public PeptidePair(QPeptide Pept, int Left, int Right)
{
Ratio = 0.0;
ESIFactor = 1.0;
MaxConv = 0.0;
Shift = 0.0;
Peptide = Pept;
if (Pept.Matches[Left] != null)
{
LeftMatch = new QMatch(Pept.Matches[Left]);
}
else
{
LeftMatch = null;
}
if (Pept.Matches[Right] != null)
{
//RightMatch - не меняется - поэтому может быть представлен ссылкой в основной экземпляр данных
RightMatch = Pept.Matches[Right];
}
else
{
RightMatch = null;
}
}
public override double[] GetPeptRatios(QPeptide Pept)
{
double [] Res = new double[FileCount];
for (int i = 0; i < FileCount; i++)
{
PeptidePair PPair = GetPeptPair(Pept, i, RefNumber);
Res[i] = PPair.Ratio;
}
return(Res);
}
public void LoadAllMSMS(List <QPeptide> AllMSMS)
{
iLog.Log("Loading All MS/MS Entries");
iLog.RepProgress(0);
SQLiteCommand Select = new SQLiteCommand(
"Select MascotScan, MascotMZ, MascotScore, MascotRT, TheorIsoRatio, Charge, " +
"IPI, ipis, Sequence, Peptides, ModDesc, ModMass, [Case] From AllMSMS " +
"Order by IPI", con);
SQLiteDataReader Reader = Select.ExecuteReader();
int Count = 0;
while (Reader.Read())
{
QPeptide Pept = new QPeptide();
Pept.MascotScan = Reader.GetInt32(0);
Pept.MascotMZ = Reader.GetDouble(1);
Pept.MascotScore = Reader.GetDouble(2);
Pept.MascotRT = Reader.GetDouble(3);
Pept.TheorIsotopeRatio = Reader.GetDouble(4);
Pept.Charge = Reader.GetInt32(5);
if (!Reader.IsDBNull(6))
{
Pept.IPI = Reader.GetString(6);
}
else
{
Pept.IPI = "";
}
Pept.IPIs = Utils.IPIStringtoList(Reader.GetString(7));
if (!Reader.IsDBNull(8))
{
Pept.Sequence = Reader.GetString(8);
}
else
{
Pept.Sequence = "";
}
Pept.peptides = Reader.GetInt32(9);
Pept.ModDesk = Reader.GetString(10);
Pept.ModMass = Reader.GetDouble(11);
Pept.Case = Reader.GetString(12);
AllMSMS.Add(Pept);
Count++;
if (Count % 100 == 0)
{
//iLog.RepProgress(Count*100/Reader.RecordsAffected);
}
}
}
public override PeptidePair GetPeptPair(QPeptide Pept, int Left, int Right)
{
if (Right != RefNumber || Left > FileCount - 1)
{
return(null);
}
QAlignment TargetAl = AlLine[Left];
for (int i = 0; i < TargetAl.Peptides.Count; i++)
{
if (TargetAl.Peptides[i].Peptide == Pept)
{
return(TargetAl.Peptides[i]);
}
}
return(null);
}
//надеемся что они синхронизированы
public override double[] GetPeptRatios(QPeptide Pept)
{
double[,] RatioMatrix = new double[FileCount, FileCount];
int Index = GetPeptIndex(Pept);
for (int i = 0; i < FileCount; i++)
{
for (int j = 0; j < FileCount; j++)
{
RatioMatrix[i, j] = PeptideRatios[i, j][Index];
}
}
double[,] ErrorMatrix = null;
double[] Res = new double[FileCount];
Res = SolveMatrix(RatioMatrix, ref ErrorMatrix);
return(Res);
}
public void LoadMascots(List <QProtein> Proteins, List <QPeptide> Mascots)
{
iLog.Log("Loading Mascot Peptides");
iLog.RepProgress(0);
SQLiteCommand Select = new SQLiteCommand(
"Select MascotScan, MascotMZ, MascotScore, MascotRT, TheorIsoRatio, Charge, " +
"IPI, ipis, Sequence, Peptides, ModDesc, ModMass, [Case]" + (Bands < 0?", -1":", BandID") + " From Mascots " +
"Order by IPI", con);
SQLiteDataReader Reader = Select.ExecuteReader();
Reader.Read();
for (int i = 0; i < Proteins.Count; i++)
{
while (Reader["IPI"].ToString() == Proteins[i].ipi)
{
QPeptide Pept = new QPeptide();
