static void Main(string[] args)
{
string file = "C:\\Users\\nydzi\\Downloads\\database\\DATA_DICOM\\drsprg_053\\drsprg_053_ANT.dcm";
gdcm.PixmapReader reader = new gdcm.PixmapReader();
reader.SetFileName(file);
if (!reader.Read())
{
Console.WriteLine("pomijam: {0}", file);
}
var dcm = DICOMObject.Read(file);
var pxSpacing = dcm.FindFirst(TagHelper.PixelSpacing);
Console.WriteLine("Rozmiar piksela: {0}mm x {1}mm", pxSpacing.DData_[0], pxSpacing.DData_[1]);
gdcm.Bitmap bmjpeg2000 = pxmap2jpeg2000(reader.GetPixmap());
Bitmap[] X = gdcmBitmap2Bitmap(bmjpeg2000);
for (int i = 0; i < X.Length; i++)
{
String name = String.Format("{0}_warstwa{1}.bmp", file, i);
X[i].Save(name);
Console.WriteLine("konwersja do: {0}", name);
}
}
public static Texture2D[] ConvertToTexture(string file)
{
gdcm.PixmapReader reader = new gdcm.PixmapReader();
reader.SetFileName(file);
if (!reader.Read())
{
Console.WriteLine("pomijam: {0}", file);
}
gdcm.Bitmap bmjpeg2000 = pxmap2jpeg2000(reader.GetPixmap());
Bitmap[] X = gdcmBitmap2Bitmap(bmjpeg2000);
Texture2D[] textures = new Texture2D[X.Length];
for (int i = 0; i < X.Length; i++)
{
MemoryStream ms = new MemoryStream();
X[i].Save(ms, ImageFormat.Png);
var buffer = new byte[ms.Length];
ms.Position = 0;
ms.Read(buffer, 0, buffer.Length);
Texture2D t = new Texture2D(1, 1);
t.LoadImage(buffer);
textures[i] = t;
}
return(textures);
}
public List <string> GetImages(string patientId)
{
var images = new List <string>();
string resultString = string.Empty;
gdcm.ERootType typ = gdcm.ERootType.ePatientRootType;
gdcm.EQueryLevel poziom = gdcm.EQueryLevel.ePatient;
gdcm.KeyValuePairArrayType klucze = new gdcm.KeyValuePairArrayType();
gdcm.KeyValuePairType klucz1 = new gdcm.KeyValuePairType(new gdcm.Tag(0x0010, 0x0020), patientId);
klucze.Add(klucz1);
gdcm.BaseRootQuery zapytanie = gdcm.CompositeNetworkFunctions.ConstructQuery(typ, poziom, klucze, true);
string odebrane = System.IO.Path.Combine(".", "odebrane");
if (!System.IO.Directory.Exists(odebrane))
{
System.IO.Directory.CreateDirectory(odebrane);
}
string dane = System.IO.Path.Combine(odebrane, System.IO.Path.GetRandomFileName());
System.IO.Directory.CreateDirectory(dane);
bool stan = gdcm.CompositeNetworkFunctions.CMove(this.pacsConfiguration.ipPACS,
this.pacsConfiguration.portPACS,
zapytanie, this.pacsConfiguration.portMove,
this.pacsConfiguration.myAET,
this.pacsConfiguration.callAET,
dane);
List <string> pliki = new List <string>(System.IO.Directory.EnumerateFiles(dane));
foreach (string plik in pliki)
{
gdcm.PixmapReader reader = new gdcm.PixmapReader();
reader.SetFileName(plik);
if (!reader.Read())
{
// do not remove!!!!
