private static void disclaimer(string[] args)
{
if (args.Length == 0)
{
logger.EscribirLog("Por favor indique los parametros a utilizar", Logger.Tipo.Error, false);
logger.EscribirLog("", Logger.Tipo.Nada, false);
logger.EscribirLog("-vf\t(Requerido)\tparametro que indica el archivo que necesitamos usar", Logger.Tipo.Error, false);
logger.EscribirLog("-v\t(Opcional)\tparametro que indica si se desean mas datos", Logger.Tipo.Error, false);
System.Environment.Exit(PharmaHansen.Util.CodigoSalida.ERROR_BAD_FORMAT);
}
if (Argumentos.chequeoArgunto("-log", false, args))
{
logger.NombreLog = Argumentos.traerArgumento("-log", args);
}
logger.EscribirLog("Vamos a utilizrar el archivo " + logger.NombreLog + " como log.", Logger.Tipo.Informativo, false);
if (!PharmaHansen.Util.Files.Exists(args, "vcf", out vcfFile))
{
if (vcfFile == String.Empty)
{
System.Environment.Exit(PharmaHansen.Util.CodigoSalida.ERROR_INVALID_COMMAND_LINE);
}
else
{
System.Environment.Exit(PharmaHansen.Util.CodigoSalida.ERROR_FILE_NOT_FOUND);
}
}
if (!PharmaHansen.Util.Files.Exists(args, "dbSNP", out dbSNP))
{
if (dbSNP == String.Empty)
{
System.Environment.Exit(PharmaHansen.Util.CodigoSalida.ERROR_INVALID_COMMAND_LINE);
}
else
{
System.Environment.Exit(PharmaHansen.Util.CodigoSalida.ERROR_FILE_NOT_FOUND);
}
}
logger.EscribirLog("Chequeamos los indices de " + dbSNP, Logger.Tipo.Informativo, false);
if (!File.Exists(dbSNP + ".bin"))
{
logger.EscribirLog("No se encontro el indice para el archivo" + dbSNP + " por favor ejecutar el comando vcfindex.exe -vcf " + dbSNP, Logger.Tipo.Error, false);
System.Environment.Exit(PharmaHansen.Util.CodigoSalida.ERROR_FILE_NOT_FOUND);
}
logger.Verbose = Argumentos.chequeoArgunto("-v", true, args);
if (logger.Verbose)
{
logger.EscribirLog("Verbose activado se escribira mas detalle", Logger.Tipo.Informativo, false);
}
}
static void Main(string[] args)
{
stopWatch.Start();
if (args.Length == 0)
{
logger.EscribirLog("Por favor indique los parametros a utilizar", Logger.Tipo.Error, false);
logger.EscribirLog("", Logger.Tipo.Nada, false);
logger.EscribirLog("-vf\t(Requerido)\tparametro que indica el archivo que necesitamos usar", Logger.Tipo.Error, false);
logger.EscribirLog("-v\t(Opcional)\tparametro que indica si se desean mas datos", Logger.Tipo.Error, false);
System.Environment.Exit(PharmaHansen.Util.CodigoSalida.ERROR_INVALID_COMMAND_LINE);
}
if (Argumentos.chequeoArgunto("-log", false, args))
{
logger.NombreLog = Argumentos.traerArgumento("-log", args);
}
logger.EscribirLog("Vamos a utilizrar el archivo " + logger.NombreLog + " como log.", Logger.Tipo.Informativo, false);
if (!PharmaHansen.Util.Files.Exists(args, "vcf", out vcfFile))
{
if (vcfFile == String.Empty)
{
System.Environment.Exit(PharmaHansen.Util.CodigoSalida.ERROR_INVALID_COMMAND_LINE);
}
else
{
System.Environment.Exit(PharmaHansen.Util.CodigoSalida.ERROR_FILE_NOT_FOUND);
}
}
logger.Verbose = Argumentos.chequeoArgunto("-v", true, args);
if (logger.Verbose)
{
logger.EscribirLog("Verbose activado se escribira mas detalle", Logger.Tipo.Informativo, false);
}
aTimer = new System.Timers.Timer(6000);
aTimer.Elapsed += OnTimedEvent;
aTimer.AutoReset = true;
aTimer.Enabled = true;
