public void Interpret_EmptyIsolate_IsUndetermined()
{
var isolate = new IsolateBase();
var interpretation = isolateInterpretation.Interpret(isolate);
interpretation.Interpretation.Should().Contain("Diskrepante Ergebnisse");
interpretation.InterpretationDisclaimer.Should().BeEmpty();
}
public void Interpret_BexaAndAgglutinationIsNegative_WithRespectiveSeroType_NotTypable(SerotypePcr serotype)
{
var isolate = new IsolateBase
{
SerotypePcr = serotype,
Agglutination = SerotypeAgg.Negative,
BexA = TestResult.Negative
};
var interpretation = isolateInterpretation.Interpret(isolate);
interpretation.Interpretation.Should().Contain("nicht-typisierbar");
interpretation.InterpretationPreliminary.Should().Contain("Diskrepante");
interpretation.InterpretationDisclaimer.Should()
.Contain("Meldekategorie dieses Befundes: Haemophilus influenzae, unbekapselt.");
}
public void Interpret_OnlyNegativeAgglutination_TypingNotEfficient()
{
var isolate = new IsolateBase
{
SerotypePcr = SerotypePcr.NotDetermined,
Agglutination = SerotypeAgg.Negative,
BexA = TestResult.NotDetermined
};
var interpretation = isolateInterpretation.Interpret(isolate);
var expectedInterpretation = "Das Ergebnis spricht für einen nicht-typisierbaren Haemophilus influenzae (NTHi).";
interpretation.Interpretation.Should().Be(expectedInterpretation + " Eine molekularbiologische Typisierung wurde aus epidemiologischen und Kostengründen nicht durchgeführt.");
interpretation.InterpretationPreliminary.Should().Be(expectedInterpretation);
}
public void Interpret_AgglutinationBexAAndSerotypAreNotDeterminedButGrowthIsYes_WithRespectiveSeroType_RequestForResend()
{
var isolate = new IsolateBase
{
SerotypePcr = SerotypePcr.NotDetermined,
Agglutination = SerotypeAgg.NotDetermined,
BexA = TestResult.NotDetermined,
Growth = YesNoOptional.Yes
};
var interpretation = isolateInterpretation.Interpret(isolate);
interpretation.Interpretation.Should().Contain("Um Wiedereinsendung wird gebeten");
interpretation.InterpretationPreliminary.Should().Contain("Diskrepante");
interpretation.InterpretationDisclaimer.Should()
.Contain("Eine telefonische Vorabmitteilung ist erfolgt.");
}
public void Interpret_AgglutinationBexAAndSerotypAreNotDetermined_ButGrowthIsNo_ReportEvaluation()
{
var isolate = new IsolateBase
{
SerotypePcr = SerotypePcr.NotDetermined,
Agglutination = SerotypeAgg.NotDetermined,
BexA = TestResult.NotDetermined,
Growth = YesNoOptional.No,
Evaluation = Evaluation.HaemophilusSpeciesNoHaemophilusInfluenzae
};
var interpretation = isolateInterpretation.Interpret(isolate);
interpretation.Interpretation.Should().Contain("Kein Nachweis von Haemophilus influenzae.");
interpretation.InterpretationPreliminary.Should().Contain("Diskrepante");
interpretation.InterpretationDisclaimer.Should()
.Contain("Beim eingesendeten Isolat handelt es sich am ehesten um Haemophilus sp., nicht H. influenzae.");
}
public void Interpret_NegativeAgglutinationButDistinctSerotypeWithNegativeBexA_IsSpecificTyping(
SerotypePcr serotypePcr)
{
var serotypeString = serotypePcr.ToString().ToLower();
var isolate = new IsolateBase
{
SerotypePcr = serotypePcr,
Agglutination = SerotypeAgg.Negative,
BexA = TestResult.Negative
};
var interpretation = isolateInterpretation.Interpret(isolate);
var expectedInterpretation = $"Die Ergebnisse sprechen für einen phänotpischen nicht-typisierbaren Haemophilus influenzae (NTHi). Ein vorhandener genetischer Kapsellocus für Polysaccharide des Serotyps {serotypeString} wird nicht exprimiert.";
interpretation.Interpretation.Should().Be(expectedInterpretation);
interpretation.InterpretationPreliminary.Should().Contain("Diskrepante");
interpretation.InterpretationDisclaimer.Should()
.Contain("Meldekategorie dieses Befundes: Haemophilus influenzae, unbekapselt.");
}
Interpret_DistinctAgglutinationWithPositiveBexA_EitherMatchingOrNotDeterminedSerotype_IsSpecificTyping(
