public QMatch FindBestScore(double MZ, int Charge, double IsoRatio, double MinRT, double MaxRT) { MSMatch First = null, Best = null; QMatch Res = new QMatch(); Res.Clean(); Res.MSMatches = new List <MSMatch>(); double FirstIso = 0.0, SecondIso = 0.0; double BestScore = 0.0, fs = 0.0; int BestIndex = 0; int Scan = 0; double AveRT = (MinRT + MaxRT) / 2; RawFile.ScanNumFromRT(AveRT, ref Scan); Scan = ms2index[Scan]; //отступаем до минимального времени RT в массиве спектров double LowMZ = (MZ * Charge + (float)1.007277) / (Charge + 1); double HighMZ; if (Charge > 1) { HighMZ = (MZ * Charge - 1.007277) / (Charge - 1); } else { HighMZ = 0.0; } while (Scan > 0 && RawSpectra[Scan].RT >= MinRT) { Scan = IndexRev[Scan]; } //цикл поиска лучшего while (Scan != -1 && RawSpectra[Scan].RT <= MaxRT) { if (Settings.Default.Deconvolution) //прихватываем другие зарядовые состояния { First = FindMatchwithCharges(Scan, MZ, Charge, LowMZ, HighMZ); } else { First = FindMatch(Scan, MZ, Charge); } //если не найден сам пик или его первый изотоп - сбрасываем if (First.Score == 0.0 || First.SecondIsotope == 0.0) { Scan = IndexDir[Scan]; continue; } FirstIso = First.FirstIsotope + (First.UpperCharges == null ? 0 : First.UpperCharges.FirstIsotope) + (First.LowerCharges == null ? 0 : First.LowerCharges.FirstIsotope); SecondIso = First.SecondIsotope + (First.UpperCharges == null ? 0 : First.UpperCharges.SecondIsotope) + (First.LowerCharges == null ? 0 : First.LowerCharges.SecondIsotope); fs = SecondIso / FirstIso; double CurrentScore = First.Score + (First.UpperCharges == null ? 0 : First.UpperCharges.Score) + (First.LowerCharges == null ? 0 : First.LowerCharges.Score); //пик может распространяться за границы, но апекс должен быть внутри if (CurrentScore > BestScore && fs > IsoRatio * 0.5 && fs < IsoRatio * 2) { BestScore = CurrentScore; BestIndex = Scan; Best = First; } //переходим к следующему full-ms Scan = IndexDir[Scan]; } if (BestScore == 0.0) { return(null); } //если хоть что-то нашли //добавляем наибольшее LowMZ = (Best.MZ * Charge + (float)1.007277) / (Charge + 1); if (Charge > 1) { HighMZ = (MZ * Charge - 1.007277) / (Charge - 1); } else { HighMZ = 0.0; } Res.ApexRT = Best.RT; Res.MSMatches.Add(Best); //берем сплошную область вокруг Best - вперед for (Scan = IndexDir[BestIndex]; Scan > 0; Scan = IndexDir[Scan]) { if (Settings.Default.Deconvolution) //прихватываем другие зарядовые состояния { First = FindMatchwithCharges(Scan, Best.MZ, Charge, LowMZ, HighMZ); } else { First = FindMatch(Scan, Best.MZ, Charge); } if (First.Score == 0.0 || First.SecondIsotope == 0.0) { Res.MSMatches.Add(First); break; } fs = First.SecondIsotope / First.FirstIsotope; //включаем здесь контроль по соотношению изотопов //if (fs < IsoRatio*0.5 || fs > IsoRatio * 2 ){ // break; //} Res.MSMatches.Add(First); } //берем сплошную область вокруг Best - назад for (Scan = IndexRev[BestIndex]; Scan > 0; Scan = IndexRev[Scan]) { if (Settings.Default.Deconvolution) //прихватываем другие зарядовые состояния { First = FindMatchwithCharges(Scan, Best.MZ, Charge, LowMZ, HighMZ); } else { First = FindMatch(Scan, Best.MZ, Charge); } if (First.Score == 0.0 || First.SecondIsotope == 0.0) { Res.MSMatches.Add(First); break; } fs = First.SecondIsotope / First.FirstIsotope; //включаем здесь контроль по соотношению изотопов //if (fs < IsoRatio*0.5 || fs > IsoRatio * 2 ){ // break; //} Res.MSMatches.Insert(0, First); } Res.Estimate(IsoRatio); Res.CleanUp(); return(Res); }