Pept.MascotScan = Reader.GetInt32(0);
Pept.MascotMZ = Reader.GetDouble(1);
Pept.MascotScore = Reader.GetDouble(2);
Pept.MascotRT = Reader.GetDouble(3);
Pept.TheorIsotopeRatio = Reader.GetDouble(4);
Pept.Charge = Reader.GetInt32(5);
Pept.IPI = Reader.GetString(6);
Pept.IPIs = Utils.IPIStringtoList(Reader.GetString(7));
Pept.Sequence = Reader.GetString(8);
Pept.peptides = Reader.GetInt32(9);
Pept.ModDesk = Reader.GetString(10);
Pept.ModMass = Reader.GetDouble(11);
Pept.Case = Reader.IsDBNull(12)?"":Reader.GetString(12);
Pept.BandID = Reader.GetInt32(13);
Mascots.Add(Pept);
Proteins[i].Peptides.Add(Pept);
if (!Reader.Read())
{
break;
}
}
iLog.RepProgress(i, Proteins.Count);
}
}
public abstract PeptidePair GetPeptPair(QPeptide Pept, int Left, int Right);
public override PeptidePair GetPeptPair(QPeptide Pept, int Left, int Right)
{
return(null);
}
public int GetPeptIndex(QPeptide Pept)
{
int Index = Peptides.BinarySearch(Pept, new QPeptide.bySet());
return(Index);
}
static public void FillMSMSLists(
ref List <QPeptide> Mascots,
ref List <QPeptide> MSMSList,
ref List <QProtein> Proteins,
MascotParser mp)
{
Mascots = new List <QPeptide>();
MSMSList = new List <QPeptide>();
QPeptide data;
int Best, i, j, k;
SpectrabySeq comp = new SpectrabySeq();
mp.Spectra.Sort(comp);
for (i = 0; i < mp.Spectra.Count; i++)
{
//если нет пептидов
if (mp.Spectra[i].Peptides.Count == 0)
{
data = new QPeptide(mp, i);
data.Case = "No peptides identified";
MSMSList.Add(data);
continue;
}
//если у пептидов слишком маленький Score
if (mp.Spectra[i].Peptides[0].Score < Convert.ToDouble(Settings.Default.MascotScore))
{
data = new QPeptide(mp, i);
data.Case = "Peptides identified under score limit";
MSMSList.Add(data);
continue;
}
Best = i;
if (Settings.Default.MascotScoreFiltering)
{
for (j = i + 1; j < mp.Spectra.Count; j++)
{
if (mp.Spectra[i].Peptides[0].Sequence != mp.Spectra[j].Peptides[0].Sequence)
{
break;
}
//определяем идентичность набора модификаций
for (k = 0; k < mp.Spectra[i].Peptides[0].ModIndex.GetLength(0); k++)
{
if (mp.Spectra[i].Peptides[0].ModIndex[k] !=
mp.Spectra[j].Peptides[0].ModIndex[k])
{
break;
}
}
if (k < mp.Spectra[i].Peptides[0].ModIndex.GetLength(0) ||
mp.Spectra[i].Peptides[0].CModIndex != mp.Spectra[j].Peptides[0].CModIndex ||
mp.Spectra[i].Peptides[0].NModIndex != mp.Spectra[j].Peptides[0].NModIndex)
{
break;
}
//поиск лучшего по Score
if (mp.Spectra[j].Peptides[0].Score > mp.Spectra[Best].Peptides[0].Score)
{
Best = j;
}
}
//отмечаем нелучшие в списке всех MS/MS
for (k = i; k < j; k++)
{
if (k != Best)
{
data = new QPeptide(mp, k);
data.Case = string.Format("Not the best score ({0}) for peptide {1} (Max={2})",
mp.Spectra[k].Peptides[0].Score,
mp.Spectra[k].Peptides[0].Sequence,
mp.Spectra[Best].Peptides[0].Score);
MSMSList.Add(data);
}
}
i = j - 1;
}
//только для лучшего по Score если пептид идентифицирован более одного раза
data = new QPeptide(mp, Best);
Mascots.Add(data);
}
//Фильтруем IPI
//Спектр не может соответствовать нескольким IPI за исключением случая когда
//набор спектров идентифицирующих один IPI является подмножеством (возможно полным)
//спектров идентифицирующих другой IPI
//собираем набор тех из них которые являются подмножествами других
