public void test_KineticLaw_getParameterById()
{
Parameter k1 = new Parameter(2,4);
Parameter k2 = new Parameter(2,4);
k1.setId( "k1");
k2.setId( "k2");
k1.setValue(3.14);
k2.setValue(2.72);
M.addParameter(k1);
M.addParameter(k2);
Reaction r1 = new Reaction(2,4);
r1.setId( "reaction_1" );
KineticLaw kl = new KineticLaw(2,4);
kl.setFormula( "k1 * X0");
Parameter k3 = new Parameter(2,4);
Parameter k4 = new Parameter(2,4);
k3.setId( "k1");
k4.setId( "k2");
k3.setValue(2.72);
k4.setValue(3.14);
kl.addParameter(k3);
kl.addParameter(k4);
r1.setKineticLaw(kl);
M.addReaction(r1);
KineticLaw kl1 = M.getReaction(0).getKineticLaw();
assertNotEquals(kl1.getParameter( "k1" ),k3);
assertNotEquals(kl1.getParameter( "k1" ),k1);
assertNotEquals(kl1.getParameter( "k2" ),k4);
assertEquals(kl1.getParameter( "k3" ),null);
}
public void test_KineticLaw_addParameter()
{
Parameter p = new Parameter(2,4);
p.setId( "p");
kl.addParameter(p);
assertTrue( kl.getNumParameters() == 1 );
p = null;
}
public void test_KineticLaw_addParameter2()
{
KineticLaw kl = new KineticLaw(2,2);
Parameter p = new Parameter(2,1);
p.setId( "p");
int i = kl.addParameter(p);
assertTrue( i == libsbml.LIBSBML_VERSION_MISMATCH );
assertTrue( kl.getNumParameters() == 0 );
p = null;
kl = null;
}
public void test_KineticLaw_addParameter1()
{
KineticLaw kl = new KineticLaw(2,2);
Parameter p = new Parameter(2,2);
int i = kl.addParameter(p);
assertTrue( i == libsbml.LIBSBML_INVALID_OBJECT );
p.setId( "p");
i = kl.addParameter(p);
assertTrue( i == libsbml.LIBSBML_OPERATION_SUCCESS );
assertTrue( kl.getNumParameters() == 1 );
p = null;
kl = null;
}
public void test_Model_addParameter3()
{
Model m = new Model(2,2);
Parameter p = new Parameter(1,2);
p.setId( "p");
int i = m.addParameter(p);
assertTrue( i == libsbml.LIBSBML_LEVEL_MISMATCH );
assertTrue( m.getNumParameters() == 0 );
p = null;
m = null;
}
public void test_Model_addParameter1()
{
Model m = new Model(2,2);
Parameter p = new Parameter(2,2);
int i = m.addParameter(p);
assertTrue( i == libsbml.LIBSBML_INVALID_OBJECT );
p.setId( "p");
i = m.addParameter(p);
assertTrue( i == libsbml.LIBSBML_OPERATION_SUCCESS );
assertTrue( m.getNumParameters() == 1 );
p = null;
m = null;
}
public void test_Parameter_assignmentOperator()
{
Parameter o1 = new Parameter(2,4);
o1.setId("c");
assertTrue( o1.getId() == "c" );
Parameter o2 = new Parameter(2,4);
o2 = o1;
assertTrue( o2.getId() == "c" );
assertTrue( o2.getParentSBMLObject() == o1.getParentSBMLObject() );
o2 = null;
o1 = null;
}
public void test_Parameter_copyConstructor()
{
Parameter o1 = new Parameter(2,4);
o1.setId("c");
assertTrue( o1.getId() == "c" );
Parameter o2 = new Parameter(o1);
assertTrue( o2.getId() == "c" );
assertTrue( o2.getParentSBMLObject() == o1.getParentSBMLObject() );
o2 = null;
o1 = null;
}
public void test_KineticLaw_getParameterById()
{
Parameter k1 = new Parameter(2,4);
Parameter k2 = new Parameter(2,4);
k1.setId( "k1");
k2.setId( "k2");
k1.setValue(3.14);
k2.setValue(2.72);
kl.addParameter(k1);
kl.addParameter(k2);
k1 = null;
k2 = null;
assertTrue( kl.getNumParameters() == 2 );
k1 = kl.getParameter( "k1");
k2 = kl.getParameter( "k2");
assertTrue(( "k1" == k1.getId() ));
assertTrue(( "k2" == k2.getId() ));
