public QPeptide(MascotParser mp, int Index)
{
MascotSpectra ms = mp.Spectra[Index];
string buf;
MascotMZ = ms.mz;
if (ms.RTApex == 0.0)
{
MascotRT = ms.RT;
}
else
{
MascotRT = ms.RTApex;
}
MascotScan = ms.ScanNumber;
IPIs = new List <string>();
Charge = ms.Charge;
if (ms.Peptides.Count > 0)
{
Peptide Pep = ms.Peptides[0];
for (int j = 0; j < Pep.ProteinNames.Length; j++)
{
buf = Pep.ProteinNames[j];
if (buf[0] == '\"')
{
buf = buf.Substring(1);
}
if (buf[buf.Length - 1] == '\"')
{
buf = buf.Substring(0, buf.Length - 1);
}
IPIs.Add(buf);
}
MascotScore = Pep.Score;
Sequence = Pep.Sequence;
//модификации
ModMass = 0.0;
if (Pep.NModIndex != 0)
{
ModMass += mp.VaryMods[Pep.NModIndex].Mass;
ModDesk += mp.VaryMods[Pep.NModIndex].Name + " on N-Terminus; ";
}
for (int k = 0; k < Pep.ModIndex.GetLength(0); k++)
{
if (Pep.ModIndex[k] != 0)
{
ModMass += mp.VaryMods[Pep.ModIndex[k]].Mass;
ModDesk += mp.VaryMods[Pep.ModIndex[k]].Name + " on position " + k.ToString() + "; ";
}
}
if (Pep.CModIndex != 0)
{
ModMass += mp.VaryMods[Pep.CModIndex].Mass;
ModDesk += mp.VaryMods[Pep.CModIndex].Name + " on C-Terminus; ";
}
}
Matches = null;
AlreadySearched = false;
BandID = -1;
}
public QMSMSList(MascotParser mp)
{
Entries = new List <QMSMSEntry>();
QMSMSEntry Entry;
for (int i = 0; i < mp.Spectra.Count; i++)
{
Entry = new QMSMSEntry();
Entry.Approved = true;
Entry.ms = mp.Spectra[i];
Entry.Match = null;
Entry.FSN = mp.Spectra[i].ScanNumber;
Entries.Add(Entry);
}
byFSN = new QMSMSEntrybyFSN();
Entries.Sort(byFSN);
}
static public void FillMSMSLists(
ref List <QPeptide> Mascots,
ref List <QPeptide> MSMSList,
ref List <QProtein> Proteins,
MascotParser mp)
{
Mascots = new List <QPeptide>();
MSMSList = new List <QPeptide>();
QPeptide data;
int Best, i, j, k;
SpectrabySeq comp = new SpectrabySeq();
mp.Spectra.Sort(comp);
for (i = 0; i < mp.Spectra.Count; i++)
{
//если нет пептидов
if (mp.Spectra[i].Peptides.Count == 0)
{
data = new QPeptide(mp, i);
data.Case = "No peptides identified";
MSMSList.Add(data);
continue;
}
//если у пептидов слишком маленький Score
if (mp.Spectra[i].Peptides[0].Score < Convert.ToDouble(Settings.Default.MascotScore))
{
data = new QPeptide(mp, i);
data.Case = "Peptides identified under score limit";
MSMSList.Add(data);
continue;
}
Best = i;
if (Settings.Default.MascotScoreFiltering)
{
for (j = i + 1; j < mp.Spectra.Count; j++)
{
if (mp.Spectra[i].Peptides[0].Sequence != mp.Spectra[j].Peptides[0].Sequence)
{
break;
}
//определяем идентичность набора модификаций
for (k = 0; k < mp.Spectra[i].Peptides[0].ModIndex.GetLength(0); k++)
{
if (mp.Spectra[i].Peptides[0].ModIndex[k] !=
mp.Spectra[j].Peptides[0].ModIndex[k])
{
break;
}
}
if (k < mp.Spectra[i].Peptides[0].ModIndex.GetLength(0) ||
mp.Spectra[i].Peptides[0].CModIndex != mp.Spectra[j].Peptides[0].CModIndex ||
mp.Spectra[i].Peptides[0].NModIndex != mp.Spectra[j].Peptides[0].NModIndex)
{
break;
}
//поиск лучшего по Score
if (mp.Spectra[j].Peptides[0].Score > mp.Spectra[Best].Peptides[0].Score)