List <string> Processed = new List <string>(); //список в который откладываются
List <string> ipiset = new List <string>(); //список всех IPI пептида кроме проверяемого
List <string> NotDeps = new List <string>();
string[] dataexipis = null;
foreach (QPeptide dataex in Mascots) //для каждого пептида
{
dataexipis = new string[dataex.IPIs.Count];
dataex.IPIs.CopyTo(dataexipis);
foreach (string ipi in dataexipis)
{
if (!StringContains(ref Processed, ipi)) //если данный ipi еще не находится в списке обработанных
{
ipiset.Clear(); //составляем множество всех IPI пептида кроме проверяемого
ipiset.AddRange(dataex.IPIs);
StringRemove(ref ipiset, ipi);
foreach (QPeptide chdata in Mascots) //составленный список будем соотносить с полным набором пептидов
{
if (dataex.MascotRT != chdata.MascotRT &&
StringContains(ref chdata.IPIs, ipi))
{
//в этот момент мы установили что dataex и chdata имеют общий ipi
foreach (string ipicheck in ipiset)
{
//здесь мы отбираем в Nodepts идентификаторы
//которые не появляются вместе с ipi
//отбор такого идентификатора в NoDepts означает что существует хотя бы один пептид
// относящийся к ipi но не относящийся к этому идентификатору
//и следовательно ipi не является зависимым от такого идентификатора
if (!StringContains(ref chdata.IPIs, ipicheck) &&
!StringContains(ref NotDeps, ipicheck)) //если есть хотя бы один пептид с проверяемым IPI
{
NotDeps.Add(ipicheck); //не несущий какго-то из IPI начального списка
//то целевой IPI не является зависимым от отсутствующего
}
}
}
}
//если есть хотя бы один идентификатор который всегда встречается вместе с ipi
//то в список Nodepts он никогда не попадет и неполнота списка Nodepts будет признаком
//того что ipi зависит от другого идентификатора и должен быть исключен из списка
//идентификаторов во всех пептидах
if (ipiset.Count != NotDeps.Count)
{
foreach (QPeptide chdata in Mascots)
{
StringRemove(ref chdata.IPIs, ipi);
}
}
else
{
Processed.Add(ipi);
}
NotDeps.Clear();
}
}
}
iLog.RepProgress(50);
//и теперь переносим только непротиворечивые
List <QPeptide> OldMascots = Mascots;
Mascots = new List <QPeptide>();
for (i = 0; i < OldMascots.Count; i++)
{
if (OldMascots[i].IPIs.Count == 1)
{
QPeptide remdata = OldMascots[i];
remdata.IPI = remdata.IPIs[0];
Mascots.Add(remdata);
}
else
{
string Mess = string.Format("This entry ambigously defined as part of {0} Proteins: ", OldMascots[i].IPIs.Count);
for (j = 0; j < OldMascots[i].IPIs.Count; j++)
{
Mess = Mess + OldMascots[i].IPIs[j] + ", ";
}
Mess = Mess.Substring(0, Mess.Length - 2);
OldMascots[i].Case = Mess;
MSMSList.Add(OldMascots[i]);
}
}
iLog.RepProgress(60);
//теперь сортируем по белкам
Mascots.Sort(new QPeptide.byIPIs());
//теперь фильтруем не набравшие достаточного количества пептидов
iLog.RepProgress(70);
QProtein Prot;
Proteins = new List <QProtein>();
int Count = 0;
string preIPI = "";
//!! здесь нет обработки последенего белка
for (i = 0; i <= Mascots.Count; i++)
{
if (i < Mascots.Count && Mascots[i].IPI == preIPI)
{
Count++;
}
else
{
for (j = i - 1; i - j <= Count; j--)
{
QPeptide temp = Mascots[j];
temp.peptides = Count;
Mascots[j] = temp;
}
if (Count >= Convert.ToInt32(Settings.Default.PeptperProt))
{
Prot = new QProtein();
