public void startPopulation()
{
// For que inicializa todos os individuos da população e calcula o fitness inicial de cadas individuo.
for (int i = 0; i < population.Length; i++)
{
population[i] = new Individuo();
NewPopulation[i] = new Individuo();
FitnesCalc(population[i]);
}
}
public Individuo(Individuo x)
{
CadeiaAmino = new List<Aminoacido>();
foreach (var item in x.getlistaAmino())
{
this.CadeiaAmino.Add(item);
}
fitness = x.fitness;
this.diferencial = x.diferencial;
Rank = x.Rank;
}
public void FitnesCalc(Individuo x)
{
double PonderaFitnessAlvo = (100.0 / this.gabarito.Count) / 100;
int PCorretas = GetposiçõesCorretas(x);
double PorcentagemPosições = ((Convert.ToDouble(PCorretas) * 100) / x.returnTamanhoIndividuo())/100;
double Diferencial = 1 - PorcentagemPosições;
double resultado = 0.0;
resultado = (PorcentagemPosições * PonderaFitnessAlvo)*PCorretas;
//for (int i = 0; i < gabarito.Length; i++)
//{
// if (i < x.returnTamanhoIndividuo())
// {
// if (gabarito[i] == x.getGeneAt(i))
// posiçõesCorretas++;
// }
//}
//if (posiçõesCorretas == 0)
// resultado = 0.0;
//else
// resultado = (posiçõesCorretas - 1.0) / (gabarito.Length - 1);
x.setDiferencial(Diferencial);
x.setFitness(resultado);
}
public void AtualizaNovaGeração()
{
for (int i = 0; i < population.Length; i++)
{
population[i] = new Individuo(NewPopulation[i]);
}
}
public void InsereImigrantes()
{
for (int i = 0; i < population.Length; i++)
{
if (population[i].getDiferencial() > 0.60)
{
population[i] = new Individuo();
FitnesCalc(population[i]);
}
}
}
public Individuo CopiarGenes(Individuo pai1, Individuo pai2, Individuo filho)
{
filho.getlistaAmino().Clear();
foreach (var item in pai1.getlistaAmino())
{
filho.getlistaAmino().Add(item);
}
foreach (var item in pai2.getlistaAmino())
{
filho.getlistaAmino().Add(item);
}
return filho;
// CrossOver de um ponto
//int x = 0;
//while (x < pai1.returnTamanhoIndividuo())
//{
// if (x <= tradePosition)
// {
// filho.setGeneAt(pai1.getGeneAt(x), x);
// }
// else
// {
// filho.setGeneAt(pai2.getGeneAt(x), x);
// }
// x++;
//}
//CrossOver uniforme de varios pontos
//for (int i = 0; i < pai1.returnTamanhoIndividuo(); i++)
//{
// if (Random.NextDouble() >= 0.5)
// {
// filho.setGeneAt(pai1.getGeneAt(i), i);
// }
// else
// {
// filho.setGeneAt(pai2.getGeneAt(i), i);
// }
//}
}
public Individuo MutationGene(Individuo x)
{
x.setGeneAt(Random.Next(1, 20), Random.Next(0, x.returnTamanhoIndividuo() - 1));
return x;
}
public void StarCrossOver()
{
int i = 0;
Individuo Pai1;
Individuo Pai2;
Individuo filho = new Individuo();
double S = 0.0;
bool newPopulationFull = false;
this.GerarRank();
foreach (var item in population)
{
S += item.getRank();
}
while (i < 2)
{
NewPopulation[i] = new Individuo(population.OrderByDescending(x => x.getFitness()).ElementAt(i));
i++;
}
//for (int j = 0; j < 50; j++)
//{
// NewPopulation[i] = new Individuo();
// FitnesCalc(NewPopulation[i]);
// i++;
//}
while (newPopulationFull == false)
{
Pai1 = SelectIndividuo(S);
Pai2 = SelectIndividuo(S);
if (crossOverRate <= Random.NextDouble())
{
filho = CopiarGenes(Pai1, Pai2, filho);
if (Random.NextDouble() <= mutationRate)
{
filho = MutationGene(filho);
}
FitnesCalc(filho);
if (i < population.Length)
{
NewPopulation[i] = new Individuo(filho);
i++;
}
else
newPopulationFull = true;
}
Pai1.setLivreCruzamento();
Pai2.setLivreCruzamento();
}
}
public int GetposiçõesCorretas(Individuo x)
{
int indexTeste = 0;
int MaxPosCorretas = 0;
int ContagemAux = 0;
while (indexTeste < x.returnTamanhoIndividuo())
{
List<int> IndexOco = GetIndexOcorrencias(x.getGeneAt(indexTeste));
if (IndexOco.Count != 0)
{
foreach (var item in IndexOco)
{
if ((gabarito.Count- item ) > (x.returnTamanhoIndividuo() - indexTeste))
{
for (int j = item, k = indexTeste; k < x.returnTamanhoIndividuo(); j++, k++)
{
if (gabarito.ElementAt(j).Equals(x.getGeneAt(k)))
ContagemAux++;
}
}
else
{
for (int j = item, k = indexTeste; j < gabarito.Count; j++, k++)
{
if (gabarito.ElementAt(j).Equals(x.getGeneAt(k)))
ContagemAux++;
}
}
if (ContagemAux > MaxPosCorretas)
MaxPosCorretas = ContagemAux;
ContagemAux = 0;
}
}
indexTeste++;
ContagemAux = 0;
}
return MaxPosCorretas;
}
public Individuo MutationGene(Individuo x)
{
x.setGeneAt(Random.Next(1, 20), Random.Next(0, x.returnTamanhoIndividuo() - 1));
return(x);
}