{
Best = j;
}
}
//отмечаем нелучшие в списке всех MS/MS
for (k = i; k < j; k++)
{
if (k != Best)
{
data = new QPeptide(mp, k);
data.Case = string.Format("Not the best score ({0}) for peptide {1} (Max={2})",
mp.Spectra[k].Peptides[0].Score,
mp.Spectra[k].Peptides[0].Sequence,
mp.Spectra[Best].Peptides[0].Score);
MSMSList.Add(data);
}
}
i = j - 1;
}
//только для лучшего по Score если пептид идентифицирован более одного раза
data = new QPeptide(mp, Best);
Mascots.Add(data);
}
//Фильтруем IPI
//Спектр не может соответствовать нескольким IPI за исключением случая когда
//набор спектров идентифицирующих один IPI является подмножеством (возможно полным)
//спектров идентифицирующих другой IPI
//собираем набор тех из них которые являются подмножествами других
List <string> Processed = new List <string>(); //список в который откладываются
List <string> ipiset = new List <string>(); //список всех IPI пептида кроме проверяемого
List <string> NotDeps = new List <string>();
string[] dataexipis = null;
foreach (QPeptide dataex in Mascots) //для каждого пептида
{
dataexipis = new string[dataex.IPIs.Count];
dataex.IPIs.CopyTo(dataexipis);
foreach (string ipi in dataexipis)
{
if (!StringContains(ref Processed, ipi)) //если данный ipi еще не находится в списке обработанных
{
ipiset.Clear(); //составляем множество всех IPI пептида кроме проверяемого
ipiset.AddRange(dataex.IPIs);
StringRemove(ref ipiset, ipi);
foreach (QPeptide chdata in Mascots) //составленный список будем соотносить с полным набором пептидов
{
if (dataex.MascotRT != chdata.MascotRT &&
StringContains(ref chdata.IPIs, ipi))
{
//в этот момент мы установили что dataex и chdata имеют общий ipi
foreach (string ipicheck in ipiset)
{
//здесь мы отбираем в Nodepts идентификаторы
//которые не появляются вместе с ipi
//отбор такого идентификатора в NoDepts означает что существует хотя бы один пептид
// относящийся к ipi но не относящийся к этому идентификатору
//и следовательно ipi не является зависимым от такого идентификатора
if (!StringContains(ref chdata.IPIs, ipicheck) &&
!StringContains(ref NotDeps, ipicheck)) //если есть хотя бы один пептид с проверяемым IPI
{
NotDeps.Add(ipicheck); //не несущий какго-то из IPI начального списка
//то целевой IPI не является зависимым от отсутствующего
}
}
}
}
//если есть хотя бы один идентификатор который всегда встречается вместе с ipi
//то в список Nodepts он никогда не попадет и неполнота списка Nodepts будет признаком
//того что ipi зависит от другого идентификатора и должен быть исключен из списка
//идентификаторов во всех пептидах
if (ipiset.Count != NotDeps.Count)
{
foreach (QPeptide chdata in Mascots)
{
StringRemove(ref chdata.IPIs, ipi);
}
}
else
{
Processed.Add(ipi);
}
NotDeps.Clear();
}
}
}
iLog.RepProgress(50);
//и теперь переносим только непротиворечивые
List <QPeptide> OldMascots = Mascots;
Mascots = new List <QPeptide>();
for (i = 0; i < OldMascots.Count; i++)
{
if (OldMascots[i].IPIs.Count == 1)
{
