static void Grouper()
{
// Set up complements map
map = new byte[256];
for (byte b = 0; b < 255; b++)
{
map[b] = b;
}
map[(byte)'A'] = (byte)'T';
map[(byte)'B'] = (byte)'V';
map[(byte)'C'] = (byte)'G';
map[(byte)'D'] = (byte)'H';
map[(byte)'G'] = (byte)'C';
map[(byte)'H'] = (byte)'D';
map[(byte)'K'] = (byte)'M';
map[(byte)'M'] = (byte)'K';
map[(byte)'R'] = (byte)'Y';
map[(byte)'T'] = (byte)'A';
map[(byte)'V'] = (byte)'B';
map[(byte)'Y'] = (byte)'R';
map[(byte)'a'] = (byte)'T';
map[(byte)'b'] = (byte)'V';
map[(byte)'c'] = (byte)'G';
map[(byte)'d'] = (byte)'H';
map[(byte)'g'] = (byte)'C';
map[(byte)'h'] = (byte)'D';
map[(byte)'k'] = (byte)'M';
map[(byte)'m'] = (byte)'K';
map[(byte)'r'] = (byte)'Y';
map[(byte)'t'] = (byte)'A';
map[(byte)'v'] = (byte)'B';
map[(byte)'y'] = (byte)'R';
var startHeader = 0;
var i = 0;
bool afterFirst = false;
var data = new List <byte[]>();
byte[] bytes;
while (tryTake(readQue, out bytes))
{
data.Add(bytes);
while ((i = Array.IndexOf <byte>(bytes, GT, i + 1)) != -1)
{
var sequence = new RevCompSequence {
Pages = data
, StartHeader = startHeader, EndExclusive = i
};
if (afterFirst)
{
(sequence.ReverseThread = new Thread(() => Reverse(sequence))).Start();
}
else
{
afterFirst = true;
}
writeQue.Add(sequence);
startHeader = i;
data = new List <byte[]> {
bytes
};
}
}
i = Array.IndexOf <byte>(data[data.Count - 1], 0, 0);
var lastSequence = new RevCompSequence {
Pages = data
, StartHeader = startHeader, EndExclusive = i == -1 ? data[data.Count - 1].Length : i
};
Reverse(lastSequence);
writeQue.Add(lastSequence);
writeQue.CompleteAdding();
}
static void Reverse(RevCompSequence sequence)
{
var startPageId = 0;
var startBytes = sequence.Pages[0];
var startIndex = sequence.StartHeader;
// Skip header line
while ((startIndex = Array.IndexOf <byte>(startBytes, LF, startIndex)) == -1)
{
startBytes = sequence.Pages[++startPageId];
startIndex = 0;
}
var endPageId = sequence.Pages.Count - 1;
var endIndex = sequence.EndExclusive - 1;
if (endIndex == -1)
{
endIndex = sequence.Pages[--endPageId].Length - 1;
}
var endBytes = sequence.Pages[endPageId];
// Swap in place across pages
do
{
var startByte = startBytes[startIndex];
if (startByte < SP)
{
if (++startIndex == startBytes.Length)
{
startBytes = sequence.Pages[++startPageId];
startIndex = 0;
}
if (startIndex == endIndex && startPageId == endPageId)
{
break;
}
startByte = startBytes[startIndex];
}
var endByte = endBytes[endIndex];
if (endByte < SP)
{
if (--endIndex == -1)
{
endBytes = sequence.Pages[--endPageId];
endIndex = endBytes.Length - 1;
}
if (startIndex == endIndex && startPageId == endPageId)
{
break;
}
endByte = endBytes[endIndex];
}
startBytes[startIndex] = map[endByte];
endBytes[endIndex] = map[startByte];
if (++startIndex == startBytes.Length)
{
startBytes = sequence.Pages[++startPageId];
startIndex = 0;
}
if (--endIndex == -1)
{
endBytes = sequence.Pages[--endPageId];
endIndex = endBytes.Length - 1;
}
} while (startPageId < endPageId || (startPageId == endPageId && startIndex < endIndex));
if (startIndex == endIndex)
{
startBytes[startIndex] = map[startBytes[startIndex]];
}
}
