private void Trim(FunctionTree geneNode, int level)
{
// i ako je nivo 0 tada
if (level == 1 || geneNode.SubFunctionTree == null)
{
// odstrani potomke
if (geneNode.SubFunctionTree != null)
{
geneNode.SubFunctionTree.Clear();
//postavi null za potimke da se delocira memorija
geneNode.SubFunctionTree = null;
}
// a cvor funkcija generiraj kao terminal
if (geneNode.NodeValue >= 2000)
{
GenerateGene(geneNode, false);
}
}
else //Ako nivo nije 0 tada udji u novo za 1 manji
{
// prolazi kroz potomke sa novoom za 1 manjim
for (int i = 0; i < geneNode.SubFunctionTree.Count; i++)
{
Trim(geneNode.SubFunctionTree[i], level - 1);
}
}
}
public void CrossOverHromosomes(FunctionTree c1, FunctionTree c2)
{
FunctionTree node = c1;// root u privremenu varijablu od koje se bira slucajno potomak
while (true)
{
if (node.SubFunctionTree == null)
{
node = Swap(node, c2);
break;
}
// slucajno izabrani broj
int r = rand.Next(node.SubFunctionTree.Count);
//Slucajno izabrani potomak
FunctionTree child = node.SubFunctionTree[r];
//Ako slucajno izabrani potomak nema potomaka onda se on ukrsta ili ako se generise slucajno broj 0
if ((child.SubFunctionTree == null) || (rand.Next(gpParameters.maxCossoverLevel) == 0 /*(int)(gpParameters.maxCossoverLevel/2)*/))
{
// izvrsi zamjenu genetskog materijala
node.SubFunctionTree[r] = Swap(node.SubFunctionTree[r], c2);
break;//prekini petlju jer je ukrstanje napravljeno
}
// Udju u potomke potomka
node = child;
}
// Na kraju poravnati dubinu na ogranicenu ako je doslo do povecaja dubine
Trim(c1, gpParameters.maxCossoverLevel);
Trim(c2, gpParameters.maxCossoverLevel);
}
/// <summary>
/// Evaluation of chromosome
/// </summary>
/// <param name="c"></param>
private void EvaluateChromosome(GPChromosome c)
{
c.Fitness = 0;
List <int> lst = new List <int>();
FunctionTree.ToListExpression(lst, c.Root);
gpParameters.GPFitness.Evaluate(lst, gpFunctionSet, gpTerminalSet, c);
}
public static void ToListExpression(List <int> lstExpr, FunctionTree node)
{
//If subFunctTree is not null
if (node.SubFunctionTree != null)
{
Debug.Assert(node.SubFunctionTree.Count != 0);
// pretraži sve čvorove
for (int i = 0; i < node.SubFunctionTree.Count; i++)
{
ToListExpression(lstExpr, node.SubFunctionTree[i]);
}
}
lstExpr.Add(node.NodeValue);
}
private void GenerateChromosome(FunctionTree treeNode, int level)
{
if (level <= 0)
{
GenerateGene(treeNode, false);
treeNode.SubFunctionTree = null;
}
else
{
//Ako nije maximalni novo onda treba postupiti shodno metodi inicijalizacije
if (gpParameters.einitializationMethod == EInitializationMethod.FullInitialization ||
gpParameters.einitializationMethod == EInitializationMethod.HalfHalfInitialization)
{
GenerateGene(treeNode, true);
}
else//A ako je u pitanju rastuca slucajno generisi cvor
{
GenerateGene(treeNode);
}
}
// Kada se je generirao Cvor (GEN) gornji kod, tada se trea generirati i
// potomci toga Gena. Odnosno generiraj onoliko potomaka koliko funkcija ima argumenata
if (treeNode.NodeValue > 1999)
{
//Number of aritry of node function
int numAritry = gpFunctionSet.functions[treeNode.NodeValue - 2000].Aritry;
//Formiraj onoliko potomaka koliko ima argumenata
treeNode.SubFunctionTree = new List <FunctionTree>(numAritry);
//Svaki novonastali potomak inicijaliziraj i generiraj
for (int i = 0; i < numAritry; i++)
{
// Formiraj potomak
FunctionTree child = new FunctionTree();
//Generiraj ga s tim da se nivo smanji za jedan
GenerateChromosome(child, level - 1);
// Kad se generira pridruzi potomke njgovom rodtelju
treeNode.SubFunctionTree.Add(child);
}
}
}
public object Clone()
{
FunctionTree clone = new FunctionTree();
// clone node2 value
clone.NodeValue = this.NodeValue;
