C# (CSharp) CQS.Genome.Sam SAMLinuxReaderの例

コード例 #1

ファイル: SAMFactory.cs プロジェクト: shengqh/CQS.Core

    public static ISAMFile GetReader(string filename, bool skipHeaders = false)
    {
      ISAMFile result = null;
      if (SAMUtils.IsBAMFile(filename) && !SystemUtils.IsLinux)
      {
        result = new BAMWindowReader(filename);
      }
      else
      {
        result = new SAMLinuxReader("samtools", filename);
      }

      if (skipHeaders)
      {
        result.ReadHeaders();
      }

      return result;
    }

コード例 #2

ファイル: SAMFactory.cs プロジェクト: biosharp-dotnet-labs/CQS.Core

        public static ISAMFile GetReader(string filename, bool skipHeaders = false, string rangeInBedFile = null)
        {
            ISAMFile result = null;

            if (SAMUtils.IsBAMFile(filename) && !SystemUtils.IsLinux)
            {
                result = new BAMWindowReader(filename);
            }
            else
            {
                result = new SAMLinuxReader("samtools", filename, rangeInBedFile);
            }

            if (skipHeaders)
            {
                result.ReadHeaders();
            }

            return(result);
        }