public MolDescriptor(OBMol mol)
{
var newMol = new OBMol(mol);
newMol.DeleteHydrogens();
this._mol = new OBMolExtended(newMol);
}
/// <summary>
/// Проверка соответствия молекулы паттерну.
/// </summary>
/// <param name="Mol"></param>
/// <param name="DB_Mol"></param>
/// <returns></returns>
private bool CheckMol(string Mol, string DB_Mol)
{
DataBase.Log($"Получены молекула {DB_Mol} и паттерн {Mol}");
DataBase.Log($"Формирование объектов для сравнения");
// Создаём объекты OpenBabel
OBSmartsPattern SP = null;
OBConversion obconv = null;
OBMol mol = null;
try
{
SP = new OBSmartsPattern();
obconv = new OBConversion();
obconv.SetInFormat("smi");
mol = new OBMol();
obconv.ReadString(mol, Mol);
obconv.SetOutFormat("smi");
DataBase.Log($"Объекты сформированы");
}
catch (Exception e)
{
DataBase.Log($"Объекты не сформированы: причина {e.Message}");
}
string Temp = obconv.WriteString(mol);
DataBase.Log($"Обработанный паттерн {Temp}");
if (!mol.DeleteHydrogens())
{
Console.WriteLine("DeleteHidrogens() failed!");
}
; //Убираем все водороды
DataBase.Log($"Водороды убраны");
string SubMol = System.Text.RegularExpressions.Regex.Replace(obconv.WriteString(mol), "[Hh ]", ""); //Убираем все водороды
SP.Init(SubMol); //Задаём структуру поиска в SMARTS
DataBase.Log($"Инициализация поиска по паттерну {SubMol}");
obconv.SetInFormat("smi");
obconv.ReadString(mol, DB_Mol); //Добавляем структуру из БД
SP.Match(mol); //Сравниваем
DataBase.Log($"Сравнение прошло");
VectorVecInt Vec = SP.GetUMapList();
DataBase.Log($"Число совпадений {Vec.Count}");
if (Vec.Count > 0)
{
return(true);
}
else
{
return(false);
}; //Возвращаем результат
}
public void readMol(string file)
{
bool hideHydrogens = PlayerPrefs.GetString("hideHydrogens") == "True";
bool polarHydrogens = PlayerPrefs.GetString("polarHydrogens") == "True";
string ff = PlayerPrefs.GetString("forceField");
OpenBabel.OBConversion obconv = new OBConversion();
extension = file.Split('.')[1];
if (extension == "pdb")
{
obconv.SetInFormat("PDB");
}
else if (extension == "sdf")
{
obconv.SetInFormat("SDF");
}
else if (extension == "mol2")
{
obconv.SetInFormat("MOL2");
}
mol = new OBMol();
obconv.ReadFile(mol, file);
if (hideHydrogens)
{
mol.DeleteHydrogens();
}
else
{
mol.AddHydrogens();
}
if (polarHydrogens)
{
mol.DeleteNonPolarHydrogens();
}
if (ff != "") //a force field is selected
// Ghemical, MMFF94, UFF
{
OBForceField forceField = OBForceField.FindForceField(ff);
forceField.Setup(mol);
forceField.ConjugateGradients(1000);
}
}
/// <summary>
/// Читает молекулу из файла
/// </summary>
/// <param name="FileName">Имя файла</param>
/// <returns></returns>
public static OBMol ReadMoleculeFromFile(string FileName)
{
OBConversion obconv = new OBConversion();
OBFormat OBF = OBConversion.FormatFromExt(FileName);
if (OBF == null)
{
MessageBox.Show("Неподдерживаемый формат данных", "Ошибка открытия файла");
return(null);
}
obconv.SetInFormat(OBF); //Читаем ChemDraw файл (Потом расширить список)
OBMol mol = new OBMol();
obconv.ReadFile(mol, FileName); //Читаем из файла
mol.SetTitle("");
mol.DeleteHydrogens();
return(mol);
}
/// <summary>
/// Проверка соответствия молекулы паттерну.
/// </summary>
/// <param name="Mol"></param>
/// <param name="DB_Mol"></param>
/// <returns></returns>
private bool CheckMol(string Mol, string DB_Mol)
{
// Создаём объекты OpenBabel
OBSmartsPattern SP = new OBSmartsPattern();
OBConversion obconv = new OBConversion();
obconv.SetInFormat("smi");
OBMol mol = new OBMol();
obconv.ReadString(mol, Mol);
obconv.SetOutFormat("smi");
string Temp = obconv.WriteString(mol);
if (!mol.DeleteHydrogens())
{
Console.WriteLine("DeleteHidrogens() failed!");
}
; //Убираем все водороды
string SubMol = System.Text.RegularExpressions.Regex.Replace(obconv.WriteString(mol), "[Hh ]", ""); //Убираем все водороды
SP.Init(SubMol); //Задаём структуру поиска в SMARTS
obconv.SetInFormat("smi");
obconv.ReadString(mol, DB_Mol); //Добавляем структуру из БД
SP.Match(mol); //Сравниваем
VectorVecInt Vec = SP.GetUMapList();
if (Vec.Count > 0)
{
return(true);
}
else
{
return(false);
}; //Возвращаем результат
}
