public void FirstSearch(List <QPeptide> Peptides)
{
double RTPercDelta = Program.Processor.RTErrorProc / 100.0;
double RTMinutesDelta = Program.Processor.RTErrorMinutes;
double rtMAX, rtMIN;
int Progress = 0;
for (int i1 = 0; i1 < Peptides.Count; i1++)
{
QPeptide data = Peptides[i1];
if ((int)(((double)i1 / (double)Peptides.Count) * 100.0) > Progress)
{
Progress = (int)(((double)i1 / (double)Peptides.Count) * 100.0);
iLog.RepProgress(Progress);
}
if (data.Sequence != null)
{
data.TheorIsotopeRatio = AveragineIsotopicScore((data.MascotMZ - 1) * data.Charge);
//data.TheorIsotopeRatio = IsotopicScore(data.Sequence);
}
else
{
data.TheorIsotopeRatio = AveragineIsotopicScore((data.MascotMZ - 1) * data.Charge);
}
rtMAX = data.MascotRT * (1 + RTPercDelta) + RTMinutesDelta;
rtMIN = data.MascotRT * (1 - RTPercDelta) - RTMinutesDelta;
data.Match = MSFile.FindBestScore(data.MascotMZ, data.Charge, data.TheorIsotopeRatio, rtMIN, rtMAX);
}
}
public void LoadMascots(List <QPeptide> Mascots)
{
iLog.Log("Loading Mascot Peptides");
iLog.RepProgress(0);
SQLiteCommand Select = new SQLiteCommand(
"Select MascotScan, MascotMZ, MascotScore, MascotRT, TheorIsoRatio, Charge, " +
"IPI, ipis, Sequence, Peptides, ModDesc, ModMass, [Case] From Mascots " +
"Order by IPI", con);
SQLiteDataReader Reader = Select.ExecuteReader();
while (Reader.Read())
{
QPeptide Pept = new QPeptide();
Pept.MascotScan = Reader.GetInt32(0);
Pept.MascotMZ = Reader.GetDouble(1);
Pept.MascotScore = Reader.GetDouble(2);
Pept.MascotRT = Reader.GetDouble(3);
Pept.TheorIsotopeRatio = Reader.GetDouble(4);
Pept.Charge = Reader.GetInt32(5);
Pept.IPI = Reader.GetString(6);
//Pept.IPIs = Reader.GetString(7);
Pept.Sequence = Reader.GetString(8);
Pept.peptides = Reader.GetInt32(9);
Pept.ModDesk = Reader.GetString(10);
Pept.ModMass = Reader.GetDouble(11);
Pept.Case = Reader.GetString(12);
Mascots.Add(Pept);
}
}
public void Run()
{
Log.RepProgress(0);
for (int i = 0; i < AlList.Count; i++)
{
ThreadProc(AlList[i]);
//AlList[i].Run();
Log.RepProgress(100 * i / AlList.Count);
}
}
public void LoadMascots(List <QProtein> Proteins, List <QPeptide> Mascots)
{
iLog.Log("Loading Mascot Peptides");
iLog.RepProgress(0);
SQLiteCommand Select = new SQLiteCommand(
"Select MascotScan, MascotMZ, MascotScore, MascotRT, TheorIsoRatio, Charge, " +
"IPI, ipis, Sequence, Peptides, ModDesc, ModMass, [Case]" + (Bands < 0?", -1":", BandID") + " From Mascots " +
"Order by IPI", con);
SQLiteDataReader Reader = Select.ExecuteReader();
Reader.Read();
for (int i = 0; i < Proteins.Count; i++)
{
while (Reader["IPI"].ToString() == Proteins[i].ipi)
{
QPeptide Pept = new QPeptide();
Pept.MascotScan = Reader.GetInt32(0);
Pept.MascotMZ = Reader.GetDouble(1);
Pept.MascotScore = Reader.GetDouble(2);
Pept.MascotRT = Reader.GetDouble(3);
Pept.TheorIsotopeRatio = Reader.GetDouble(4);
Pept.Charge = Reader.GetInt32(5);
Pept.IPI = Reader.GetString(6);
Pept.IPIs = Utils.IPIStringtoList(Reader.GetString(7));
Pept.Sequence = Reader.GetString(8);
Pept.peptides = Reader.GetInt32(9);
Pept.ModDesk = Reader.GetString(10);
