public string SAMToString(SAMAlignedSequence sam)
{
if (sam == null)
{
return(null);
}
return(string.Format("{0}\t{1}\t{2}\t{3}\t{4}\t{5}\t{6}\t{7}\t{8}\t{9}\t{10}\t{11}",
sam.QName,
(int)sam.Flag,
sam.RName,
sam.Pos,
sam.MapQ,
sam.CIGAR,
sam.MRNM,
sam.MPos,
sam.ISize,
sam.GetQuerySequenceString(),
sam.GetQualityScoresString(),
(from of in sam.OptionalFields
select string.Format("{0}:{1}:{2}", of.Tag, of.VType, of.Value)).Merge("\t")));
}