SerotypeAgg serotypeAgg,
SerotypePcr serotypePcr)
{
var serotypeString = serotypeAgg.ToString().ToLower();
var isolate = new IsolateBase
{
SerotypePcr = serotypePcr,
Agglutination = serotypeAgg,
BexA = TestResult.Positive
};
var interpretation = isolateInterpretation.Interpret(isolate);
var expectedInterpretation = string.Format("Die Ergebnisse sprechen für eine Infektion mit Haemophilus influenzae des Serotyp {0} (Hi{0}).",
serotypeString);
var expectedDisclaimer = $"Meldekategorie dieses Befundes: Haemophilus influenzae, Serotyp {serotypeString}";
interpretation.Interpretation.Should().Be(expectedInterpretation);
interpretation.InterpretationPreliminary.Should().Contain("Diskrepante");
interpretation.InterpretationDisclaimer.Should().Contain(expectedDisclaimer);
}
public InterpretationResult Interpret(IsolateBase isolate)
{
var serotypePcr = isolate.SerotypePcr;
var serotypePcrDescription = EnumEditor.GetEnumDescription(serotypePcr);
var agglutination = isolate.Agglutination;
var agglutinationDescription = EnumEditor.GetEnumDescription(agglutination);
var bexA = isolate.BexA;
var growth = isolate.Growth;
var interpretation = "Diskrepante Ergebnisse, bitte Datenbankeinträge kontrollieren.";
var interpretationPreliminary = "Diskrepante Ergebnisse, bitte Datenbankeinträge kontrollieren.";
var interpretationDisclaimer = string.Empty;
if (agglutination == SerotypeAgg.Negative)
{
if (bexA == TestResult.Negative)
{
if (serotypePcr == SerotypePcr.Negative || serotypePcr == SerotypePcr.NotDetermined)
{
interpretation = TypingNotPossiblePlural;
}
else if (serotypePcr != SerotypePcr.NotDetermined)
{
interpretation =
$"{TypingNotPossiblePlural2} Ein vorhandener genetischer Kapsellocus für Polysaccharide des Serotyps {serotypePcrDescription} wird nicht exprimiert.";
}
}
else if (bexA == TestResult.NotDetermined && serotypePcr == SerotypePcr.NotDetermined)
{
interpretationPreliminary = TypingNotPossibleSingular;
interpretation =
$"{TypingNotPossibleSingular} Eine molekularbiologische Typisierung wurde aus epidemiologischen und Kostengründen nicht durchgeführt.";
}
interpretationDisclaimer = string.Format(DisclaimerTemplate, "Haemophilus influenzae, unbekapselt");
}
if (SpecificAgglutination.Contains(agglutination) && (bexA == TestResult.Positive || bexA == TestResult.NotDetermined) &&
(agglutination.ToString() == serotypePcr.ToString() || serotypePcr == SerotypePcr.NotDetermined))
{
if (serotypePcr == SerotypePcr.NotDetermined && bexA == TestResult.NotDetermined)
{
interpretationPreliminary =
$"Das Ergebnis spricht für eine Infektion mit Haemophilus influenzae des Serotyp {agglutinationDescription} (Hi{agglutinationDescription}).";
}
if (bexA == TestResult.Positive)
{
interpretation =
$"Die Ergebnisse sprechen für eine Infektion mit Haemophilus influenzae des Serotyp {agglutinationDescription} (Hi{agglutinationDescription}).";
}
interpretationDisclaimer = string.Format(DisclaimerTemplate,
$"Haemophilus influenzae, Serotyp {agglutinationDescription}");
}
if (agglutination == SerotypeAgg.NotDetermined && serotypePcr == SerotypePcr.NotDetermined && bexA == TestResult.NotDetermined && growth != YesNoOptional.NotStated)
{
if (growth == YesNoOptional.Yes)
{
interpretation = "Der eingesendete Stamm konnte nicht angezüchtet werden. Um Wiedereinsendung wird gebeten.";
interpretationDisclaimer = "Eine telefonische Vorabmitteilung ist erfolgt.";
}
else if (growth == YesNoOptional.No)
{
var evaluation = EnumEditor.GetEnumDescription(isolate.Evaluation);
interpretation = "Kein Nachweis von Haemophilus influenzae.";
interpretationDisclaimer = $"Beim eingesendeten Isolat handelt es sich am ehesten um {evaluation}.";
}
}
return new InterpretationResult
{
Interpretation = interpretation,
InterpretationPreliminary = interpretationPreliminary,
InterpretationDisclaimer = interpretationDisclaimer
};
}
