Esempio n. 1
0
        public static Atomo CriarAtomo(string linhaArquivoPdb)
        {
            if (!string.IsNullOrWhiteSpace(linhaArquivoPdb))
            {
                try
                {
                    var atomo = new Atomo();

                    atomo.Tipo    = (linhaArquivoPdb.Substring(0, 6).Trim().Equals("ATOM") ? TipoAtomo.Atomo : TipoAtomo.Heteroatomo);
                    atomo.ID      = Convert.ToInt32(linhaArquivoPdb.Substring(6, 5).Trim());
                    atomo.Nome    = linhaArquivoPdb.Substring(12, 4).Trim().ToUpper();
                    atomo.Residuo = linhaArquivoPdb.Substring(17, 3).Trim().ToUpper();
                    atomo.X       = Convert.ToDouble(linhaArquivoPdb.Substring(30, 8).Replace('.', ',').Trim());
                    atomo.Y       = Convert.ToDouble(linhaArquivoPdb.Substring(38, 8).Replace('.', ',').Trim());
                    atomo.Z       = Convert.ToDouble(linhaArquivoPdb.Substring(46, 8).Replace('.', ',').Trim());

                    return(atomo);
                }
                catch (ArgumentOutOfRangeException)
                {
                    throw new OperationCanceledException(
                              "A linha do arquivo Pdb não estava em uma tabulação válida."
                              );
                }
            }

            return(null);
        }
Esempio n. 2
0
 public double CalcularDistanciaEuclidiana(Atomo atomo)
 {
     return(Math.Sqrt(
                ((this.X - atomo.X) * (this.X - atomo.X)) +
                ((this.Y - atomo.Y) * (this.Y - atomo.Y)) +
                ((this.Z - atomo.Z) * (this.Z - atomo.Z))
                ));
 }
Esempio n. 3
0
        private IEnumerable <Atomo> EnumerarAtomosPorArquivo(string caminho)
        {
            var arquivo = File.ReadLines(caminho);

            if (arquivo.Count() > 0)
            {
                foreach (var linha in arquivo)
                {
                    yield return(Atomo.CriarAtomo(linha));
                }
            }
        }
 public static bool AtomoHidrofobico(Atomo atomo)
 {
     return(_classificacaoHidrofobica.Any(n => n.Residuo.Equals(atomo.Residuo) && n.Nome.Equals(atomo.Nome)));
 }