QPeptide remdata = OldMascots[i];
remdata.IPI = remdata.IPIs[0];
Mascots.Add(remdata);
}
else
{
string Mess = string.Format("This entry ambigously defined as part of {0} Proteins: ", OldMascots[i].IPIs.Count);
for (j = 0; j < OldMascots[i].IPIs.Count; j++)
{
Mess = Mess + OldMascots[i].IPIs[j] + ", ";
}
Mess = Mess.Substring(0, Mess.Length - 2);
OldMascots[i].Case = Mess;
MSMSList.Add(OldMascots[i]);
}
}
iLog.RepProgress(60);
//теперь сортируем по белкам
Mascots.Sort(new QPeptide.byIPIs());
//теперь фильтруем не набравшие достаточного количества пептидов
iLog.RepProgress(70);
QProtein Prot;
Proteins = new List <QProtein>();
int Count = 0;
string preIPI = "";
//!! здесь нет обработки последенего белка
for (i = 0; i <= Mascots.Count; i++)
{
if (i < Mascots.Count && Mascots[i].IPI == preIPI)
{
Count++;
}
else
{
for (j = i - 1; i - j <= Count; j--)
{
QPeptide temp = Mascots[j];
temp.peptides = Count;
Mascots[j] = temp;
}
if (Count >= Convert.ToInt32(Settings.Default.PeptperProt))
{
Prot = new QProtein();
Prot.Peptides = new List <QPeptide>();
Prot.ipis = Mascots[i - 1].IPIs;
Prot.ipi = Mascots[i - 1].IPI;
Prot.Est = 0.0;
for (j = i - 1; i - j <= Count; j--)
{
Prot.Peptides.Add(Mascots[j]);
}
//добываем из файла Маскот описания и имена белка
for (j = 0; j < mp.Proteins.Count; j++)
{
if (mp.Proteins[j].Name == "\"" + Mascots[i - 1].IPI + "\"")
{
break;
}
}
if (j < mp.Proteins.Count)
{
Prot.Name = mp.Proteins[j].Name;
Prot.Desc = mp.Proteins[j].Descr;
}
else
{
Prot.Name = Prot.ipi;
Prot.Desc = "This protein is not described in source .dat file. See initial FASTA file for protein description";
}
Proteins.Add(Prot);
}
else
{
for (j = i - 1; i - j <= Count; j--)
{
Mascots[j].Case = string.Format("This entry belongs to \"{0}\" protein which have only {1} uniquely identified peptide(s)", Mascots[j].IPI, Count);
MSMSList.Add(Mascots[j]);
}
}
Count = 1;
if (i < Mascots.Count)
{
preIPI = Mascots[i].IPI;
}
}
}
iLog.RepProgress(80);
OldMascots = Mascots;
Mascots = new List <QPeptide>();
for (i = 0; i < OldMascots.Count; i++)
{
if (OldMascots[i].peptides >= Convert.ToInt32(Settings.Default.PeptperProt))
{
QPeptide remdata = OldMascots[i];
remdata.Case = string.Format("This entry belongs to \"{0}\" quntified protein", remdata.IPI);
Mascots.Add(remdata);
MSMSList.Add(remdata);
}
else
{
continue;
}
}
iLog.RepProgress(90);
//теперь сортируем по белкам и внутри них
Mascots.Sort(new QPeptide.byMascotSN());
//и указываем теоретические отношения первых изотопов
iLog.RepProgress(100);
}
private void LoadData()
{
Proteins = new List<QProtein>();
db.LoadProteins(Proteins);
Mascots = new List<QPeptide>();
if (Settings.Default.QuantiAll ){
db.LoadMascots(Proteins,Mascots);
MSMSList = new List<QPeptide>();
db.LoadAllMSMS(MSMSList);
//а теперь сливаем Mascots и MSMSList
Mascots.Sort(new QPeptide.byMascotSN());
MSMSList.Sort(new QPeptide.byMascotSN());
int Count=0;
for ( int i = 0 ; i< Mascots.Count ; i++){
while( MSMSList[Count].MascotScan != Mascots[i].MascotScan) {
