Ejemplos de Peptide.TryGetChemicalFormula en C# (CSharp)

Ejemplo n.º 1

Archivo: Examples.cs Proyecto: yhayirsevertr/CSMSL

        private static void WritePeptideToConsole(Peptide peptide)
        {
            ChemicalFormula formula;

            peptide.TryGetChemicalFormula(out formula);
            Console.WriteLine("{0,-5} {1,-5} {2,-5}", peptide, formula, peptide.MonoisotopicMass);
        }

Ejemplo n.º 2

Archivo: PeptideTestFixture.cs Proyecto: yhayirsevertr/CSMSL

        public void PeptideMassTryptic()
        {
            ChemicalFormula formula = new ChemicalFormula("C37H66N12O21");
            ChemicalFormula formula2;

            _mockTrypticPeptide.TryGetChemicalFormula(out formula2);
            Assert.AreEqual(formula, formula2);
        }

Ejemplo n.º 3

Archivo: PeptideTestFixture.cs Proyecto: kmmbvnr/CSMSL

        public void EmptyPeptideFormulaIsH2O()
        {
            Peptide pepA = new Peptide();
            ChemicalFormula h2O = new ChemicalFormula("H2O");
            ChemicalFormula formulaB;
            pepA.TryGetChemicalFormula(out formulaB);

            Assert.AreEqual(h2O, formulaB);
        }

Ejemplo n.º 4

Archivo: PeptideTestFixture.cs Proyecto: yhayirsevertr/CSMSL

        public void ParseCTerminalNamedChemicalModification()
        {
            Peptide         peptide  = new Peptide("TTGSSSSSSSK-[Carbamidomethyl]");
            ChemicalFormula formulaA = new ChemicalFormula("C39H69N13O22");
            ChemicalFormula formulaB;

            peptide.TryGetChemicalFormula(out formulaB);

            Assert.AreEqual(formulaA, formulaB);
        }

Ejemplo n.º 5

Archivo: PeptideTestFixture.cs Proyecto: yhayirsevertr/CSMSL

        public void ParseCTerminalChemicalFormulaWithLastResidueMod()
        {
            Peptide         peptide  = new Peptide("TTGSSSSSSSK[H2O]-[C2H3NO]");
            ChemicalFormula formulaA = new ChemicalFormula("C39H71N13O23");
            ChemicalFormula formulaB;

            peptide.TryGetChemicalFormula(out formulaB);

            Assert.AreEqual(formulaA, formulaB);
        }

Ejemplo n.º 6

Archivo: PeptideTestFixture.cs Proyecto: yhayirsevertr/CSMSL

        public void ParseCTerminalChemicalFormula()
        {
            Peptide         peptide  = new Peptide("TTGSSSSSSSK-[C2H3NO]");
            ChemicalFormula formulaA = new ChemicalFormula("C39H69N13O22");
            ChemicalFormula formulaB;

            peptide.TryGetChemicalFormula(out formulaB);

            Assert.AreEqual(formulaA, formulaB);
        }

Ejemplo n.º 7

Archivo: PeptideTestFixture.cs Proyecto: yhayirsevertr/CSMSL

        public void EmptyPeptideFormulaIsH2O()
        {
            Peptide         pepA = new Peptide();
            ChemicalFormula h2O  = new ChemicalFormula("H2O");
            ChemicalFormula formulaB;

            pepA.TryGetChemicalFormula(out formulaB);

            Assert.AreEqual(h2O, formulaB);
        }

Ejemplo n.º 8

Archivo: PeptideTestFixture.cs Proyecto: yhayirsevertr/CSMSL

        public void PeptideMassGlycine()
        {
            Peptide         pep     = new Peptide("G");
            ChemicalFormula formula = new ChemicalFormula("C2H5NO2");
            ChemicalFormula formula2;

            pep.TryGetChemicalFormula(out formula2);

            Assert.AreEqual(formula, formula2);
        }

Ejemplo n.º 9

Archivo: PeptideTestFixture.cs Proyecto: yhayirsevertr/CSMSL

        public void ParseNAndCTerminalNamedChemicalModification()
        {
            Peptide         peptide  = new Peptide("[Carbamidomethyl]-TTGSSSSSSSK-[Carbamidomethyl]");
            ChemicalFormula formulaA = new ChemicalFormula("C41H72N14O23");
            ChemicalFormula formulaB;

            peptide.TryGetChemicalFormula(out formulaB);