public void CutTails(QMatch Ext) { //упрощенная версия - от апекса double Shift = ApexRT - Ext.ApexRT; //double Shift = -Ext.Shift; int CutOff, i; if (MSMatches == null || Ext.MSMatches == null) { return; } //сортируем //передние хвосты if (MSMatches[0].RT - Shift > Ext.MSMatches[0].RT) { //наш хвост короче for (i = 1; i < Ext.MSMatches.Count; i++) { if (MSMatches[0].RT - Shift < Ext.MSMatches[i].RT) { break; } } if (i < Ext.MSMatches.Count) { //Ext.MSMatches.RemoveRange(0,i-1); ////ноль будет объявлен там же где и ноль у образца //Temp = ((MSMatches[0].RT - Shift) - Ext.MSMatches[i-1].RT)/2; //Ext.MSMatches[i-1].RT = MSMatches[0].RT - Shift; //Ext.MSMatches[i].RT = Ext.MSMatches[i].RT + Temp; CutOff = (Math.Abs(MSMatches[0].RT - Shift - Ext.MSMatches[i].RT) < Math.Abs(MSMatches[0].RT - Shift - Ext.MSMatches[i - 1].RT))?i:i - 1; //Ext.MSMatches.RemoveRange(0,CutOff); - предидущее if (CutOff > 0) { Ext.MSMatches[CutOff - 1].Score = 0.0; Ext.MSMatches.RemoveRange(0, CutOff - 1); } } } else { //их хвост короче for (i = 1; i < MSMatches.Count; i++) { if (Ext.MSMatches[0].RT + Shift < MSMatches[i].RT) { break; } } if (i < MSMatches.Count) { CutOff = (Math.Abs(MSMatches[i].RT - Shift - Ext.MSMatches[0].RT) < Math.Abs(MSMatches[i - 1].RT - Shift - Ext.MSMatches[0].RT))?i:i - 1; //MSMatches.RemoveRange(0,CutOff);- предидущее if (CutOff > 0) { MSMatches[CutOff - 1].Score = 0.0; MSMatches.RemoveRange(0, CutOff - 1); } } } //задние хвосты int IntCount = MSMatches.Count - 1; int ExtCount = Ext.MSMatches.Count - 1; if (MSMatches[IntCount].RT - Shift < Ext.MSMatches[ExtCount].RT) { //наш хвост короче for (i = ExtCount - 1; i >= 0; i--) { if (MSMatches[IntCount].RT - Shift > Ext.MSMatches[i].RT) { break; } } if (i >= 0) { CutOff = (Math.Abs(MSMatches[IntCount].RT - Shift - Ext.MSMatches[i].RT) < Math.Abs(MSMatches[IntCount].RT - Shift - Ext.MSMatches[i + 1].RT))?i:i + 1; //Ext.MSMatches.RemoveRange(CutOff+1, ExtCount-CutOff); - предыдущее if (CutOff < Ext.MSMatches.Count - 1) { Ext.MSMatches[CutOff + 1].Score = 0.0; Ext.MSMatches.RemoveRange(CutOff + 2, ExtCount - CutOff - 1); } } } else { //их хвост короче for (i = IntCount - 1; i >= 0; i--) { if (Ext.MSMatches[ExtCount].RT + Shift > MSMatches[i].RT) { break; } } if (i >= 0) { CutOff = (Math.Abs(MSMatches[i].RT - Shift - Ext.MSMatches[ExtCount].RT) < Math.Abs(MSMatches[i + 1].RT - Shift - Ext.MSMatches[ExtCount].RT))?i:i + 1; //MSMatches.RemoveRange(CutOff+1, IntCount-CutOff);- предыдущее if (CutOff < MSMatches.Count - 1) { MSMatches[CutOff + 1].Score = 0.0; MSMatches.RemoveRange(CutOff + 2, IntCount - CutOff - 1); } } } this.Estimate(IsotopeRatio); Ext.Estimate(Ext.IsotopeRatio); }
