Exemplos de ISAMFile em C# (CSharp)

Exemplo n.º 1

Arquivo: AlignedPositionMapBuilder.cs Projeto: shengqh/CQS.Core

 public AlignedPositionMapBuilder(AlignedPositionMapBuilderOptions options, string fileName)
 {
   this._options = options;
   _format = options.GetSAMFormat();
   _file = SAMFactory.GetReader(fileName, true);
   _list = new AlignedPositionMapList();
   _done = new List<AlignedPositionMap>();
 }

Exemplo n.º 2

Arquivo: AlignedPositionMapBuilder.cs Projeto: biosharp-dotnet-labs/CQS.Core

 public AlignedPositionMapBuilder(AlignedPositionMapBuilderOptions options, string fileName)
 {
     this._options = options;
     _format       = options.GetSAMFormat();
     _file         = SAMFactory.GetReader(fileName, true);
     _list         = new AlignedPositionMapList();
     _done         = new List <AlignedPositionMap>();
 }

Exemplo n.º 3

Arquivo: SAMFactory.cs Projeto: biosharp-dotnet-labs/CQS.Core

        public static ISAMFile GetReader(string filename, bool skipHeaders = false, string rangeInBedFile = null)
        {
            ISAMFile result = null;

            if (SAMUtils.IsBAMFile(filename) && !SystemUtils.IsLinux)
            {
                result = new BAMWindowReader(filename);
            }
            else
            {
                result = new SAMLinuxReader("samtools", filename, rangeInBedFile);
            }

            if (skipHeaders)
            {
                result.ReadHeaders();
            }

            return(result);
        }