// clone its subtrees
if (this.SubFunctionTree != null)
{
clone.SubFunctionTree = new List <FunctionTree>();
// clone each child gene
for (int i = 0; i < this.SubFunctionTree.Count; i++)
{
FunctionTree cl = (FunctionTree)this.SubFunctionTree[i].Clone();
clone.SubFunctionTree.Add(cl);
}
}
return(clone);
}
private void GenerateGene(FunctionTree gPGenNode, bool isFunction)
{
//Ako je broj terminala veći od 1000
if (gpFunctionSet.terminals.Count > 999)
{
throw new Exception("Maximum number of terminals must be less than 999");
}
// Brojevi veci od 2000 oznacavat ce funkcije
if (isFunction)
{
short f = (short)rand.Next(gpFunctionSet.functions.Count);
gPGenNode.NodeValue = (short)(2000 + f);
}
//Brojevi od 1000-2000 oznacavat ce slobodne koeficijente i ulazne parametre
else
{
//Slucajno biramo jedan od terminala
short r = (short)rand.Next(gpFunctionSet.terminals.Count);
gPGenNode.NodeValue = (short)(1000 + r);
}
}
private FunctionTree Swap(FunctionTree c1, FunctionTree c2)
{
//privremena varijabla
FunctionTree node2 = c2;
while (true)
{
if (node2.SubFunctionTree == null)
{
// zamjena cvorova
FunctionTree tempNode = c2;
c2 = c1;
return(tempNode);
}
// slucajno izabiremo potomak od node2-a
int r = rand.Next(node2.SubFunctionTree.Count);
//pohranjujemo potomak u varijablu child i sad od njega poslije trazimo tacku ukrstanja
FunctionTree child = node2.SubFunctionTree[r];
// swap the random node2, if it is an end node2 or
// random generator "selected" this node2
//Ako child nema potomaka tada tj ako je terminal tada je to tacka zamjene
if ((child.SubFunctionTree == null) || (rand.Next(gpParameters.maxCossoverLevel) == 0 /*(int)(gpParameters.maxCossoverLevel / 2)*/))
{
// zamjena cvorova
FunctionTree tempNode = node2.SubFunctionTree[r];
node2.SubFunctionTree[r] = c1;
return(tempNode);
}
//Ako child ima potomke tada se vracamo na pocetak i
//ponovo slucajno biramo potomak sad od child-a
node2 = child;
}
}
public FunctionTree(FunctionTree node)
{
NodeValue = node.NodeValue;
SubFunctionTree = node.SubFunctionTree;
}
/// <summary>
/// Copy constructor
/// </summary>
public GPChromosome(GPChromosome source)
{
//Helper for cloning
Root = (FunctionTree)source.Root.Clone();
fitness = source.Fitness;
}
public void PermutateChromosome(FunctionTree c)
{
// current node
FunctionTree node = c;
while (true)
{
if (node.SubFunctionTree == null)
{
break;
}
//Ovdje pocinjemo proces mutacije. Slucajno generisemo tačku mutacije. Odnosno generiramo slucajnog
// potomka. Koji ce mutirati ili ce mutirati njegov potomak
int r = rand.Next(node.SubFunctionTree.Count + 1);
int count = node.SubFunctionTree.Count;
//Ako smo generirali broj koji je isti kao i broj potomaka argumenata funkcija tada je odluka da taj cvor mutira
//Ovo mi je malo bezvez nacin odluke koji ce cvor mutirati jer je u glavnom broj argumenata 2 tako da vec prvi cvorovi
// najvjerojatnije da ce mutirati
if (r == count)
{
// Kada smo odabrali da ce doticni cvor da permutira
// generiramo slucajnu permutaciju na osnovu broja argumenata
int aritry = count;
//Ako je aritry == 1 onda nema smisla praviti permutaciju
if (aritry <= 1)
{
continue;
}
//Ako je Aritry == 2 tada imamo samo jednu permutaciju pa
// je definšemo na sljedeci nacin
else if (aritry == 2)
{
FunctionTree temp = null;
temp = node.SubFunctionTree[0];
node.SubFunctionTree[0] = node.SubFunctionTree[1];
node.SubFunctionTree[1] = temp;
}
else
{
for (int ii = 0; ii < aritry; ii++)
{
FunctionTree temp = null;
int temIndex = rand.Next(aritry);
int tempIndex2 = rand.Next(aritry);
if (temIndex != tempIndex2)
{
temp = node.SubFunctionTree[temIndex];
node.SubFunctionTree[temIndex] = node.SubFunctionTree[tempIndex2];