continue;
}
gdcm.Bitmap bmjpeg2000 = BitmapCoder.pxmap2jpeg2000(reader.GetPixmap());
Bitmap[] X = BitmapCoder.gdcmBitmap2Bitmap(bmjpeg2000);
for (int i = 0; i < X.Length; i++)
{
string name = String.Format("{0}_warstwa{1}.jpg", plik, i);
X[i].Save(name);
images.Add(name);
}
}
return(images);
}
public static Bitmap[] gdcmBitmap2Bitmap(gdcm.Bitmap bmjpeg2000)
{
// przekonwertuj teraz na bitmapę C#
uint cols = bmjpeg2000.GetColumns();
uint rows = bmjpeg2000.GetRows();
// wartość zwracana - tyle obrazków, ile warstw
Bitmap[] ret = new Bitmap[1];
// bufor
byte[] bufor = new byte[bmjpeg2000.GetBufferLength()];
if (!bmjpeg2000.GetBuffer(bufor))
{
throw new Exception("błąd pobrania bufora");
}
// w strumieniu na każdy piksel 2 bajty; tutaj LittleEndian (mnie znaczący bajt wcześniej)
Bitmap X = new Bitmap((int)rows / 3, (int)cols / 3);
double[,] Y = new double[rows, cols];
double m = 0;
int stride = (int)cols * 4;
int size = (int)rows * stride;
for (int r = 0; r < bufor.Length - 1; r++)
{
// przeskalujemy potem do wartości max.
if (bufor[r] * 256 + bufor[r + 1] > m)
{
m = bufor[r] * 256 + bufor[r + 1];
}
}
// wolniejsza metoda tworzenia bitmapy
for (int r = 0; r < rows / 3; r++)
{
for (int c = 0; c < cols / 3; c++)
{
int index = c * 3 * stride + 3 * r * 3;
if (index + 2 < bufor.Length)
{
int red = (int)(255 * (bufor[index] * 256 + bufor[index + 1]) / m);
int green = (int)(255 * (bufor[index + 1] * 256 + bufor[index + 2]) / m);
int blue = (int)(255 * (bufor[index + 2] * 256 + bufor[index + 3]) / m);
X.SetPixel(r, c, Color.FromArgb(red, green, blue));
}
}
}
// kolejna bitmapa
ret[0] = X;
return(ret);
}
public static Bitmap[] gdcmBitmap2Bitmap(gdcm.Bitmap bmjpeg2000)
{
// przekonwertuj teraz na bitmapę C#
uint cols = bmjpeg2000.GetDimension(0);
uint rows = bmjpeg2000.GetDimension(1);
uint layers = bmjpeg2000.GetDimension(2);
// wartość zwracana - tyle obrazków, ile warstw
Bitmap[] ret = new Bitmap[layers];
// bufor
byte[] bufor = new byte[bmjpeg2000.GetBufferLength()];
if (!bmjpeg2000.GetBuffer(bufor))
{
throw new Exception("błąd pobrania bufora");
}
// w strumieniu na każdy piksel 2 bajty; tutaj LittleEndian (mnie znaczący bajt wcześniej)
for (uint l = 0; l < layers; l++)
{
Bitmap X = new Bitmap((int)cols, (int)rows);
double[,] Y = new double[cols, rows];
double m = 0;
for (int r = 0; r < rows; r++)
{
for (int c = 0; c < cols; c++)
{
// współrzędne w strumieniu
int j = ((int)(l * rows * cols) + (int)(r * cols) + (int)c) * 2;
Y[r, c] = (double)bufor[j + 1] * 256 + (double)bufor[j];
// przeskalujemy potem do wartości max.
