/// <summary>
/// Выравнивание двух последовательностей.
/// Учитывает перестановки A-T и G-C, а также реверсии.
/// </summary>
public static AlignmentResult Align(Nucleotide[] a0, Nucleotide[] b0, int id1 = 0, int id2 = 0)
{
var bestDir = Direction.Straight;
var bestMask = string.Empty;
int bestWeight = -1;
int bestShift1 = 0;
int bestShift2 = 0;
var tmp = new StringBuilder(Math.Max(a0.Length, b0.Length));
foreach (Direction direction in Enum.GetValues(typeof(Direction)))
{
var a = a0;
var b = b0.GetChain(direction);
for (int s = 0; s < b.Length + a.Length - 1; s++) // s - смещение a относительно b
{
int w = 0;
var sa = Math.Max(0, a.Length - s - 1); // откуда начинать отсчёт от a
var sb = Math.Max(0, s + 1 - a.Length); // откуда начинать отсчёт от b
var len = Math.Min(a.Length - sa, b.Length - sb);
for (int i = 0; i < len; i++) // безим по смещённым последовательностям
{
var na = a[sa + i];
var nb = b[sb + i];
if (na == nb)
{
tmp.Append(na);
w++;
}
else
tmp.Append("?");
}
if (w > bestWeight)
{
bestWeight = w;
bestMask = tmp.ToString();
bestDir = direction;
bestShift1 = sa;
bestShift2 = sb;
}
tmp.Clear();
}
}
if (bestMask.StartsWith("?"))
{
var cnt = bestMask.TakeWhile(p => p == '?').Count();
bestShift1 += cnt;
bestShift2 += cnt;
bestMask = bestMask.Trim('?');
}
else
bestMask = bestMask.TrimEnd('?');
return new AlignmentResult(bestWeight, bestMask, bestDir, bestShift1, bestShift2, id1, id2);
}
public double CalcMaxScore(Nucleotide[] data, CalcMode? mode = null)
{
var ret = 0.0;
foreach (Direction direction in Enum.GetValues(typeof (Direction)))
{
var b = data.GetChain(direction);
for (int i = 0; i < data.Length - Length; i++)
{
var tmp = CalcScore(b, i, mode);
if (tmp > ret)
ret = tmp;
}
}
return ret;
}