Exemplos de VcfParser.Parse em C# (CSharp)

Exemplo n.º 1

        public void AssignHashKey()
        {
            // Arrange
            var rg = new RegionGenerator();

            using (var file = new TempFileCreator(rg))
            {
                // Act
                var parser     = new VcfParser();
                var parsedData = parser.Parse(file.TempFilePath);

                // Assert
                Assert.True(parsedData.Chromosomes[rg.Chr].Strands[rg.Strand].Intervals.ToList()[0].GetHashCode() != 0);
            }
        }

Exemplo n.º 2

        public void TestDefaultVCFColumnOrder()
        {
            // Arrange
            var rg = new RegionGenerator();

            using (var file = new TempFileCreator(rg))
            {
                // Act
                var parser        = new VcfParser();
                var parsedVariant = parser.Parse(file.TempFilePath).Chromosomes[rg.Chr].Strands[rg.Strand].Intervals.ToList()[0];

                // Assert
                Assert.True(parsedVariant.CompareTo(rg.Variant) == 0);
            }
        }

Exemplo n.º 3

Arquivo: Features.cs Projeto: olgatei/GeUtilities

        public void OneBaseLenghtInterval()
        {
            // Arrange
            var rg = new RegionGenerator();

            using (var file = new TempFileCreator(rg))
            {
                // Act
                var parser     = new VcfParser();
                var parsedData = parser.Parse(file.TempFilePath);

                // Assert
                Assert.True(parsedData.Chromosomes[rg.Chr].Strands[rg.Strand].Intervals.ToList()[0].Right == rg.Position + 1);
            }
        }

Exemplo n.º 4

Arquivo: ConcreteClassArguments.cs Projeto: VJalili/GeUtilities

        public void FullySetArguments()
        {
            // Arrange
            var rg = new RegionGenerator();

            using (var file = new TempFileCreator(rg))
            {
                // Act
                var parser        = new VcfParser(rg.Columns);
                var parsedVariant = parser.Parse(file.TempFilePath).Chromosomes[rg.Chr].Strands[rg.Strand].Intervals[0];

                // Assert
                Assert.True(parsedVariant.CompareTo(rg.Variant) == 0);
            }
        }

Exemplo n.º 5

        public void AvoidHeader(int headerCount, byte readOffset)
        {
            // Arrange
            using (var file = new TempFileCreator(new RegionGenerator(), headerLineCount: headerCount))
            {
                // Act
                var parser = new VcfParser()
                {
                    ReadOffset = readOffset
                };
                var parsedData = parser.Parse(file.TempFilePath);

                // Assert
                Assert.True(parsedData.Chromosomes.Count == 1);
            }
        }

Exemplo n.º 6

Arquivo: Features.cs Projeto: olgatei/GeUtilities

        public void MultiVariantFile()
        {
            // Arrange
            var rg = new RegionGenerator {
                StrandColumn = 12
            };

            using (var file = new TempFileCreator(rg, variantsCount: 10, headerLineCount: 2))
            {
                // Act
                var parser     = new VcfParser();
                var parsedData = parser.Parse(file.TempFilePath);

                // Assert
                Assert.True(parsedData.Chromosomes[rg.Chr].Strands[rg.Strand].Intervals.Count == 10);
            }
        }

Exemplo n.º 7

        private Vcf <Variant> ParseVCF(string filePath, RegionGenerator rg)
        {
            var parser = new VcfParser(rg.Columns);

            return(parser.Parse(filePath));
        }