public void Test1()
{
var c = new Chromosome(ChromosomeEnum.Unknown);
Assert.AreEqual(ChromosomeEnum.Unknown, c.ChromosomeId);
Assert.AreEqual(0, c.Count);
var pack = new[] {Nucleotide.A, Nucleotide.G, Nucleotide.T, Nucleotide.C, Nucleotide.G};
c.AddRange(pack);
Assert.AreEqual(pack.Length, c.Count);
c.AddRange(pack);
Assert.AreEqual(pack.Length*2, c.Count);
var pack1 = c.GetPack(0, pack.Length);
var pack2 = c.GetPack(pack.Length, pack.Length);
var pack3 = c.GetPack(0, pack.Length*2);
CollectionAssert.AreEqual(pack, pack1);
CollectionAssert.AreEqual(pack1, pack2);
var tmpPath = "qwe.tmp";
File.Delete(tmpPath);
c.Serialize(tmpPath);
var c2 = Chromosome.Deserialize(tmpPath);
Assert.AreEqual(c.ChromosomeId, c2.ChromosomeId);
Assert.AreEqual(c.Count, c2.Count);
var tmp = new List<Nucleotide>();
var e = c.GetEnumerator();
while(e.MoveNext())
tmp.Add(e.Current);
var tmp2 = c2.GetPack(0, pack.Length*2).ToList();
CollectionAssert.AreEqual(tmp, tmp2);
}
public void ByElements()
{
for (var n = Nucleotide.A; n <= Nucleotide.C; n++)
{
var c = new Chromosome(ChromosomeEnum.Unknown);
c.AddRange(new []{n});
Assert.AreEqual(1, c.Count);
var pack = c.GetPack(0, 1);
Assert.AreEqual(1, pack.Length);
Assert.AreEqual(n, pack[0]);
}
}
public void ByRepeats()
{
for (var n = Nucleotide.A; n <= Nucleotide.C; n++)
{
var c = new Chromosome(ChromosomeEnum.Unknown);
for (int i = 1; i <= 10; i++)
{
c.AddRange(new[] {n});
Assert.AreEqual(i, c.Count);
var pack = c.GetPack(0, i);
Assert.AreEqual(i, pack.Length);
Assert.IsTrue(pack.All(p => p == n));
}
}
for (var n = Nucleotide.A; n <= Nucleotide.C; n++)
{
for (int i = 1; i <= 10; i++)
{
var c = new Chromosome(ChromosomeEnum.Unknown);
c.AddRange(Enumerable.Repeat(n, i).ToArray());
Assert.AreEqual(i, c.Count);
var pack = c.GetPack(0, i);
Assert.AreEqual(i, pack.Length);
Assert.IsTrue(pack.All(p => p == n));
}
}
var tmp = new List<Nucleotide>();
var cc = new Chromosome(ChromosomeEnum.Unknown);
for (int i = 0; i <= 10; i++)
for (var n = Nucleotide.A; n <= Nucleotide.C; n++)
{
cc.AddRange(new[] {n});
tmp.Add(n);
Assert.IsTrue(cc.Count >= i*4);
var pack = cc.GetPack(cc.Count-1, 1);
Assert.AreEqual(1, pack.Length);
Assert.AreEqual(n, pack[0]);
var pack2 = cc.GetPack(0, cc.Count);
CollectionAssert.AreEqual(tmp, pack2);
}
}
public static Chromosome GetChromosome(ChromosomeEnum id)
{
if (!Directory.Exists(DataRoot))
throw new DirectoryNotFoundException("Не найдена директория для данных. Она уже должна существовать.");
var chrDir = Path.Combine(DataRoot, ChromosomeFolder);
if (!Directory.Exists(chrDir))
Directory.CreateDirectory(chrDir);
var chrName = id.ToString().ToLower() + ".fa";
var chrPath = Path.Combine(chrDir, chrName);
if (File.Exists(chrPath + ".proto"))// файл есть
return Chromosome.Deserialize(chrPath + ".proto");
var chrPath2 = GetChromosomeFaPath(id);
Debug.Assert(chrPath2 == chrPath);
Console.WriteLine("Запускаем конвертацию во внутреннее представление файла " + chrPath + ", размер: " + new FileInfo(chrPath).Length + "B");
// конвертация файла в наш формат
var chr = new Chromosome(id);
bool isFirst = true;
foreach (var line in File.ReadLines(chrPath))
{
if (isFirst)
{
if(line != ">" + id.ToString().ToLower())
throw new Exception("Заголовок файла не верен: " + line);
isFirst = false;
continue;
}
chr.AddRange(line.Select(CharToNucleotide).ToArray());
}
Console.WriteLine("Конвертация завершена. Осталось только сериализовать для последующего испольования.");
// сериализация его
var serL = chr.Serialize(chrPath + ".proto");
Console.WriteLine("Хромосома в новом представлении сериализована. Размер: " + serL + "B");
return chr;
}
public void Trivial()
{
var c = new Chromosome(ChromosomeEnum.Unknown);
Assert.AreEqual(ChromosomeEnum.Unknown, c.ChromosomeId);
Assert.AreEqual(0, c.Count);
}
