public int PeaksDetecting( ref Quanty.MZData[] inData,
ref peakinside[] Outs)
{
double ResLevel;
int i, j, WorkCount, Count, cnt, nResult;
int LastMinRight;
Data = inData;
ExtremInd = new int[Data.Length];
//Если задано определение уровня шума - определяем его
ExtremCount=0;
AddNulls();
NoiseLevelDetect(true);
peakinside[] Peaks = new peakinside[ExtremCount];
cnt=0; WorkCount = 0; LastMinRight=1;
while(cnt<ExtremCount)
{
nResult=0;
Peaks[WorkCount].Extrem =ExtremInd[cnt];
//Интенсивность, на которой проверяется разрешение пика
ResLevel=PeakBounds*Data[ExtremInd[cnt]].Intensity;
//Идем влево - ищем первый минимум, разрешающий пик
i=ExtremInd[cnt]-1;
while(true)
{
//уперлись в границу обработанной части спектра
if(i<=LastMinRight){
nResult=1;
break;
}
//Найден разрешающий минимум
if(Data[i].Intensity<=ResLevel){
nResult=0; break;
}
i--;
}
if (nResult == 0) //Скан завершился нахождением разрешающего минимума слева
{
Peaks[WorkCount].LeftBound=i+1;
//Идем вправо - ищем первый минимум, разрешающий пик
//мы добавляем нули по краям значащих областей так что за границы мы не выйдем
i=ExtremInd[cnt]+1;
while(true)
{
//По ходу скана вместо минимума обнаружен более интенсивный максимум
if(Data[i].Intensity >Data[Peaks[WorkCount].Extrem].Intensity){
nResult=1;
break;
}
//Найден разрешающий минимум
if(Data[i].Intensity<=ResLevel){
nResult=0;
break;
}
i++;
}
if(nResult==0) //Скан завершился нахождением разрешающего минимума справа
{
Peaks[WorkCount].RightBound=i-1;
Peaks[WorkCount].Height =Data[Peaks[WorkCount].Extrem].Intensity;
//Уточняем положение левой границы пика
Peaks[WorkCount].ExactLeftBound = Peaks[WorkCount].LeftBound;
if((Data[Peaks[WorkCount].LeftBound].Intensity-Data[Peaks[WorkCount].LeftBound-1].Intensity)!=0)
Peaks[WorkCount].ExactLeftBound-=
(Data[Peaks[WorkCount].LeftBound].Intensity-ResLevel)/
(Data[Peaks[WorkCount].LeftBound].Intensity-(double)Data[Peaks[WorkCount].LeftBound-1].Intensity);
//Уточняем положение правой границы пика
Peaks[WorkCount].ExactRightBound = Peaks[WorkCount].RightBound;
if((Data[Peaks[WorkCount].RightBound+1].Intensity-Data[Peaks[WorkCount].RightBound].Intensity)!=0)
Peaks[WorkCount].ExactRightBound+=
(Data[Peaks[WorkCount].RightBound].Intensity-ResLevel)/
(Data[Peaks[WorkCount].RightBound].Intensity-(double)Data[Peaks[WorkCount].RightBound+1].Intensity);
//Передвигаем ограничитель обработанной части спектра
//на правую границу последнего найденного пика
LastMinRight=Peaks[WorkCount].RightBound;
WorkCount++; //Передвигаем курсор на следующий пик только если
//последний найденный пик нас устраивает
}
}
switch(nResult)
{
case(2): cnt=ExtremCount; break; //дошли до конца диапазона - инициируем завершение цикла
default: cnt++; break;
}
}
Count = WorkCount;
//Интегрирование, поиск центроидов
//в данный момент границы пиков проложены по фактической точке уровня обрезки пиков
//центроид оценивается по центру масс фигуры выше уровня обрезки пиков
//оценка пика включает и нижний прямоугольник (до уровня обрезки) тоже
double TruncLevel; //уровень обрезки пика
double fPeakSum=0.0;
double fMoment=0.0;
double fTemp, fDelta, fMassDelta;
for (i = 0 ; i < Count; i++ )
{
//для рассчета старших моментов
double[] XJ = new double[(Peaks[i].RightBound - Peaks[i].LeftBound)*2 +8];