Prot.Peptides = new List <QPeptide>();
Prot.ipis = Mascots[i - 1].IPIs;
Prot.ipi = Mascots[i - 1].IPI;
Prot.Est = 0.0;
for (j = i - 1; i - j <= Count; j--)
{
Prot.Peptides.Add(Mascots[j]);
}
//добываем из файла Маскот описания и имена белка
for (j = 0; j < mp.Proteins.Count; j++)
{
if (mp.Proteins[j].Name == "\"" + Mascots[i - 1].IPI + "\"")
{
break;
}
}
if (j < mp.Proteins.Count)
{
Prot.Name = mp.Proteins[j].Name;
Prot.Desc = mp.Proteins[j].Descr;
}
else
{
Prot.Name = Prot.ipi;
Prot.Desc = "This protein is not described in source .dat file. See initial FASTA file for protein description";
}
Proteins.Add(Prot);
}
else
{
for (j = i - 1; i - j <= Count; j--)
{
Mascots[j].Case = string.Format("This entry belongs to \"{0}\" protein which have only {1} uniquely identified peptide(s)", Mascots[j].IPI, Count);
MSMSList.Add(Mascots[j]);
}
}
Count = 1;
if (i < Mascots.Count)
{
preIPI = Mascots[i].IPI;
}
}
}
iLog.RepProgress(80);
OldMascots = Mascots;
Mascots = new List <QPeptide>();
for (i = 0; i < OldMascots.Count; i++)
{
if (OldMascots[i].peptides >= Convert.ToInt32(Settings.Default.PeptperProt))
{
QPeptide remdata = OldMascots[i];
remdata.Case = string.Format("This entry belongs to \"{0}\" quntified protein", remdata.IPI);
Mascots.Add(remdata);
MSMSList.Add(remdata);
}
else
{
continue;
}
}
iLog.RepProgress(90);
//теперь сортируем по белкам и внутри них
Mascots.Sort(new QPeptide.byMascotSN());
//и указываем теоретические отношения первых изотопов
iLog.RepProgress(100);
}
public override double[] GetPeptRatios(QPeptide Pept)
{
double [] Res = new double[FileCount];
for (int i = 0 ; i < FileCount ; i++){
PeptidePair PPair = GetPeptPair(Pept, i, RefNumber);
Res[i] = PPair.Ratio;
}
return Res;
}
public void LoadAllMSMS(List<QPeptide> AllMSMS)
{
iLog.Log("Loading All MS/MS Entries");
iLog.RepProgress(0);
SQLiteCommand Select = new SQLiteCommand(
"Select MascotScan, MascotMZ, MascotScore, MascotRT, TheorIsoRatio, Charge, "+
"IPI, ipis, Sequence, Peptides, ModDesc, ModMass, [Case] From AllMSMS "+
"Order by IPI",con);
SQLiteDataReader Reader = Select.ExecuteReader();
int Count = 0;
while(Reader.Read()){
QPeptide Pept = new QPeptide();
Pept.MascotScan = Reader.GetInt32(0);
Pept.MascotMZ = Reader.GetDouble(1);
Pept.MascotScore = Reader.GetDouble(2);
Pept.MascotRT = Reader.GetDouble(3);
Pept.TheorIsotopeRatio = Reader.GetDouble(4);
Pept.Charge = Reader.GetInt32(5);
Pept.IPI = Reader.GetString(6);
//Pept.IPIs = Reader.GetString(7);
Pept.Sequence = Reader.GetString(8);
Pept.peptides = Reader.GetInt32(9);
Pept.ModDesk = Reader.GetString(10);
Pept.ModMass = Reader.GetDouble(11);
Pept.Case = Reader.GetString(12);
AllMSMS.Add(Pept);
Count++;
if (Count%100 == 0){
iLog.RepProgress(Count*100/Reader.RecordsAffected);
}
}
}
abstract public PeptidePair GetPeptPair(QPeptide Pept, int Left, int Right);
public void LoadMascots(List<QProtein> Proteins, List<QPeptide> Mascots)
{
iLog.Log("Loading Mascot Peptides");
iLog.RepProgress(0);
SQLiteCommand Select = new SQLiteCommand(
"Select MascotScan, MascotMZ, MascotScore, MascotRT, TheorIsoRatio, Charge, "+
"IPI, ipis, Sequence, Peptides, ModDesc, ModMass, [Case] From Mascots "+
"Order by IPI",con);
SQLiteDataReader Reader = Select.ExecuteReader();