Pept.ModMass = Reader.GetDouble(11);
Pept.Case = Reader.IsDBNull(12)?"":Reader.GetString(12);
Pept.BandID = Reader.GetInt32(13);
Mascots.Add(Pept);
Proteins[i].Peptides.Add(Pept);
if (!Reader.Read())
{
break;
}
}
iLog.RepProgress(i, Proteins.Count);
}
}
static public void FillMSMSLists(
ref List <QPeptide> Mascots,
ref List <QPeptide> MSMSList,
ref List <QProtein> Proteins,
MascotParser mp)
{
Mascots = new List <QPeptide>();
MSMSList = new List <QPeptide>();
QPeptide data;
int Best, i, j, k;
SpectrabySeq comp = new SpectrabySeq();
mp.Spectra.Sort(comp);
for (i = 0; i < mp.Spectra.Count; i++)
{
//если нет пептидов
if (mp.Spectra[i].Peptides.Count == 0)
{
data = new QPeptide(mp, i);
data.Case = "No peptides identified";
MSMSList.Add(data);
continue;
}
//если у пептидов слишком маленький Score
if (mp.Spectra[i].Peptides[0].Score < Convert.ToDouble(Settings.Default.MascotScore))
{
data = new QPeptide(mp, i);
data.Case = "Peptides identified under score limit";
MSMSList.Add(data);
continue;
}
Best = i;
if (Settings.Default.MascotScoreFiltering)
{
for (j = i + 1; j < mp.Spectra.Count; j++)
{
if (mp.Spectra[i].Peptides[0].Sequence != mp.Spectra[j].Peptides[0].Sequence)
{
break;
}
//определяем идентичность набора модификаций
for (k = 0; k < mp.Spectra[i].Peptides[0].ModIndex.GetLength(0); k++)
{
if (mp.Spectra[i].Peptides[0].ModIndex[k] !=
mp.Spectra[j].Peptides[0].ModIndex[k])
{
break;
}
}
if (k < mp.Spectra[i].Peptides[0].ModIndex.GetLength(0) ||
mp.Spectra[i].Peptides[0].CModIndex != mp.Spectra[j].Peptides[0].CModIndex ||
mp.Spectra[i].Peptides[0].NModIndex != mp.Spectra[j].Peptides[0].NModIndex)
{
break;
}
//поиск лучшего по Score
if (mp.Spectra[j].Peptides[0].Score > mp.Spectra[Best].Peptides[0].Score)
{
Best = j;
}
}
//отмечаем нелучшие в списке всех MS/MS
for (k = i; k < j; k++)
{
if (k != Best)
{
data = new QPeptide(mp, k);
data.Case = string.Format("Not the best score ({0}) for peptide {1} (Max={2})",
mp.Spectra[k].Peptides[0].Score,
mp.Spectra[k].Peptides[0].Sequence,
mp.Spectra[Best].Peptides[0].Score);
MSMSList.Add(data);
}
}
i = j - 1;
}
//только для лучшего по Score если пептид идентифицирован более одного раза
data = new QPeptide(mp, Best);
Mascots.Add(data);
}
//Фильтруем IPI
//Спектр не может соответствовать нескольким IPI за исключением случая когда
//набор спектров идентифицирующих один IPI является подмножеством (возможно полным)
//спектров идентифицирующих другой IPI
//собираем набор тех из них которые являются подмножествами других
List <string> Processed = new List <string>(); //список в который откладываются
List <string> ipiset = new List <string>(); //список всех IPI пептида кроме проверяемого
List <string> NotDeps = new List <string>();
string[] dataexipis = null;
foreach (QPeptide dataex in Mascots) //для каждого пептида
{
dataexipis = new string[dataex.IPIs.Count];
dataex.IPIs.CopyTo(dataexipis);
foreach (string ipi in dataexipis)
{
if (!StringContains(ref Processed, ipi)) //если данный ipi еще не находится в списке обработанных
{