if (Y[r, c] > m)
{
m = Y[r, c];
}
}
}
// wolniejsza metoda tworzenia bitmapy
for (int r = 0; r < rows; r++)
{
for (int c = 0; c < cols; c++)
{
int f = (int)(255 * (Y[r, c] / m));
X.SetPixel(c, r, Color.FromArgb(f, f, f));
}
}
// kolejna bitmapa
ret[l] = X;
}
return(ret);
}
// przekonwertuj do formatu bezstratnego JPEG2000
// na podstawie: http://gdcm.sourceforge.net/html/StandardizeFiles_8cs-example.html
public static gdcm.Bitmap pxmap2jpeg2000(gdcm.Pixmap px)
{
gdcm.ImageChangeTransferSyntax change = new gdcm.ImageChangeTransferSyntax();
change.SetForce(false);
change.SetCompressIconImage(false);
change.SetTransferSyntax(new gdcm.TransferSyntax(gdcm.TransferSyntax.TSType.JPEG2000Lossless));
change.SetInput(px);
if (!change.Change())
{
throw new Exception("Nie przekonwertowano typu bitmapy na jpeg2000");
}
gdcm.Bitmap outimg = change.GetOutputAsBitmap(); // dla GDCM.3.0.4
return(outimg); //change.GetOutput(); // tak było w starszych wersjach
}
public static System.Drawing.Bitmap[] gdcmBitmap2Bitmap(gdcm.Bitmap bmjpeg2000)
{
uint columns = bmjpeg2000.GetDimension(0);
uint rows = bmjpeg2000.GetDimension(1);
uint layers = bmjpeg2000.GetDimension(2);
System.Drawing.Bitmap[] ret = new System.Drawing.Bitmap[layers];
byte[] bufor = new byte[bmjpeg2000.GetBufferLength()];
if (!bmjpeg2000.GetBuffer(bufor))
{
throw new Exception("Błąd pobrania bufora");
}
for (uint l = 0; l < layers; l++)
{
System.Drawing.Bitmap X = new System.Drawing.Bitmap((int)columns, (int)rows);
double[,] Y = new double[columns, rows];
double m = 0;
for (int r = 0; r < rows; r++)
{
for (int c = 0; c < columns; c++)
{
int j = ((int)(l * rows * columns) + (int)(r * columns) + (int)c) * 2;
Y[r, c] = (double)bufor[j + 1] * 256 + (double)bufor[j];
if (Y[r, c] > m)
{
m = Y[r, c];
}
}
}
for (int r = 0; r < rows; r++)
{
for (int c = 0; c < columns; c++)
{
int f = (int)(255 * (Y[r, c] / m));
X.SetPixel(c, r, System.Drawing.Color.FromArgb(f, f, f));
}
}
ret[l] = X;
}
return(ret);
}
private void OnGetImages(object obj)
{
ImageList.Clear();
// typ wyszukiwania (rozpoczynamy od pacjenta)
gdcm.ERootType typ = gdcm.ERootType.ePatientRootType;
// do jakiego poziomu wyszukujemy
gdcm.EQueryLevel poziom = gdcm.EQueryLevel.ePatient; // zobacz inne
// klucze (filtrowanie lub okreœlenie, które dane s¹ potrzebne)
gdcm.KeyValuePairArrayType klucze = new gdcm.KeyValuePairArrayType();
if (SelectedPatient == null)
{
State = "Wybierz pacjenta";
return;
}
gdcm.KeyValuePairType klucz1 = new gdcm.KeyValuePairType(new gdcm.Tag(0x0010, 0x0020), SelectedPatient); // NIE WOLNO TU STOSOWAC *; tutaj PatientID="01"
klucze.Add(klucz1);
// skonstruuj zapytanie
gdcm.BaseRootQuery zapytanie = gdcm.CompositeNetworkFunctions.ConstructQuery(typ, poziom, klucze, true);
// sprawdŸ, czy zapytanie spe³nia kryteria
if (!zapytanie.ValidateQuery())
{
State = "MOVE b³êdne zapytanie!";
return;
}
// przygotuj katalog na wyniki
String odebrane = System.IO.Path.Combine(".", "odebrane"); // podkatalog odebrane w bie¿¹cym katalogu
if (!System.IO.Directory.Exists(odebrane)) // jeœli nie istnieje
{
System.IO.Directory.CreateDirectory(odebrane); // utwórz go
}
String dane = System.IO.Path.Combine(odebrane, System.IO.Path.GetRandomFileName()); // wygeneruj losow¹ nazwê podkatalogu
