;
if (MSMatches[IntCount].RT - Shift < Ext.MSMatches[ExtCount].RT)
{
//наш хвост короче
for (i = ExtCount - 1; i >= 0; i--)
{
if (MSMatches[IntCount].RT - Shift > Ext.MSMatches[i].RT)
{
break;
}
}
if (i >= 0)
{
CutOff = (Math.Abs(MSMatches[IntCount].RT - Shift - Ext.MSMatches[i].RT) < Math.Abs(MSMatches[IntCount].RT - Shift - Ext.MSMatches[i + 1].RT))?i:i + 1;
//Ext.MSMatches.RemoveRange(CutOff+1, ExtCount-CutOff); - предыдущее
if (CutOff < Ext.MSMatches.Count - 1)
{
Ext.MSMatches[CutOff + 1].Score = 0.0;
Ext.MSMatches.RemoveRange(CutOff + 2, ExtCount - CutOff - 1);
}
}
}
else
{
//их хвост короче
for (i = IntCount - 1; i >= 0; i--)
{
if (Ext.MSMatches[ExtCount].RT + Shift > MSMatches[i].RT)
{
break;
}
}
if (i >= 0)
{
CutOff = (Math.Abs(MSMatches[i].RT - Shift - Ext.MSMatches[ExtCount].RT) < Math.Abs(MSMatches[i + 1].RT - Shift - Ext.MSMatches[ExtCount].RT))?i:i + 1;
//MSMatches.RemoveRange(CutOff+1, IntCount-CutOff);- предыдущее
if (CutOff < MSMatches.Count - 1)
{
MSMatches[CutOff + 1].Score = 0.0;
MSMatches.RemoveRange(CutOff + 2, IntCount - CutOff - 1);
}
}
}
this.Estimate(IsotopeRatio);
Ext.Estimate(Ext.IsotopeRatio);
}
public void CutTails1(QMatch Ext)
{
double Shift0 = ApexRT - Ext.ApexRT;
double Shift = -Ext.Shift;
double Temp;
int i;
if (MSMatches == null || Ext.MSMatches == null)
{
return;
}
//сортируем
//передние хвосты
if (MSMatches[0].RT - Shift > Ext.MSMatches[0].RT)
{
//наш хвост короче
for (i = 1; i < Ext.MSMatches.Count; i++)
{
if (MSMatches[0].RT - Shift < Ext.MSMatches[i].RT)
{
break;
}
}
if (i < Ext.MSMatches.Count)
{
Ext.MSMatches.RemoveRange(0, i - 1);
//ноль будет объявлен там же где и ноль у образца
Temp = ((MSMatches[0].RT - Shift) - Ext.MSMatches[0].RT) / 2;
Ext.MSMatches[0].RT = MSMatches[0].RT - Shift;
Ext.MSMatches[0].Score = 0.0;
Ext.MSMatches[1].RT = Ext.MSMatches[1].RT + Temp;
// CutOff = (Math.Abs(MSMatches[0].RT - Shift - Ext.MSMatches[i].RT) < Math.Abs(MSMatches[0].RT - Shift - Ext.MSMatches[i-1].RT))?i:i-1;
// Ext.MSMatches.RemoveRange(0,CutOff);
}
}
else
{
//их хвост короче
for (i = 1; i < MSMatches.Count; i++)
{
if (Ext.MSMatches[0].RT + Shift < MSMatches[i].RT)
{
break;
}
}
if (i < MSMatches.Count)
{
MSMatches.RemoveRange(0, i - 1);
//ноль будет объявлен там же где и ноль у образца
Temp = (Ext.MSMatches[0].RT - (MSMatches[0].RT - Shift)) / 2;
MSMatches[0].RT = Ext.MSMatches[0].RT + Shift;
MSMatches[0].Score = 0.0;
MSMatches[1].RT = MSMatches[1].RT + Temp;
//CutOff = (Math.Abs(MSMatches[i].RT - Shift - Ext.MSMatches[0].RT) < Math.Abs(MSMatches[i-1].RT - Shift - Ext.MSMatches[0].RT))?i:i-1;
//MSMatches.RemoveRange(0,CutOff);
}
}
//задние хвосты
int IntCount = MSMatches.Count - 1;
int ExtCount = Ext.MSMatches.Count - 1;
if (MSMatches[IntCount].RT - Shift < Ext.MSMatches[ExtCount].RT)
{
//наш хвост короче
for (i = ExtCount - 1; i >= 0; i--)
{
if (MSMatches[IntCount].RT - Shift > Ext.MSMatches[i].RT)
{
break;
}
}
if (i >= 0)
{
Ext.MSMatches.RemoveRange(i + 2, Ext.MSMatches.Count - i - 2);
//ноль будет объявлен там же где и ноль у образца
Temp = ((MSMatches[MSMatches.Count - 1].RT - Shift) - Ext.MSMatches[Ext.MSMatches.Count - 1].RT) / 2;
Ext.MSMatches[Ext.MSMatches.Count - 1].RT = MSMatches[MSMatches.Count - 1].RT - Shift;
Ext.MSMatches[Ext.MSMatches.Count - 1].Score = 0.0;
Ext.MSMatches[Ext.MSMatches.Count - 2].RT = Ext.MSMatches[Ext.MSMatches.Count - 2].RT + Temp;
//CutOff = (Math.Abs(MSMatches[IntCount].RT - Shift - Ext.MSMatches[i].RT) < Math.Abs(MSMatches[IntCount].RT - Shift - Ext.MSMatches[i+1].RT))?i:i+1;
//Ext.MSMatches.RemoveRange(CutOff+1, ExtCount-CutOff);
}
}
else
{
//их хвост короче
for (i = IntCount - 1; i >= 0; i--)
{
if (Ext.MSMatches[ExtCount].RT + Shift > MSMatches[i].RT)
{
break;
}
}
if (i >= 0)
{
MSMatches.RemoveRange(i + 2, MSMatches.Count - i - 2);
//ноль будет объявлен там же где и ноль у образца
Temp = (Ext.MSMatches[Ext.MSMatches.Count - 1].RT - (MSMatches[MSMatches.Count - 1].RT - Shift)) / 2;
MSMatches[MSMatches.Count - 1].RT = Ext.MSMatches[Ext.MSMatches.Count - 1].RT + Shift;
MSMatches[MSMatches.Count - 1].Score = 0.0;
MSMatches[MSMatches.Count - 2].RT = MSMatches[MSMatches.Count - 2].RT + Temp;
//CutOff = (Math.Abs(MSMatches[i].RT - Shift - Ext.MSMatches[ExtCount].RT) < Math.Abs(MSMatches[i+1].RT - Shift - Ext.MSMatches[ExtCount].RT))?i:i+1;
//MSMatches.RemoveRange(CutOff+1, IntCount-CutOff);
}
}
this.Estimate(IsotopeRatio);
Ext.Estimate(Ext.IsotopeRatio);
}