ipiset.Clear(); //составляем множество всех IPI пептида кроме проверяемого
ipiset.AddRange(dataex.IPIs);
StringRemove(ref ipiset, ipi);
foreach (QPeptide chdata in Mascots) //составленный список будем соотносить с полным набором пептидов
{
if (dataex.MascotRT != chdata.MascotRT &&
StringContains(ref chdata.IPIs, ipi))
{
//в этот момент мы установили что dataex и chdata имеют общий ipi
foreach (string ipicheck in ipiset)
{
//здесь мы отбираем в Nodepts идентификаторы
//которые не появляются вместе с ipi
//отбор такого идентификатора в NoDepts означает что существует хотя бы один пептид
// относящийся к ipi но не относящийся к этому идентификатору
//и следовательно ipi не является зависимым от такого идентификатора
if (!StringContains(ref chdata.IPIs, ipicheck) &&
!StringContains(ref NotDeps, ipicheck)) //если есть хотя бы один пептид с проверяемым IPI
{
NotDeps.Add(ipicheck); //не несущий какго-то из IPI начального списка
//то целевой IPI не является зависимым от отсутствующего
}
}
}
}
//если есть хотя бы один идентификатор который всегда встречается вместе с ipi
//то в список Nodepts он никогда не попадет и неполнота списка Nodepts будет признаком
//того что ipi зависит от другого идентификатора и должен быть исключен из списка
//идентификаторов во всех пептидах
if (ipiset.Count != NotDeps.Count)
{
foreach (QPeptide chdata in Mascots)
{
StringRemove(ref chdata.IPIs, ipi);
}
}
else
{
Processed.Add(ipi);
}
NotDeps.Clear();
}
}
}
iLog.RepProgress(50);
//и теперь переносим только непротиворечивые
List <QPeptide> OldMascots = Mascots;
Mascots = new List <QPeptide>();
for (i = 0; i < OldMascots.Count; i++)
{
if (OldMascots[i].IPIs.Count == 1)
{
QPeptide remdata = OldMascots[i];
remdata.IPI = remdata.IPIs[0];
Mascots.Add(remdata);
}
else
{
string Mess = string.Format("This entry ambigously defined as part of {0} Proteins: ", OldMascots[i].IPIs.Count);
for (j = 0; j < OldMascots[i].IPIs.Count; j++)
{
Mess = Mess + OldMascots[i].IPIs[j] + ", ";
}
Mess = Mess.Substring(0, Mess.Length - 2);
OldMascots[i].Case = Mess;
MSMSList.Add(OldMascots[i]);
}
}
iLog.RepProgress(60);
//теперь сортируем по белкам
Mascots.Sort(new QPeptide.byIPIs());
//теперь фильтруем не набравшие достаточного количества пептидов
iLog.RepProgress(70);
QProtein Prot;
Proteins = new List <QProtein>();
int Count = 0;
string preIPI = "";
//!! здесь нет обработки последенего белка
for (i = 0; i <= Mascots.Count; i++)
{
if (i < Mascots.Count && Mascots[i].IPI == preIPI)
{
Count++;
}
else
{
for (j = i - 1; i - j <= Count; j--)
{
QPeptide temp = Mascots[j];
temp.peptides = Count;
Mascots[j] = temp;
}
if (Count >= Convert.ToInt32(Settings.Default.PeptperProt))
{
Prot = new QProtein();
Prot.Peptides = new List <QPeptide>();
Prot.ipis = Mascots[i - 1].IPIs;
Prot.ipi = Mascots[i - 1].IPI;
Prot.Est = 0.0;
for (j = i - 1; i - j <= Count; j--)
{
Prot.Peptides.Add(Mascots[j]);
}
//добываем из файла Маскот описания и имена белка
for (j = 0; j < mp.Proteins.Count; j++)
{
if (mp.Proteins[j].Name == "\"" + Mascots[i - 1].IPI + "\"")
{
break;
}
}
if (j < mp.Proteins.Count)
{
