void UseRevisedSwc()
{
Debug.Assert(param.revisedSwc != null);
//SWCの読み込み
ShowMessageWithoutNewline("load from swc... ");
var io = new DendriteIO();
var swc = io.LoadFromSWC(param.revisedSwc);
ShowTimeConsumption();
//主枝の抽出
ShowMessageWithoutNewline("extracting main dendrite... ");
ip.ExtractMainDendrite();
ShowTimeConsumption();
//側枝の抽出
ShowMessageWithoutNewline("extracting sub dendrites... ");
ip.ExtractSubDendrites();
ShowTimeConsumption();
// swcファイルのノードとmain_dendrite, sub_dendriteを対応付ける
ShowMessageWithoutNewline("relate swc node to images... ");
ip.RelateSwcNode(swc);
ShowTimeConsumption();
//補間するか否か
if (param.interporation)
{
//側枝の接続
ShowMessageWithoutNewline("connecting sub dendrites to main dendrite... ");
ip.ConnectSubDendritesToMainDendrite();
ShowTimeConsumption();
// 側枝と側枝を接続するか？
if (param.outputSub && param.combinateSubDendrites)
{
ShowMessageWithoutNewline("connecting sub dendrites to other sub dendrites... ");
ip.ConnectSubDendritesToOtherSubDendrites();
ShowTimeConsumption();
}
}
}
private void OutputSubDendrite()
{
DendriteIO io = new DendriteIO();
string rawFilename = Path.GetFileNameWithoutExtension(param.ofname);
string dirname = Path.Combine(Path.GetDirectoryName(param.ofname), rawFilename + "-sub");
if (Directory.Exists(dirname))
{
Directory.Delete(dirname, true);
}
Directory.CreateDirectory(dirname);
// 出力するファイル名の末尾の桁数
// ファイル名は0オリジンにするので .Count - 1 にしている
int digit = (NotMergedSubDendritesIdx.Count - 1).ToString().Length;
// 出力するファイル名の末尾のID
int sub_dendrite_id = 0;
// 独立して存在している（他のノードに併合されていない）側枝ノードを、体積降順で並べ替える
var orderByVolume = NotMergedSubDendritesIdx.OrderByDescending(x => sub_dendrites_volume[x]);
foreach (int sub_index in orderByVolume)
{
Dendrite sdendrite = sub_dendrites[sub_index];
IList <DendriteNode> edge = sdendrite.GetEdgeNodes();
sdendrite.ChangeRootNode(edge[0]);
string filename = CreateFileNameForSubDendriteIO(dirname, digit, sub_dendrite_id);
string path = Path.Combine(dirname, filename);
io.SaveToSWC(path, sdendrite);
sub_dendrite_id++;
if (param.outputVTK)
{
string vtkFilename = Path.ChangeExtension(filename, "vtk");
string vtkPath = Path.Combine(dirname, vtkFilename);
VtkWriter.SaveToVTKLegacy(vtkPath, sdendrite);
}
}
}
/// <summary>
/// 樹状突起構造をswcファイルに出力
/// </summary>
public void OutputDendrite()
{
DendriteIO io = new DendriteIO();
IList <DendriteNode> edge = main_dendrite.GetEdgeNodes();
main_dendrite.ChangeRootNode(edge.First());
SetSwcHeader(main_dendrite);
io.SaveToSWC(param.ofname, main_dendrite);
if (param.outputVTK)
{
string vtkFilename = Path.ChangeExtension(param.ofname, "vtk");
VtkWriter.SaveToVTKLegacy(vtkFilename, main_dendrite);
}
// sub_dendritesについても出力する（sub_dendritesのスムージング、ひげの除去には未対応)
if (param.outputSub)
{
OutputSubDendrite();
}
}
void UseRevisedSwc()
{
Debug.Assert(param.revisedSwc != null);
//SWCの読み込み
ShowMessageWithoutNewline("load from swc... ");
var io = new DendriteIO();
var swc = io.LoadFromSWC(param.revisedSwc);
ShowTimeConsumption();
//主枝の抽出
ShowMessageWithoutNewline("extracting main dendrite... ");
ip.ExtractMainDendrite();
ShowTimeConsumption();
//側枝の抽出
ShowMessageWithoutNewline("extracting sub dendrites... ");
ip.ExtractSubDendrites();
ShowTimeConsumption();
// swcファイルのノードとmain_dendrite, sub_dendriteを対応付ける
ShowMessageWithoutNewline("relate swc node to images... ");
ip.RelateSwcNode(swc);
ShowTimeConsumption();
//補間するか否か
if (param.interporation)
{
//側枝の接続
ShowMessageWithoutNewline("connecting sub dendrites to main dendrite... ");
ip.ConnectSubDendritesToMainDendrite();
ShowTimeConsumption();
// 側枝と側枝を接続するか？
if (param.outputSub && param.combinateSubDendrites)
{
ShowMessageWithoutNewline("connecting sub dendrites to other sub dendrites... ");
ip.ConnectSubDendritesToOtherSubDendrites();
ShowTimeConsumption();
}
}
}