Reader.Read();
for (int i = 0 ; i < Proteins.Count ; i++){
while(Reader["IPI"].ToString() == Proteins[i].ipi){
QPeptide Pept = new QPeptide();
Pept.MascotScan = Reader.GetInt32(0);
Pept.MascotMZ = Reader.GetDouble(1);
Pept.MascotScore = Reader.GetDouble(2);
Pept.MascotRT = Reader.GetDouble(3);
Pept.TheorIsotopeRatio = Reader.GetDouble(4);
Pept.Charge = Reader.GetInt32(5);
Pept.IPI = Reader.GetString(6);
//Pept.IPIs = Reader.GetString(7);
Pept.Sequence = Reader.GetString(8);
Pept.peptides = Reader.GetInt32(9);
Pept.ModDesk = Reader.GetString(10);
Pept.ModMass = Reader.GetDouble(11);
Pept.Case = Reader.GetString(12);
Mascots.Add(Pept);
Proteins[i].Peptides.Add(Pept);
if (!Reader.Read()) break;
}
iLog.RepProgress(i*100/Proteins.Count);
}
}
//надеемся что они синхронизированы
public override double[] GetPeptRatios(QPeptide Pept)
{
double[,] RatioMatrix = new double[FileCount, FileCount];
int Index = GetPeptIndex(Pept);
for ( int i = 0 ; i < FileCount ; i++){
for ( int j = 0 ; j < FileCount ; j++){
RatioMatrix[i, j] = PeptideRatios[i,j][Index];
}
}
double[,] ErrorMatrix = null;
double[] Res = new double[FileCount];
Res = SolveMatrix(RatioMatrix, ref ErrorMatrix);
return Res;
}
public override PeptidePair GetPeptPair(QPeptide Pept, int Left, int Right)
{
return null;
}
public int GetPeptIndex(QPeptide Pept)
{
int Index=Peptides.BinarySearch(Pept, new QPeptide.bySet());
return Index;
}
abstract public double[] GetPeptRatios(QPeptide Pept);
public abstract double[] GetPeptRatios(QPeptide Pept);
public override PeptidePair GetPeptPair(QPeptide Pept, int Left, int Right)
{
if (Right != RefNumber || Left > FileCount - 1) return null;
QAlignment TargetAl = AlLine[Left];
for (int i = 0; i < TargetAl.Peptides.Count; i++ ){
if (TargetAl.Peptides[i].Peptide == Pept){
return TargetAl.Peptides[i];
}
}
return null;
}
static public bool FillMSMSLists(
ref List <QPeptide> Mascots,
ref List <QPeptide> MSMSList,
ref List <QProtein> Proteins,
StreamReader sr)
{
int LineCount = 0;
//пока табов меньше пяти - это строки заголовка - отматываем их
List <string> Tokens = new List <string>();
while (!sr.EndOfStream)
{
string str = sr.ReadLine();
LineCount++;
Tokens = new List <string>(str.Split(new char[] { '\t' }));
if (Tokens.Count > 3 && !Tokens.Contains(""))
{
break;
}
}
if (sr.EndOfStream)
{
MessageBox.Show("Wrong text file format. No data found");
return(false);
}
//в верхний регистр и обрезать
for (int i = 0; i < Tokens.Count; i++)
{
Tokens[i] = Tokens[i].ToUpper().Trim();
}
//на выходе - заголовок таблицы
int[] Indexes = new int[9];
//0 - SEQUENCE || ID - ID of feature
Indexes[0] = Tokens.IndexOf("SEQUENCE") + Tokens.IndexOf("ID") + 1;
//1 - MOD DESCR. || DESC - Description of feature (ID & Desc combines composite unique index of feature inside of group) – optional
Indexes[1] = Tokens.IndexOf("MOD DESCR.") + Tokens.IndexOf("DESC") + 1;
//2 - IPI || GROUP ID - ID of feature group (have to be unique) – if not defined – all the features will be treated separately
Indexes[2] = Tokens.IndexOf("IPI") + Tokens.IndexOf("GROUP ID") + 1;
//3 - IPI DESC || GROUP DESC - ID of feature group (have to be unique) – if not defined – all the features will be treated separately