double[] SJ = new double[(Peaks[i].RightBound - Peaks[i].LeftBound)*2 +8];
int Index = 0;
TruncLevel = (Data[Peaks[i].Extrem].Intensity)*PeakBounds;
fPeakSum=0.0;
fMoment=0.0;
double fMassDeltaSumm = 0.0;
for(j=Peaks[i].LeftBound; j<Peaks[i].RightBound; j++)
{
fMassDelta = Data[j+1].Mass - Data[j].Mass;
fMassDeltaSumm+=fMassDelta;
fTemp=(Data[j+1].Intensity - Data[j].Intensity)*0.5*fMassDelta;
fPeakSum+=fTemp;
fMoment+=fTemp*(Data[j].Mass+fMassDelta*(2.0/3.0));
SJ[Index] = fTemp;
XJ[Index] = fTemp*(Data[j].Mass+fMassDelta*(2.0/3.0));
Index++;
fTemp=Data[j].Intensity*fMassDelta;
fPeakSum+=fTemp;
fMoment+=fTemp*(Data[j].Mass+fMassDelta*0.5);
SJ[Index] = fTemp;
XJ[Index] = fTemp*(Data[j].Mass+fMassDelta*0.5);
Index++;
}
fDelta=(double)Peaks[i].LeftBound-Peaks[i].ExactLeftBound;
fMassDelta = (Data[Peaks[i].LeftBound].Mass - Data[Peaks[i].LeftBound-1].Mass)*fDelta;
fMassDeltaSumm+=fMassDelta;
fTemp=(Data[Peaks[i].LeftBound].Intensity-TruncLevel)*fMassDelta*0.5;
fPeakSum+=fTemp;
fMoment+=fTemp* (Data[Peaks[i].LeftBound].Mass-fMassDelta/3.0);
SJ[Index] = fTemp;
XJ[Index] = fTemp* (Data[Peaks[i].LeftBound].Mass-fMassDelta/3.0);
Index++;
fTemp=TruncLevel*fMassDelta;
fPeakSum+=fTemp;
fMoment+=fTemp*(Data[Peaks[i].LeftBound].Mass-fMassDelta*0.5);
SJ[Index] = fTemp;
XJ[Index] = fTemp*(Data[Peaks[i].LeftBound].Mass-fMassDelta*0.5);
Index++;
fDelta=Peaks[i].ExactRightBound-(double)Peaks[i].RightBound;
fMassDelta = (Data[Peaks[i].RightBound+1].Mass - Data[Peaks[i].RightBound].Mass)*fDelta;
fMassDeltaSumm+=fMassDelta;
fTemp=(TruncLevel-Data[Peaks[i].RightBound].Intensity)*fMassDelta*0.5;
fPeakSum+=fTemp;
fMoment+=fTemp* (Data[Peaks[i].RightBound].Mass+fMassDelta*(2.0/3.0));
SJ[Index] = fTemp;
XJ[Index] = fTemp* (Data[Peaks[i].RightBound].Mass+fMassDelta*(2.0/3.0));
Index++;
fTemp=Data[Peaks[i].RightBound].Intensity*fMassDelta;
fPeakSum+=fTemp;
fMoment+=fTemp*(Data[Peaks[i].RightBound].Mass+fMassDelta*0.5);
SJ[Index] = fTemp;
XJ[Index] = fTemp*(Data[Peaks[i].RightBound].Mass+fMassDelta*0.5);
Index++;
Peaks[i].Value = fPeakSum;
Peaks[i].Center = fMoment/fPeakSum;
Peaks[i].FWRL=Peaks[i].ExactRightBound-Peaks[i].ExactLeftBound;
Peaks[i].Resolution=Peaks[i].Center/fMassDeltaSumm;
//рассчет старших моментов
for ( j = 0 ; j < Index ; j++){
Peaks[i].SKO += (XJ[j]/SJ[j]-Peaks[i].Center)*(XJ[j]/SJ[j]-Peaks[i].Center)*SJ[j];
// Peaks[i].Skew += (XJ[j]/SJ[j]-Peaks[i].Center)*(XJ[j]/SJ[j]-Peaks[i].Center)*(XJ[j]/SJ[j]-Peaks[i].Center)*SJ[j];
// Peaks[i].Kurt += (XJ[j]/SJ[j]-Peaks[i].Center)*(XJ[j]/SJ[j]-Peaks[i].Center)*(XJ[j]/SJ[j]-Peaks[i].Center)*(XJ[j]/SJ[j]-Peaks[i].Center)*SJ[j];
}
Peaks[i].SKO = Math.Sqrt(Peaks[i].SKO/fPeakSum);
// Peaks[i].Skew = Peaks[i].Skew / fPeakSum;
// Peaks[i].Kurt = Peaks[i].Kurt / fPeakSum;
}
//отсеиваем пики с нулевыми центроидами или интенсивностью
WorkCount=0;
for (i = 0; i<Count ; i++){
if (Peaks[i].Extrem!=0 && Peaks[i].Resolution>0 && Peaks[i].FWRL>0 && Peaks[i].Center>0 && Peaks[i].Value>0){
Peaks[WorkCount] = Peaks[i];
WorkCount++;
}
}
Count = WorkCount;
Outs = Peaks;
return Count;
}
public int PeaksDetecting(ref Quanty.MZData[] inData,
ref peakinside[] Outs)
{
double ResLevel;
int i, j, WorkCount, Count, cnt, nResult;
int LastMinRight;