node.SubFunctionTree[tempIndex2] = temp;
}
}
}
break;//Kada se dogodi mutacija tada for petlja nema vise sta da vrti
}
// prelazimo na novi nivo
node = node.SubFunctionTree[r];
}
}
public void MutateChromosome(FunctionTree c)
{
//Refeentni nivo
int currentLevel = 0;
//Maximalni nivo mutacija. -1 ide zbog brojanja od nule
int maxLevel = gpParameters.maxMutationLevel - 1;
// current node
FunctionTree node = c;
while (true)
{
// Ako je node bez potomaka onda treba generiratido nivoa maximalnog za mutaciju
if (node.SubFunctionTree == null)
{
//Ako je tekuci nivo dostigao maximalni nivo mutacije formiraj Terminal
if (currentLevel >= maxLevel)
{
GenerateGene(node, false);
}
else //Ako je tekuci nivo manji od maximalnog onda generiraj dalje
{
GenerateChromosome(node, currentLevel - 1);
}
break;
}
//Ovdje pocinjemo proces mutacije. Slucajno generisemo tačku mutacije. Odnosno generiramo slucajnog
// potomka. Koji ce mutirati ili ce mutirati njegov potomak. +1 znaci generiranje brojeva do vrijednosti Cout
// ako je generirani broj == Count tada taj cvor mutira inace mutira njegov generirani potomak
int r = rand.Next(node.SubFunctionTree.Count + 1);
//Ako smo generirali broj koji je isti kao i broj potomaka argumenata funkcija tada je odluka da taj cvor mutira
//Ovo mi je malo bezvez nacin odluke koji ce cvor mutirati jer je u glavnom broj argumenata 2 tako da vec prvi cvorovi
// najvjerojatnije da ce mutirati
if (r == node.SubFunctionTree.Count)
{
// Kada smo odabrali da ce doticni cvor da mutira
// ponovo ga regegeneriramo.
if (currentLevel >= maxLevel)//Ako je level veci ili jedna maximalnom levelu tada moramo generirati terminal
{
GenerateGene(node, false);
}
else
{
GenerateGene(node);
}
// Ako smo regenerirani cvor postao terminal tada njegovi potomci
// trebaju biti odbacenu
if (node.NodeValue < 2000)// || currentLevel >= maxLevel)
{
node.SubFunctionTree = null;
}
else//Ako je novogenerirani (mutirani cvor ) funkcija tada dalje regeneriramo hromosom
{
// ako mutirani cvor ne posjeduje potomke
// potrebno ih je formirati
int count = 0;
if (node.SubFunctionTree == null)
{
//I to onoliko koliko ima argumanata mutirani cvor
count = gpFunctionSet.functions[node.NodeValue - 2000].Aritry;
node.SubFunctionTree = new List <FunctionTree>(count);
}
else
{
count = gpFunctionSet.functions[node.NodeValue - 2000].Aritry;
//Debug.Assert(count == gpFunctionSet.functions[node.NodeValue.IndexValue - 2000].Aritry);
}
// Sada uskladjujemo potomke sa brojem argumenata
//funkcije koje se formirala nakon mutacije
//To znaci da akomutirani cvor ima isti broj argumenata kao i prije mutacije
// tu ne radimo nista ostavljamo ga kakav jeste
//A ako je taj broj razlicit potrebno je to usladiti
if (node.SubFunctionTree.Count != count)
{
//Pa ako je broj argumenata veci tada odstranjujemo visak
if (node.SubFunctionTree.Count > count)
{
// remove extra children
node.SubFunctionTree.RemoveRange(count, node.SubFunctionTree.Count - count);
}
else//A ako je manji dodajemo
{
// add missing children
for (int i = node.SubFunctionTree.Count; i < count; i++)
{
// create new child
FunctionTree child = new FunctionTree();
GenerateChromosome(child, currentLevel - 1);
// add the new child
node.SubFunctionTree.Add(child);
}
}
}
}
break;//Kada se dogodi mutacija tada for petlja nema vise sta da vrti
}
// Ako se nije desila mutacija na tekucem novou tada nivo pomjeramo za jedan vise i ponavljamo petlju
node = node.SubFunctionTree[r];
currentLevel++;
}
}
private void GenerateGene(FunctionTree gPGenNode)
{
// potrebno je dati više vjerojatnost da se generiše funkcija u odnosu na terminale
GenerateGene(gPGenNode, (rand.Next(4) != 3));
}