public List <ILoopTrimer> FindTrimerLoops(ILoopsCollection LoopsCollection, ILoopCriteria LoopCriteria)
{
List <ILoopTrimer> LoopTrimers = new List <ILoopTrimer>();
//Search for pairs if we specify
if (LoopCriteria.SearchForTrimer)
{
foreach (ILoop LoopA in LoopsCollection.Loops)
{
foreach (ILoop LoopB in LoopsCollection.Loops)
{
double InterPairDistanceAB = EuclideanDistance(LoopA.ApexAtom, LoopB.ApexAtom);
if (InterPairDistanceAB > LoopCriteria.LoopTrimerDistanceLowerLimit &&
InterPairDistanceAB < LoopCriteria.LoopTrimerDistanceUpperLimit)
{
foreach (ILoop LoopC in LoopsCollection.Loops)
{
double InterPairDistanceAC = EuclideanDistance(LoopA.ApexAtom, LoopC.ApexAtom);
double InterPairDistanceBC = EuclideanDistance(LoopB.ApexAtom, LoopC.ApexAtom);
if (InterPairDistanceAC > LoopCriteria.LoopTrimerDistanceLowerLimit &&
InterPairDistanceAC < LoopCriteria.LoopTrimerDistanceUpperLimit &&
InterPairDistanceBC > LoopCriteria.LoopTrimerDistanceLowerLimit &&
InterPairDistanceBC < LoopCriteria.LoopTrimerDistanceUpperLimit)
{
ILoopTrimer LoopTrimer = new ILoopTrimer();
LoopTrimer.LoopA = LoopA;
LoopTrimer.LoopB = LoopB;
LoopTrimer.LoopC = LoopC;
LoopTrimers.Add(LoopTrimer);
Console.WriteLine("Added Trimer");
}
}
}
}
}
}
return(LoopTrimers);
//return CleanupLoopPairs(LoopPairs); //TODO -> Cleanup trimers
}
public List<ILoopTrimer> FindTrimerLoops(ILoopsCollection LoopsCollection, ILoopCriteria LoopCriteria)
{
List<ILoopTrimer> LoopTrimers = new List<ILoopTrimer>();
//Search for pairs if we specify
if (LoopCriteria.SearchForTrimer) {
foreach (ILoop LoopA in LoopsCollection.Loops) {
foreach (ILoop LoopB in LoopsCollection.Loops) {
double InterPairDistanceAB = EuclideanDistance(LoopA.ApexAtom, LoopB.ApexAtom);
if (InterPairDistanceAB > LoopCriteria.LoopTrimerDistanceLowerLimit &&
InterPairDistanceAB < LoopCriteria.LoopTrimerDistanceUpperLimit)
{
foreach (ILoop LoopC in LoopsCollection.Loops)
{
double InterPairDistanceAC = EuclideanDistance(LoopA.ApexAtom, LoopC.ApexAtom);
double InterPairDistanceBC = EuclideanDistance(LoopB.ApexAtom, LoopC.ApexAtom);
if (InterPairDistanceAC > LoopCriteria.LoopTrimerDistanceLowerLimit &&
InterPairDistanceAC < LoopCriteria.LoopTrimerDistanceUpperLimit &&
InterPairDistanceBC > LoopCriteria.LoopTrimerDistanceLowerLimit &&
InterPairDistanceBC < LoopCriteria.LoopTrimerDistanceUpperLimit)
{
ILoopTrimer LoopTrimer = new ILoopTrimer();
LoopTrimer.LoopA = LoopA;
LoopTrimer.LoopB = LoopB;
LoopTrimer.LoopC = LoopC;
LoopTrimers.Add(LoopTrimer);
Console.WriteLine("Added Trimer");
}
}
}
}
}
}
return (LoopTrimers);
//return CleanupLoopPairs(LoopPairs); //TODO -> Cleanup trimers
}