public void CutTails1(QMatch Ext) { double Shift0 = ApexRT - Ext.ApexRT; double Shift = -Ext.Shift; double Temp; int i; if (MSMatches == null || Ext.MSMatches == null) { return; } //сортируем //передние хвосты if (MSMatches[0].RT - Shift > Ext.MSMatches[0].RT) { //наш хвост короче for (i = 1; i < Ext.MSMatches.Count; i++) { if (MSMatches[0].RT - Shift < Ext.MSMatches[i].RT) { break; } } if (i < Ext.MSMatches.Count) { Ext.MSMatches.RemoveRange(0, i - 1); //ноль будет объявлен там же где и ноль у образца Temp = ((MSMatches[0].RT - Shift) - Ext.MSMatches[0].RT) / 2; Ext.MSMatches[0].RT = MSMatches[0].RT - Shift; Ext.MSMatches[0].Score = 0.0; Ext.MSMatches[1].RT = Ext.MSMatches[1].RT + Temp; // CutOff = (Math.Abs(MSMatches[0].RT - Shift - Ext.MSMatches[i].RT) < Math.Abs(MSMatches[0].RT - Shift - Ext.MSMatches[i-1].RT))?i:i-1; // Ext.MSMatches.RemoveRange(0,CutOff); } } else { //их хвост короче for (i = 1; i < MSMatches.Count; i++) { if (Ext.MSMatches[0].RT + Shift < MSMatches[i].RT) { break; } } if (i < MSMatches.Count) { MSMatches.RemoveRange(0, i - 1); //ноль будет объявлен там же где и ноль у образца Temp = (Ext.MSMatches[0].RT - (MSMatches[0].RT - Shift)) / 2; MSMatches[0].RT = Ext.MSMatches[0].RT + Shift; MSMatches[0].Score = 0.0; MSMatches[1].RT = MSMatches[1].RT + Temp; //CutOff = (Math.Abs(MSMatches[i].RT - Shift - Ext.MSMatches[0].RT) < Math.Abs(MSMatches[i-1].RT - Shift - Ext.MSMatches[0].RT))?i:i-1; //MSMatches.RemoveRange(0,CutOff); } } //задние хвосты int IntCount = MSMatches.Count - 1; int ExtCount = Ext.MSMatches.Count - 1; if (MSMatches[IntCount].RT - Shift < Ext.MSMatches[ExtCount].RT) { //наш хвост короче for (i = ExtCount - 1; i >= 0; i--) { if (MSMatches[IntCount].RT - Shift > Ext.MSMatches[i].RT) { break; } } if (i >= 0) { Ext.MSMatches.RemoveRange(i + 2, Ext.MSMatches.Count - i - 2); //ноль будет объявлен там же где и ноль у образца Temp = ((MSMatches[MSMatches.Count - 1].RT - Shift) - Ext.MSMatches[Ext.MSMatches.Count - 1].RT) / 2; Ext.MSMatches[Ext.MSMatches.Count - 1].RT = MSMatches[MSMatches.Count - 1].RT - Shift; Ext.MSMatches[Ext.MSMatches.Count - 1].Score = 0.0; Ext.MSMatches[Ext.MSMatches.Count - 2].RT = Ext.MSMatches[Ext.MSMatches.Count - 2].RT + Temp; //CutOff = (Math.Abs(MSMatches[IntCount].RT - Shift - Ext.MSMatches[i].RT) < Math.Abs(MSMatches[IntCount].RT - Shift - Ext.MSMatches[i+1].RT))?i:i+1; //Ext.MSMatches.RemoveRange(CutOff+1, ExtCount-CutOff); } } else { //их хвост короче for (i = IntCount - 1; i >= 0; i--) { if (Ext.MSMatches[ExtCount].RT + Shift > MSMatches[i].RT) { break; } } if (i >= 0) { MSMatches.RemoveRange(i + 2, MSMatches.Count - i - 2); //ноль будет объявлен там же где и ноль у образца Temp = (Ext.MSMatches[Ext.MSMatches.Count - 1].RT - (MSMatches[MSMatches.Count - 1].RT - Shift)) / 2; MSMatches[MSMatches.Count - 1].RT = Ext.MSMatches[Ext.MSMatches.Count - 1].RT + Shift; MSMatches[MSMatches.Count - 1].Score = 0.0; MSMatches[MSMatches.Count - 2].RT = MSMatches[MSMatches.Count - 2].RT + Temp; //CutOff = (Math.Abs(MSMatches[i].RT - Shift - Ext.MSMatches[ExtCount].RT) < Math.Abs(MSMatches[i+1].RT - Shift - Ext.MSMatches[ExtCount].RT))?i:i+1; //MSMatches.RemoveRange(CutOff+1, IntCount-CutOff); } } this.Estimate(IsotopeRatio); Ext.Estimate(Ext.IsotopeRatio); }