            Assert.AreEqual(formulaA, formulaB);
        }

Ejemplo n.º 10

Archivo: PeptideTestFixture.cs Proyecto: yhayirsevertr/CSMSL

        public void ParseNAndCTerminalChemicalFormula()
        {
            Peptide         peptide  = new Peptide("[C2H3NO]-TTGSSSSSSSK-[C2H3NO]");
            ChemicalFormula formulaA = new ChemicalFormula("C41H72N14O23");
            ChemicalFormula formulaB;

            peptide.TryGetChemicalFormula(out formulaB);

            Assert.AreEqual(formulaA, formulaB);
        }

Ejemplo n.º 11

Archivo: PeptideTestFixture.cs Proyecto: kmmbvnr/CSMSL

        public void PeptideMassGlycine()
        {
            Peptide pep = new Peptide("G");
            ChemicalFormula formula = new ChemicalFormula("C2H5NO2");
            ChemicalFormula formula2;
            pep.TryGetChemicalFormula(out formula2);

            Assert.AreEqual(formula,formula2);
        }

Ejemplo n.º 12

Archivo: Examples.cs Proyecto: dbaileychess/CSMSL

 private static void WritePeptideToConsole(Peptide peptide)
 {
     ChemicalFormula formula;
     peptide.TryGetChemicalFormula(out formula);
     Console.WriteLine("{0,-5} {1,-5} {2,-5}", peptide, formula, peptide.MonoisotopicMass);
 }

Ejemplo n.º 13

Archivo: PeptideTestFixture.cs Proyecto: kmmbvnr/CSMSL

        public void ParseNTerminalNamedChemicalModification()
        {
            Peptide peptide = new Peptide("[Carbamidomethyl]-TTGSSSSSSSK");
            ChemicalFormula formulaA = new ChemicalFormula("C39H69N13O22");
            ChemicalFormula formulaB;
            peptide.TryGetChemicalFormula(out formulaB);

            Assert.AreEqual(formulaA, formulaB);
        }

Ejemplo n.º 14

Archivo: PeptideTestFixture.cs Proyecto: kmmbvnr/CSMSL

        public void ParseNTerminalChemicalFormula()
        {
            Peptide peptide = new Peptide("[C2H3NO]-TTGSSSSSSSK");
            ChemicalFormula formulaA = new ChemicalFormula("C39H69N13O22");
            ChemicalFormula formulaB;
            peptide.TryGetChemicalFormula(out formulaB);

            Assert.AreEqual(formulaA, formulaB);
        }

Ejemplo n.º 15

Archivo: PeptideTestFixture.cs Proyecto: kmmbvnr/CSMSL

        public void ParseNAndCTerminalNamedChemicalModification()
        {
            Peptide peptide = new Peptide("[Carbamidomethyl]-TTGSSSSSSSK-[Carbamidomethyl]");
            ChemicalFormula formulaA = new ChemicalFormula("C41H72N14O23");
            ChemicalFormula formulaB;
            peptide.TryGetChemicalFormula(out formulaB);

            Assert.AreEqual(formulaA, formulaB);
        }

Ejemplo n.º 16

Archivo: PeptideTestFixture.cs Proyecto: kmmbvnr/CSMSL

        public void ParseNAndCTerminalChemicalFormula()
        {
            Peptide peptide = new Peptide("[C2H3NO]-TTGSSSSSSSK-[C2H3NO]");
            ChemicalFormula formulaA = new ChemicalFormula("C41H72N14O23");
            ChemicalFormula formulaB;
            peptide.TryGetChemicalFormula(out formulaB);

            Assert.AreEqual(formulaA, formulaB);
        }

Ejemplo n.º 17

Archivo: PeptideTestFixture.cs Proyecto: kmmbvnr/CSMSL

        public void ParseCTerminalChemicalFormulaWithLastResidueMod()
        {
            Peptide peptide = new Peptide("TTGSSSSSSSK[H2O]-[C2H3NO]");
            ChemicalFormula formulaA = new ChemicalFormula("C39H71N13O23");
            ChemicalFormula formulaB;
            peptide.TryGetChemicalFormula(out formulaB);

            Assert.AreEqual(formulaA, formulaB);
        }