Data = inData;
ExtremInd = new int[Data.Length];
//Если задано определение уровня шума - определяем его
ExtremCount = 0;
AddNulls();
NoiseLevelDetect(true);
peakinside[] Peaks = new peakinside[ExtremCount];
cnt = 0; WorkCount = 0; LastMinRight = 1;
while (cnt < ExtremCount)
{
nResult = 0;
Peaks[WorkCount].Extrem = ExtremInd[cnt];
//Интенсивность, на которой проверяется разрешение пика
ResLevel = PeakBounds * Data[ExtremInd[cnt]].Intensity;
//Идем влево - ищем первый минимум, разрешающий пик
i = ExtremInd[cnt] - 1;
while (true)
{
//уперлись в границу обработанной части спектра
if (i <= LastMinRight)
{
nResult = 1;
break;
}
//Найден разрешающий минимум
if (Data[i].Intensity <= ResLevel)
{
nResult = 0; break;
}
i--;
}
if (nResult == 0) //Скан завершился нахождением разрешающего минимума слева
{
Peaks[WorkCount].LeftBound = i + 1;
//Идем вправо - ищем первый минимум, разрешающий пик
//мы добавляем нули по краям значащих областей так что за границы мы не выйдем
i = ExtremInd[cnt] + 1;
while (true)
{
//По ходу скана вместо минимума обнаружен более интенсивный максимум
if (Data[i].Intensity > Data[Peaks[WorkCount].Extrem].Intensity)
{
nResult = 1;
break;
}
//Найден разрешающий минимум
if (Data[i].Intensity <= ResLevel)
{
nResult = 0;
break;
}
i++;
}
if (nResult == 0) //Скан завершился нахождением разрешающего минимума справа
{
Peaks[WorkCount].RightBound = i - 1;
Peaks[WorkCount].Height = Data[Peaks[WorkCount].Extrem].Intensity;
//Уточняем положение левой границы пика
Peaks[WorkCount].ExactLeftBound = Peaks[WorkCount].LeftBound;
if ((Data[Peaks[WorkCount].LeftBound].Intensity - Data[Peaks[WorkCount].LeftBound - 1].Intensity) != 0)
{
Peaks[WorkCount].ExactLeftBound -=
(Data[Peaks[WorkCount].LeftBound].Intensity - ResLevel) /
(Data[Peaks[WorkCount].LeftBound].Intensity - (double)Data[Peaks[WorkCount].LeftBound - 1].Intensity);
}
//Уточняем положение правой границы пика
Peaks[WorkCount].ExactRightBound = Peaks[WorkCount].RightBound;
if ((Data[Peaks[WorkCount].RightBound + 1].Intensity - Data[Peaks[WorkCount].RightBound].Intensity) != 0)
{
Peaks[WorkCount].ExactRightBound +=
(Data[Peaks[WorkCount].RightBound].Intensity - ResLevel) /
(Data[Peaks[WorkCount].RightBound].Intensity - (double)Data[Peaks[WorkCount].RightBound + 1].Intensity);
}
//Передвигаем ограничитель обработанной части спектра
//на правую границу последнего найденного пика
LastMinRight = Peaks[WorkCount].RightBound;
WorkCount++; //Передвигаем курсор на следующий пик только если
//последний найденный пик нас устраивает
}
}
switch (nResult)
{
case (2): cnt = ExtremCount; break; //дошли до конца диапазона - инициируем завершение цикла
default: cnt++; break;
}
}
Count = WorkCount;
//Интегрирование, поиск центроидов
//в данный момент границы пиков проложены по фактической точке уровня обрезки пиков
//центроид оценивается по центру масс фигуры выше уровня обрезки пиков
//оценка пика включает и нижний прямоугольник (до уровня обрезки) тоже
double TruncLevel; //уровень обрезки пика
double fPeakSum = 0.0;
double fMoment = 0.0;
double fTemp, fDelta, fMassDelta;
for (i = 0; i < Count; i++)
{
//для рассчета старших моментов
double[] XJ = new double[(Peaks[i].RightBound - Peaks[i].LeftBound) * 2 + 8];