assertTrue( k1.getValue() == 3.14 );
assertTrue( k2.getValue() == 2.72 );
}
public void test_internal_consistency_check_99904_param()
{
SBMLDocument d = new SBMLDocument(2,4);
long errors;
Parameter p = new Parameter(2,4);
d.setLevelAndVersion(1,2,false);
Model m = d.createModel();
Compartment c = m.createCompartment();
c.setId("cc");
p.setId("p");
p.setMetaId("mmm");
m.addParameter(p);
errors = d.checkInternalConsistency();
assertTrue( errors == 0 );
d = null;
}
public void test_Parameter_ancestor_add()
{
Parameter ia = new Parameter(2,4);
Model m = new Model(2,4);
ia.setId("p");
m.addParameter(ia);
ia = null;
ListOf lo = m.getListOfParameters();
Parameter obj = m.getParameter(0);
assertTrue( obj.getAncestorOfType(libsbml.SBML_MODEL) == m );
assertTrue( obj.getAncestorOfType(libsbml.SBML_LIST_OF) == lo );
assertTrue( obj.getAncestorOfType(libsbml.SBML_DOCUMENT) == null );
assertTrue( obj.getAncestorOfType(libsbml.SBML_EVENT) == null );
}
public void test_internal_consistency_check_99903_localparam()
{
SBMLDocument d = new SBMLDocument(2,4);
long errors;
Parameter p = new Parameter(2,4);
d.setLevelAndVersion(1,2,false);
Model m = d.createModel();
Compartment c = m.createCompartment();
c.setId("cc");
Reaction r = m.createReaction();
r.setId("r");
SpeciesReference sr = r.createReactant();
sr.setSpecies("s");
KineticLaw kl = r.createKineticLaw();
kl.setFormula("2");
p.setId("p");
p.setConstant(false);
kl.addParameter(p);
errors = d.checkInternalConsistency();
assertTrue( errors == 0 );
d = null;
}
public void test_internal_consistency_check_99903_param()
{
SBMLDocument d = new SBMLDocument(2,4);
long errors;
Parameter p = new Parameter(2,4);
d.setLevelAndVersion(1,2,false);
Model m = d.createModel();
Compartment c = m.createCompartment();
c.setId("cc");
p.setConstant(true);
p.setId("c");
m.addParameter(p);
Rule r = m.createAssignmentRule();
r.setVariable("c");
r.setFormula("2*3");
errors = d.checkInternalConsistency();
assertTrue( errors == 2 );
d = null;
}
public void test_internal_consistency_check_99911_param()
{
SBMLDocument d = new SBMLDocument(2,4);
long errors;
Model m = d.createModel();
Parameter p = new Parameter(2,4);
d.setLevelAndVersion(2,1,false);
p.setId("p");
p.setSBOTerm(2);
m.addParameter(p);
errors = d.checkInternalConsistency();
assertTrue( errors == 0 );
d = null;
}
public void test_Parameter_L1V1()
{
Parameter p = new Parameter(1,1);
assertEquals( false, (p.hasRequiredAttributes()) );
p.setId("p");
assertEquals( false, (p.hasRequiredAttributes()) );
p.setValue(12);
assertEquals( true, p.hasRequiredAttributes() );
p = null;
}
public void test_Parameter()
{
Parameter p = new Parameter(2,4);
assertEquals( false, (p.hasRequiredAttributes()) );
p.setId("p");
assertEquals( true, p.hasRequiredAttributes() );
p = null;
}
public void test_Model_addParameter5()
{
Model m = new Model(2,2);
Parameter p = new Parameter(2,2);
p.setId( "p");
Parameter p1 = new Parameter(2,2);
p1.setId( "p");
int i = m.addParameter(p);
assertTrue( i == libsbml.LIBSBML_OPERATION_SUCCESS );
assertTrue( m.getNumParameters() == 1 );
i = m.addParameter(p1);
assertTrue( i == libsbml.LIBSBML_DUPLICATE_OBJECT_ID );
assertTrue( m.getNumParameters() == 1 );
p = null;