Prot.Name = mp.Proteins[j].Name;
Prot.Desc = mp.Proteins[j].Descr;
}
else
{
Prot.Name = Prot.ipi;
Prot.Desc = "This protein is not described in source .dat file. See initial FASTA file for protein description";
}
Proteins.Add(Prot);
}
else
{
for (j = i - 1; i - j <= Count; j--)
{
Mascots[j].Case = string.Format("This entry belongs to \"{0}\" protein which have only {1} uniquely identified peptide(s)", Mascots[j].IPI, Count);
MSMSList.Add(Mascots[j]);
}
}
Count = 1;
if (i < Mascots.Count)
{
preIPI = Mascots[i].IPI;
}
}
}
iLog.RepProgress(80);
OldMascots = Mascots;
Mascots = new List <QPeptide>();
for (i = 0; i < OldMascots.Count; i++)
{
if (OldMascots[i].peptides >= Convert.ToInt32(Settings.Default.PeptperProt))
{
QPeptide remdata = OldMascots[i];
remdata.Case = string.Format("This entry belongs to \"{0}\" quntified protein", remdata.IPI);
Mascots.Add(remdata);
MSMSList.Add(remdata);
}
else
{
continue;
}
}
iLog.RepProgress(90);
//теперь сортируем по белкам и внутри них
Mascots.Sort(new QPeptide.byMascotSN());
//и указываем теоретические отношения первых изотопов
iLog.RepProgress(100);
}
public int LoadIndex(string FileName)
{
this.RawFileName = FileName;
RawFile = new XRawfile();
RawFile.Open(FileName);
RawFile.SetCurrentController(0, 1);
Spectra = 0;
RawFile.GetNumSpectra(ref Spectra);
if (Spectra <= 0)
{
return(0);
}
int i, lastfull = 0, total = 0;
double TotalEsi = 0.0;
ms2index = new int[Spectra + 1];
IndexDir = new int[Spectra + 1];
IndexRev = new int[Spectra + 1];
RawSpectra = new RawData[Spectra + 1];
Buf = new MZData[1000000];
ESICurrents = new double[Spectra + 1];
TimeStamps = new double[Spectra + 1];
TimeCoefs = new double[Spectra + 1];
string Filter = null;
LowRT = 0.0;
HighRT = 0.0;
for (i = 1; i <= Spectra; i++)
{
iLog.RepProgress((int)(100.0 * ((double)i / (double)Spectra)));
RawFile.GetFilterForScanNum(i, ref Filter);
//YL - для спектров ms-only
if ((Filter.IndexOf(" ms ") != -1) && (Filter.IndexOf("FTMS") != -1)) //is a FULL MS
{
TimeStamps[i] = RawSpectra[lastfull].RT;
IndexDir[lastfull] = i;
IndexRev[i] = lastfull;
lastfull = i;
ms2index[i] = lastfull;
++total;
RawFile.RTFromScanNum(i, ref RawSpectra[i].RT);
TotalRT = RawSpectra[i].RT;
TimeStamps[i] = RawSpectra[i].RT - TimeStamps[i];
object Labels = null;
object Values = null;
int ArraySize = 0;
double RT = 0.0;
RawFile.GetStatusLogForScanNum(i, ref RT, ref Labels, ref Values, ref ArraySize);
for (int k = 0; k < ArraySize; k++)
{
if ((Labels as Array).GetValue(k).ToString().Contains("Source Current"))
{
ESICurrents[i] = Convert.ToDouble((Values as Array).GetValue(k).ToString());
TotalEsi += ESICurrents[i];
}
}
}
else
{
ms2index[i] = lastfull;
}
Filter = null;
}
IndexDir[lastfull] = -1;
TotalRT = RawSpectra[lastfull].RT;
AverageTimeStamp = TotalRT / total;
//пересчитаем временные коэффициэнты
for (i = IndexDir[0]; IndexDir[i] != -1; i = IndexDir[i])
{
TimeCoefs[i] = (TimeStamps[i] + TimeStamps[IndexDir[i]]) / (2.0 * AverageTimeStamp);
ESICurrents[i] = ESICurrents[i] / (TotalEsi / (double)total);
}
TimeCoefs[i] = 1.0;
return(Spectra);
}