double[] SJ = new double[(Peaks[i].RightBound - Peaks[i].LeftBound) * 2 + 8];
int Index = 0;
TruncLevel = (Data[Peaks[i].Extrem].Intensity) * PeakBounds;
fPeakSum = 0.0;
fMoment = 0.0;
double fMassDeltaSumm = 0.0;
for (j = Peaks[i].LeftBound; j < Peaks[i].RightBound; j++)
{
fMassDelta = Data[j + 1].Mass - Data[j].Mass;
fMassDeltaSumm += fMassDelta;
fTemp = (Data[j + 1].Intensity - Data[j].Intensity) * 0.5 * fMassDelta;
fPeakSum += fTemp;
fMoment += fTemp * (Data[j].Mass + fMassDelta * (2.0 / 3.0));
SJ[Index] = fTemp;
XJ[Index] = fTemp * (Data[j].Mass + fMassDelta * (2.0 / 3.0));
Index++;
fTemp = Data[j].Intensity * fMassDelta;
fPeakSum += fTemp;
fMoment += fTemp * (Data[j].Mass + fMassDelta * 0.5);
SJ[Index] = fTemp;
XJ[Index] = fTemp * (Data[j].Mass + fMassDelta * 0.5);
Index++;
}
fDelta = (double)Peaks[i].LeftBound - Peaks[i].ExactLeftBound;
fMassDelta = (Data[Peaks[i].LeftBound].Mass - Data[Peaks[i].LeftBound - 1].Mass) * fDelta;
fMassDeltaSumm += fMassDelta;
fTemp = (Data[Peaks[i].LeftBound].Intensity - TruncLevel) * fMassDelta * 0.5;
fPeakSum += fTemp;
fMoment += fTemp * (Data[Peaks[i].LeftBound].Mass - fMassDelta / 3.0);
SJ[Index] = fTemp;
XJ[Index] = fTemp * (Data[Peaks[i].LeftBound].Mass - fMassDelta / 3.0);
Index++;
fTemp = TruncLevel * fMassDelta;
fPeakSum += fTemp;
fMoment += fTemp * (Data[Peaks[i].LeftBound].Mass - fMassDelta * 0.5);
SJ[Index] = fTemp;
XJ[Index] = fTemp * (Data[Peaks[i].LeftBound].Mass - fMassDelta * 0.5);
Index++;
fDelta = Peaks[i].ExactRightBound - (double)Peaks[i].RightBound;
fMassDelta = (Data[Peaks[i].RightBound + 1].Mass - Data[Peaks[i].RightBound].Mass) * fDelta;
fMassDeltaSumm += fMassDelta;
fTemp = (TruncLevel - Data[Peaks[i].RightBound].Intensity) * fMassDelta * 0.5;
fPeakSum += fTemp;
fMoment += fTemp * (Data[Peaks[i].RightBound].Mass + fMassDelta * (2.0 / 3.0));
SJ[Index] = fTemp;
XJ[Index] = fTemp * (Data[Peaks[i].RightBound].Mass + fMassDelta * (2.0 / 3.0));
Index++;
fTemp = Data[Peaks[i].RightBound].Intensity * fMassDelta;
fPeakSum += fTemp;
fMoment += fTemp * (Data[Peaks[i].RightBound].Mass + fMassDelta * 0.5);
SJ[Index] = fTemp;
XJ[Index] = fTemp * (Data[Peaks[i].RightBound].Mass + fMassDelta * 0.5);
Index++;
Peaks[i].Value = fPeakSum;
Peaks[i].Center = fMoment / fPeakSum;
Peaks[i].FWRL = Peaks[i].ExactRightBound - Peaks[i].ExactLeftBound;
Peaks[i].Resolution = Peaks[i].Center / fMassDeltaSumm;
//рассчет старших моментов
for (j = 0; j < Index; j++)
{
Peaks[i].SKO += (XJ[j] / SJ[j] - Peaks[i].Center) * (XJ[j] / SJ[j] - Peaks[i].Center) * SJ[j];
// Peaks[i].Skew += (XJ[j]/SJ[j]-Peaks[i].Center)*(XJ[j]/SJ[j]-Peaks[i].Center)*(XJ[j]/SJ[j]-Peaks[i].Center)*SJ[j];
// Peaks[i].Kurt += (XJ[j]/SJ[j]-Peaks[i].Center)*(XJ[j]/SJ[j]-Peaks[i].Center)*(XJ[j]/SJ[j]-Peaks[i].Center)*(XJ[j]/SJ[j]-Peaks[i].Center)*SJ[j];
}
Peaks[i].SKO = Math.Sqrt(Peaks[i].SKO / fPeakSum);
// Peaks[i].Skew = Peaks[i].Skew / fPeakSum;
// Peaks[i].Kurt = Peaks[i].Kurt / fPeakSum;
}
//отсеиваем пики с нулевыми центроидами или интенсивностью
WorkCount = 0;
for (i = 0; i < Count; i++)
{
if (Peaks[i].Extrem != 0 && Peaks[i].Resolution > 0 && Peaks[i].FWRL > 0 && Peaks[i].Center > 0 && Peaks[i].Value > 0)
{
Peaks[WorkCount] = Peaks[i];
WorkCount++;
}
}
Count = WorkCount;
Outs = Peaks;
return(Count);
}