int contador = 0;
string auxs = string.Empty;
int cantB = 0;
int paginador = 0;
byte flag = 10;
String chrAnterior = string.Empty;
logger.EscribirLog("Comenzamos a leer el archivo " + vcfFile, Logger.Tipo.Informativo, false);
using (FileStream fsb = new FileStream(vcfFile, FileMode.Open, FileAccess.Read))
{
long length = 0;
int bufint = 1073741824;
long tama = fsb.Length;
Boolean ultino = false;
long dif = 0;
while (length < fsb.Length)
{
byte[] buffer = new byte[bufint];
int b = fsb.Read(buffer, paginador * bufint, bufint);
length += buffer.Length;
if (tama - length < bufint)
{
dif = tama - length;
Console.WriteLine(tama - length);
ultino = true;
}
if (buffer.Contains(flag))
{
for (int x = 0; x < bufint; x++)
{
if (buffer[x] == flag)
{
contador++;
cantB++;
if (contador == 1000)
{
string[] aux = auxs.Split('\t');
if (chrAnterior == string.Empty)
{
chrAnterior = aux[0];
}
Indice ind = new Indice();
ind.chrStart = chrAnterior;
ind.chrEnd = aux[0];
ind.PosicionStart = PosicionS;
Int64 Pose = 0;
Boolean PoseB = Int64.TryParse(aux[1], out Pose);
if (PoseB)
{
ind.PosicionEnd = Pose;
}
ind.ByteStart = anterior;
ind.ByteEnd = anterior + cantB;
anterior += cantB;
indices.Add(ind);
PosicionS = Pose;
contador = 0;
cantB = 0;
auxs = string.Empty;
chrAnterior = aux[0];
}
}
else
{
if (contador == 999)
{
if (buffer[x] == flag)
{
auxs = String.Empty;
}
else
{
auxs += Convert.ToChar(buffer[x]);
}
}
if (contador == 998 && (bufint - 1000) < x)
{
Boolean pasol = true;
for (int x1 = x; x1 < bufint; x1++)
{
if (buffer[x1] == flag)
{
pasol = false;
}
}
if (pasol)
{
auxs += Convert.ToChar(buffer[x]);
}
}
if (ultino && dif + x < 200)
{
for (int x1 = 0; x1 < 200; x1++)
{
if (buffer[x1] == flag)
{
auxs = string.Empty;
}
else
{
auxs += Convert.ToChar(buffer[x1]);
}
}
string[] aux = auxs.Split('\t');
Indice ind = new Indice();
if (chrAnterior == String.Empty)
{
chrAnterior = aux[0];
}
ind.chrStart = chrAnterior;
ind.chrEnd = aux[0];
ind.PosicionStart = PosicionS;
Int64 Pose = 0;
Boolean PoseB = Int64.TryParse(aux[1], out Pose);
if (PoseB)
{
ind.PosicionEnd = Pose;
}
ind.ByteStart = anterior;
ind.ByteEnd = anterior + cantB;
anterior += cantB;
indices.Add(ind);
PosicionS = Pose;
contador = 0;
cantB = 0;
auxs = string.Empty;
chrAnterior = aux[0];
break;
}
cantB++;
}
}
}
}
}
aTimer.Enabled = false;
logger.EscribirLog("Terminamos la lectura del Archivo " + vcfFile + " en " + stopWatch.Elapsed, Logger.Tipo.Informativo, false);
logger.EscribirLog("Comenzamos a grabar el archivo " + vcfFile + ".bin", Logger.Tipo.Informativo, false);
//File.WriteAllText(vcfFile + ".json", JsonConvert.SerializeObject(indices, Formatting.Indented));
//using (var file = File.Create(vcfFile + ".bin")) { Serializer.Serialize(file, indices); }
using (Stream stream = File.Open(vcfFile + ".bin", FileMode.Create))
{
BinaryFormatter bin = new BinaryFormatter();
bin.Serialize(stream, indices);
}
logger.EscribirLog("Terminamos de grabar el archivo " + vcfFile + ".bin", Logger.Tipo.Informativo, false);
logger.EscribirLog("Finalizamos el proceso", Logger.Tipo.Informativo, false);
logger.EscribirLog("Demoramos " + stopWatch.Elapsed, Logger.Tipo.Informativo, true);
stopWatch.Stop();
}