System.IO.Directory.CreateDirectory(dane); // i go utwórz
// wykonaj zapytanie - pobierz do katalogu jak w zmiennej 'dane'
bool stan = gdcm.CompositeNetworkFunctions.CMove(IP, ushort.Parse(Port), zapytanie, portMove, AET, aec, dane);
// sprawdŸ stan
if (!stan)
{
State = "MOVE nie dzia³a!";
return;
}
List <string> pliki = new List <string>(System.IO.Directory.EnumerateFiles(dane));
foreach (String plik in pliki)
{
// MOVE + konwersja
// przeczytaj pixele
gdcm.PixmapReader reader = new gdcm.PixmapReader();
reader.SetFileName(plik);
if (!reader.Read())
{
// najpewniej nie jest to obraz
continue;
}
// przekonwertuj na "znany format"
gdcm.Bitmap bmjpeg2000 = pxmap2jpeg2000(reader.GetPixmap());
// przekonwertuj na .NET bitmapê
Bitmap[] X = gdcmBitmap2Bitmap(bmjpeg2000);
// zapisz
for (int i = 0; i < X.Length; i++)
{
String name = String.Format("{0}_warstwa{1}.jpg", plik, i);
X[i].Save(name);
ImageList.Add(name);
}
}
}
public static string Move()
{
string resultString = string.Empty;
// typ wyszukiwania (rozpoczynamy od pacjenta)
gdcm.ERootType typ = gdcm.ERootType.ePatientRootType;
// do jakiego poziomu wyszukujemy
gdcm.EQueryLevel poziom = gdcm.EQueryLevel.ePatient; // zobacz inne
// klucze (filtrowanie lub określenie, które dane są potrzebne)
gdcm.KeyValuePairArrayType klucze = new gdcm.KeyValuePairArrayType();
gdcm.KeyValuePairType klucz1 = new gdcm.KeyValuePairType(new gdcm.Tag(0x0010, 0x0020), "01"); // NIE WOLNO TU STOSOWAC *; tutaj PatientID="01"
klucze.Add(klucz1);
// skonstruuj zapytanie
gdcm.BaseRootQuery zapytanie = gdcm.CompositeNetworkFunctions.ConstructQuery(typ, poziom, klucze, gdcm.EQueryType.eMove);
// sprawdź, czy zapytanie spełnia kryteria
if (!zapytanie.ValidateQuery())
{
return("MOVE błędne zapytanie!");
}
// przygotuj katalog na wyniki
string odebrane = System.IO.Path.Combine(".", "odebrane"); // podkatalog odebrane w bieżącym katalogu
if (!System.IO.Directory.Exists(odebrane)) // jeśli nie istnieje
{
System.IO.Directory.CreateDirectory(odebrane); // utwórz go
}
string dane = System.IO.Path.Combine(odebrane, System.IO.Path.GetRandomFileName()); // wygeneruj losową nazwę podkatalogu
System.IO.Directory.CreateDirectory(dane); // i go utwórz
// wykonaj zapytanie - pobierz do katalogu jak w zmiennej 'dane'
bool stan = gdcm.CompositeNetworkFunctions.CMove(ipPACS, portPACS, zapytanie, portMove, myAET, callAET, dane);
// sprawdź stan
if (!stan)
{
return("MOVE nie działa!");
}
resultString += "MOVE działa.";
List <string> pliki = new List <string>(System.IO.Directory.EnumerateFiles(dane));
foreach (string plik in pliki)
{
resultString += "pobrano: {0}" + plik;
// MOVE + konwersja
// przeczytaj pixele
gdcm.PixmapReader reader = new gdcm.PixmapReader();
reader.SetFileName(plik);
if (!reader.Read())
{
// najpewniej nie jest to obraz
resultString += "pomijam: {0}" + plik;
continue;
}
// przekonwertuj na "znany format"
gdcm.Bitmap bmjpeg2000 = BitmapCoder.pxmap2jpeg2000(reader.GetPixmap());
// przekonwertuj na .NET bitmapę
Bitmap[] X = BitmapCoder.gdcmBitmap2Bitmap(bmjpeg2000);
// zapisz
for (int i = 0; i < X.Length; i++)
{
string name = String.Format("{0}_warstwa{1}.jpg", plik, i);
X[i].Save(name);
resultString += "konwersja do: {0}" + name;
}
}
return(resultString);
}