Indexes[3] = Tokens.IndexOf("IPI DESC") + Tokens.IndexOf("GROUP DESC") + 1;
//4 - RT ORDER || ORDER - Average elution order (optional but desired)
Indexes[4] = Tokens.IndexOf("RT ORDER") + Tokens.IndexOf("ORDER") + 1;
//5 - RT APEX || RT - Elution time
Indexes[5] = Tokens.IndexOf("RT APEX") + Tokens.IndexOf("RT") + 1;
//6 - MZ MASCOT || MZ - Feature m/z
Indexes[6] = Tokens.IndexOf("MZ MASCOT") + Tokens.IndexOf("MZ") + 1;
//7 - CHARGE - Charge
Indexes[7] = Tokens.IndexOf("CHARGE");
//8 - MASCOT SCORE || Score – optional
Indexes[8] = Tokens.IndexOf("MASCOT SCORE") + Tokens.IndexOf("SCORE") + 1;
//Check obligatory fields
if (Indexes[0] < 0 || Indexes[5] < 0 || Indexes[6] < 0 || Indexes[7] < 0)
{
MessageBox.Show("File parsing error. Please, check input file for obligatory columns which are SEQUENCE|ID, RT APEX|RT, MZ MASCOT|MZ, CHARGE.");
return(false);
}
Mascots = new List <QPeptide>();
int IPICount = 0;
while (!sr.EndOfStream)
{
string str = sr.ReadLine();
LineCount++;
Tokens = new List <string>(str.Split(new char[] { '\t' }));
if (Tokens.Count <= 3)
{
continue;
}
try{
QPeptide P = new QPeptide();
P.MascotMZ = Convert.ToDouble(Tokens[Indexes[6]]);
P.MascotRT = Convert.ToDouble(Tokens[Indexes[5]]);
P.MascotScore = (Indexes[8] < 0)?Convert.ToDouble(Settings.Default.MascotScore):Convert.ToDouble(Tokens[Indexes[8]]);
if (P.MascotScore < Convert.ToDouble(Settings.Default.MascotScore))
{
continue;
}
P.MascotScan = (Indexes[4] < 0)?0:Convert.ToInt32(Tokens[Indexes[4]]);
P.Charge = Convert.ToInt32(Tokens[Indexes[7]]);
P.IPI = (Indexes[2] < 0)?(IPICount++).ToString():Tokens[Indexes[2]];
P.IPIs = new List <string>();
P.Sequence = Tokens[Indexes[0]];
P.ModDesk = (Indexes[1] < 0)?"":Tokens[Indexes[1]];
//временно помещаем описание белка в Case
P.Case = (Indexes[3] < 0)?"":Tokens[Indexes[3]];
Mascots.Add(P);
}catch (IndexOutOfRangeException e) {
MessageBox.Show("File parsing error", "Check column consistency.");
return(false);
}catch {
MessageBox.Show("File parsing error", "Check data format from string " + LineCount.ToString() + ".");
return(false);
}
}
Mascots.Sort(new QPeptide.byIPIs());
QProtein Prot;
Proteins = new List <QProtein>();
//Теперь собираем белки
string PrevIPI = "";
int PrevIPIInd = 0;
for (int i = 0; i <= Mascots.Count; i++)
{
if (i == Mascots.Count || (Mascots[i].IPI != PrevIPI && PrevIPI != ""))
{
if (i - PrevIPIInd >= Convert.ToInt32(Settings.Default.PeptperProt))
{
Prot = new QProtein();
Prot.ipi = PrevIPI;
Prot.ipis = new List <string>();
Prot.Desc = Mascots[PrevIPIInd].Case;
Prot.Peptides = new List <QPeptide>();
for (int j = PrevIPIInd; j < i; j++)
{
Mascots[j].PartOfProtein = Prot;
Mascots[j].Case = "";
Prot.Peptides.Add(Mascots[j]);
}
Proteins.Add(Prot);
}
PrevIPIInd = i;
}
PrevIPI = i < Mascots.Count ? Mascots[i].IPI : "";
}
//чистим Mascots от пептидов без белков и зодно ставим MascotOrder если его там не было
if (Indexes[4] == -1)
{
Mascots.Sort(new QPeptide.byMascotRT());
}
for (int i = Mascots.Count - 1; i >= 0; i--)
{
if (Indexes[4] == -1)
{
Mascots[i].MascotScan = i;
}
if (Mascots[i].PartOfProtein == null)
{
Mascots.RemoveAt(i);
}
}
Mascots.Sort(new QPeptide.byIPIs());
MSMSList = Mascots;
return(true);
}