p1 = null;
m = null;
}
public void test_KineticLaw_Parameter_parent_add()
{
KineticLaw kl = new KineticLaw(2,4);
Parameter p = new Parameter(2,4);
p.setId("jake");
kl.addParameter(p);
p = null;
assertTrue( kl.getNumParameters() == 1 );
assertTrue( kl.getParameter(0).getId() == "jake" );
ListOfParameters lop = kl.getListOfParameters();
assertTrue( kl == lop.getParentSBMLObject() );
assertTrue( lop == kl.getParameter(0).getParentSBMLObject() );
kl = null;
}
public void test_KineticLaw_Parameter_ancestor_add()
{
KineticLaw kl = new KineticLaw(2,4);
Parameter p = new Parameter(2,4);
p.setId("jake");
kl.addParameter(p);
p = null;
ListOfParameters lop = kl.getListOfParameters();
Parameter obj = kl.getParameter(0);
assertTrue( obj.getAncestorOfType(libsbml.SBML_KINETIC_LAW) == kl );
assertTrue( obj.getAncestorOfType(libsbml.SBML_LIST_OF) == lop );
assertTrue( obj.getAncestorOfType(libsbml.SBML_DOCUMENT) == null );
assertTrue( obj.getAncestorOfType(libsbml.SBML_COMPARTMENT) == null );
kl = null;
}
public void test_Parameter_clone()
{
Parameter o1 = new Parameter(2,4);
o1.setId("c");
assertTrue( o1.getId() == "c" );
Parameter o2 = o1.clone();
assertTrue( o2.getId() == "c" );
assertTrue( o2.getParentSBMLObject() == o1.getParentSBMLObject() );
o2 = null;
o1 = null;
}
public void test_L3_Parameter_hasRequiredAttributes()
{
Parameter p = new Parameter(3,1);
assertEquals( false, p.hasRequiredAttributes() );
p.setId( "id");
assertEquals( false, p.hasRequiredAttributes() );
p.setConstant(false);
assertEquals( true, p.hasRequiredAttributes() );
p = null;
}
public void test_Model_getParameter()
{
Parameter p1 = new Parameter(2,4);
Parameter p2 = new Parameter(2,4);
p1.setId( "Km1");
p2.setId( "Km2");
M.addParameter(p1);
M.addParameter(p2);
assertTrue( M.getNumParameters() == 2 );
p1 = M.getParameter(0);
p2 = M.getParameter(1);
assertTrue(( "Km1" == p1.getId() ));
assertTrue(( "Km2" == p2.getId() ));
}
public void test_Parameter_parent_add()
{
Parameter ia = new Parameter(2,4);
Model m = new Model(2,4);
ia.setId("p");
m.addParameter(ia);
ia = null;
ListOf lo = m.getListOfParameters();
assertTrue( lo == m.getParameter(0).getParentSBMLObject() );
assertTrue( m == lo.getParentSBMLObject() );
}
public void test_Model_getParameterById()
{
Parameter p1 = new Parameter(2,4);
Parameter p2 = new Parameter(2,4);
p1.setId( "Km1" );
p2.setId( "Km2" );
M.addParameter(p1);
M.addParameter(p2);
assertTrue( M.getNumParameters() == 2 );
assertNotEquals(M.getParameter( "Km1" ),p1);
assertNotEquals(M.getParameter( "Km2" ),p2);
assertEquals(M.getParameter( "Km3" ),null);
}
public void test_Model_addParameter()
{
Parameter p = new Parameter(2,4);
p.setId( "p");
M.addParameter(p);
assertTrue( M.getNumParameters() == 1 );
}
public void test_KineticLaw_copyConstructor()
{
KineticLaw o1 = new KineticLaw(2,4);
Parameter p = new Parameter(2,4);
p.setId("jake");
o1.addParameter(p);
p = null;
assertTrue( o1.getNumParameters() == 1 );
assertTrue( o1.getParameter(0).getId() == "jake" );
KineticLaw o2 = new KineticLaw(o1);
assertTrue( o2.getNumParameters() == 1 );
assertTrue( o2.getParameter(0).getId() == "jake" );
assertTrue( o2.getParentSBMLObject() == o1.getParentSBMLObject() );
o2 = null;
o1 = null;
}