public virtual IEnumerable <IParameter> AllVectorialParameters(IEntityPathResolver entityPathResolver)
{
var allParameters = new PathCache <IParameter>(entityPathResolver).For(All <IParameter>());
return(ParameterValuesCache.AllParameterPaths().Select(p => allParameters[p])
.Union(Population.AllVectorialParameters(entityPathResolver)).Where(p => p != null));
}
public virtual ParameterValuesCache Clone()
{
var clone = new ParameterValuesCache();
AllParameterValues.Each(x => clone.Add(x.Clone()));
return(clone);
}
public virtual IEnumerable <IParameter> AllAdvancedParameters(IEntityPathResolver entityPathResolver)
{
var allParameters = new PathCache <IParameter>(entityPathResolver).For(All <IParameter>());
//The path might not be defined in the model when importing parameters. Simply ignore them
return(ParameterValuesCache.AllParameterPaths().Select(p => allParameters[p]).Where(p => p != null));
}
public virtual void AddAdvancedParameter(AdvancedParameter advancedParameter, bool generateRandomValues = true)
{
advancedParameterCollection.AddAdvancedParameter(advancedParameter);
//force generation of parameters if no values was defined in the cache
if (generateRandomValues || !ParameterValuesCache.Has(advancedParameter.ParameterPath))
{
GenerateRandomValuesFor(advancedParameter);
}
}
public virtual IReadOnlyList <double> AllPercentilesFor(string parameterPath)
{
if (ParameterValuesCache.Has(parameterPath))
{
return(ParameterValuesCache.PercentilesFor(parameterPath));
}
return(Population.AllPercentilesFor(parameterPath));
}
public virtual void Merge(ParameterValuesCache parameterValuesCache, PathCache <IParameter> parameterCache)
{
var numberOfNewItems = parameterValuesCache.Count;
var currentCount = Count;
foreach (var parameterPath in parameterValuesCache.AllParameterPaths())
{
if (!Has(parameterPath))
{
addDefaultValues(parameterCache, parameterPath, currentCount);
}
ParameterValuesFor(parameterPath).Merge(parameterValuesCache.ParameterValuesFor(parameterPath));
}
//fill up the one missing
foreach (var parameterPath in AllParameterPaths())
{
if (!parameterValuesCache.Has(parameterPath))
{
addDefaultValues(parameterCache, parameterPath, numberOfNewItems);
}
}
}
public virtual void GenerateRandomValuesFor(AdvancedParameter advancedParameter)
{
ParameterValuesCache.SetValues(advancedParameter.ParameterPath, advancedParameter.GenerateRandomValues(NumberOfItems));
}
public virtual ParameterValues ParameterValuesAt(int index)
{
return(ParameterValuesCache.ParameterValuesAt(index));
}
public virtual ParameterValues ParameterValuesFor(string parameterPath)
{
return(ParameterValuesCache.ParameterValuesFor(parameterPath));
}
public virtual void SetValues(string parameterPath, IEnumerable <double> newValues)
{
ParameterValuesCache.SetValues(parameterPath, newValues);
}
public virtual IReadOnlyList <double> PercentilesFor(string parameterPath)
{
return(ParameterValuesCache.PercentilesFor(parameterPath));
}
public IndividualPropertiesCache(ParameterValuesCache parameterValuesCache, IEnumerable <IndividualCovariates> allConvariates)
{
ParameterValuesCache = parameterValuesCache;
AllCovariates = new List <IndividualCovariates>(allConvariates);
}
public virtual void Merge(IndividualPropertiesCache individualPropertiesCache, PathCache <IParameter> parameterCache)
{
AllCovariates.AddRange(individualPropertiesCache.AllCovariates);
ParameterValuesCache.Merge(individualPropertiesCache.ParameterValuesCache, parameterCache);
}
public virtual void RenamePath(string oldPath, string newPath)
{
ParameterValuesCache.RenamePath(oldPath, newPath);
}
public virtual void Add(IReadOnlyCollection <ParameterValue> parameterValues)
{
ParameterValuesCache.Add(parameterValues);
}
public virtual void Add(ParameterValues parameterValues)
{
ParameterValuesCache.Add(parameterValues);
}
public virtual IEnumerable <string> AllParameterPaths()
{
return(ParameterValuesCache.AllParameterPaths());
}
public virtual IndividualPropertiesCache Clone()
{
return(new IndividualPropertiesCache(ParameterValuesCache.Clone(), AllCovariates));
}
public PopulationSimulation()
{
ParameterValuesCache = new ParameterValuesCache();
AgingData = new AgingData();
PKAnalyses = new NullPopulationSimulationPKAnalyses();
}
public virtual void Remove(string parameterPath)
{
ParameterValuesCache.Remove(parameterPath);
}
public virtual void RemoveAdvancedParameter(AdvancedParameter advancedParameter)
{
advancedParameterCollection.RemoveAdvancedParameter(advancedParameter);
ParameterValuesCache.Remove(advancedParameter.ParameterPath);
}
public virtual bool Has(string parameterPath)
{
return(ParameterValuesCache.Has(parameterPath));
}