Count++;
}
MSMSList[Count] = Mascots[i];
}
}else{
db.LoadMascots(Proteins,Mascots);
MSMSList = Mascots;
}
InitMatches();
SetProtReference();
db.LoadQMatches(MSMSList);
//db.LoadMSMatches(MSMSList);
mp = null;
Log("Loading completed");
RepProgress(0);
}
//event handlers
private void DATFileButton_Click(object sender, EventArgs e)
{
if(DatFileDialog.ShowDialog() != DialogResult.OK) {
return;
}
DatFileName.Text = DatFileDialog.FileName;
if (File.Exists(Path.GetDirectoryName(DatFileDialog.FileName)+Path.DirectorySeparatorChar+Path.GetFileNameWithoutExtension(DatFileDialog.FileName)+".db3")){
if (MessageBox.Show("There is a .db3 file for selected file. \n This file contains processing results "+
"and will be overwriten.\n Are you sure you want to overwrite this file?","Result file already exsists",MessageBoxButtons.OKCancel,MessageBoxIcon.Exclamation) == DialogResult.Cancel){
DatFileName.Text="";
return;
};
}
if (DatFileDialog.FilterIndex == 1){
//Mascots files
mp = new Mascot.MascotParser();
try{
mp.ParseFile(DatFileDialog.FileName);
}
catch (Exception ex){
MessageBox.Show(ex.Message,
"Incorrect .Dat file.", MessageBoxButtons.OK, MessageBoxIcon.Error);
DatFileName.Text="";
return ;
}
//меняем маскот-scan на Order - если таковой имеется
for (int i = 0; i < mp.Spectra.Count; i++) {
if (mp.Spectra[i].Title.Contains("Order")) {
string FSN = mp.Spectra[i].Title.Substring(mp.Spectra[i].Title.IndexOf("Order")+11);
FSN = FSN.Substring(0, FSN.IndexOf("Finnegan")-3);
mp.Spectra[i].ScanNumber = Convert.ToInt32(FSN);
}
}
//проверяем - Finnigan ScanNumber должен быть уникальным после этой процедуры
mp.Spectra.Sort(new MascotsbyFSN());
bool Flag = false;
for (int i = 0 ; i < mp.Spectra.Count-1 ; i++){
Flag = (mp.Spectra[i].ScanNumber == mp.Spectra[i + 1].ScanNumber);
if (Flag) break;
}
if (Flag){
MessageBox.Show(".Dat file does not provide unique Order or ScanNumber. \n Please, Check .MGF used for Mascot Search.",
"Incorrect .Dat file.", MessageBoxButtons.OK, MessageBoxIcon.Error);
DatFileName.Text="";
return ;
}
AllCheckBox.Enabled = true;
UseFDRCheck.Enabled = mp.IsFDRAvialable();
UseFDRCheck.Checked = false;
UseFDRCheck.Text = "Use FDR mascot thres.";
FDR = 0.0;
tabsr = null;
}else{
//Text files
tabsr = new StreamReader(DatFileName.Text);
if (!MascotProc.FillMSMSLists(ref Mascots, ref MSMSList, ref Proteins, tabsr)){
tabsr.Close();
tabsr = null;
return;
}
mp = null;
for (int i = 0; i < Proteins.Count; i++ ){
if (Proteins[i].ipi.ToUpper().Contains("REVERSED")){
UseFDRCheck.Enabled = true;
}else{
UseFDRCheck.Enabled = false;
}
UseFDRCheck.Checked = false;
UseFDRCheck.Text = "Use FDR mascot thres.";
FDR = 0.0;
AllCheckBox.Checked = false;
AllCheckBox.Enabled = false;
}
tabsr.Close();
}
OutPathName.Text = Path.GetDirectoryName(DatFileName.Text);
folderBrowserDialog1.SelectedPath = Path.GetDirectoryName(DatFileName.Text);
DBFileName.Text = OutPathName.Text+Path.DirectorySeparatorChar+Path.GetFileNameWithoutExtension(DatFileName.Text)+".db3";
}
