private static void Debug_DumpFilteringResults(PeaksFilterOutput r_min)
{
for (int ii = 0; ii < r_min.rated_heart_contraction_marks.Count; ++ii)
{
if (r_min.rated_heart_contraction_marks[ii].IntervalsCount < 2)
{
log4net.LogManager.GetLogger(typeof(PeaksFilter)).Debug("not so good heart contraction mark");
}
}
}
private static PeaksFilterOutput TryConvertAndRatePeaks(List <RatedContractionMark> src_hr_marks, double data_rate, double min_interval_length, double max_interval_length, double max_relative_delta, double ave, int i_first)
{
// начало трехшагового алгоритма извлечения качественных интервалов
var result = new PeaksFilterOutput(src_hr_marks);
// для быстрого обращения к полям объекта result...
var hrMarksToRate = result.rated_heart_contraction_marks;
var intervals = result.extracted_intervals;
double begin = 0, end = 0, interval = 0, delta, rdelta;
// пусть в самом начале предыдущий интервал будет равен среднему интервалу за весь период оценки
double prev_interval = ave;
bool bChecksPassed, rdelta_ok;
int i_begin, i_end;
// количество последовательных отбракованных интервалов по правилу относительного изменения длительности
int count_of_successive_failures_due_to_relative_change = 0;
// максимально допустимое количество таких отбраковок
// (при превышении делается возврат к началу серии и изменяются парметры)
int max_count_of_successive_failures_due_to_relative_change = 6;
bool in_step_back_mode = false;
var i_ends = new List <int>(10);
var i_ends_interval_ends = new Dictionary <int, double>(10);
// перебираем все обнаруженные метки сердечных сокращений
for (int i = i_first; i < hrMarksToRate.Count; ++i)
{
i_begin = i - 1;
i_end = i_begin + 1;
bChecksPassed = false;
// из нескольких интервалов, получаемых из сердечных сокращений № i..i+k,
// выбираем допустимые по абсолютному значению, а из них отбираем интервал,
// наиболее близкий к предыдущему значению
//
// если такой интервал не удовлетворяет ограничению на изменение относительно предыдущего интервала,
// сравниваем его величину со средним значением при том же ограничении на относительное изменение
rdelta_ok = true; // важно, чтобы r_delta было true если вылетаем из внутреннего while из-за абсолютного значения интервала
begin = hrMarksToRate[i_begin].Position / data_rate * 1000.0;
i_ends.Clear();
i_ends_interval_ends.Clear();
if (max_relative_delta < double.PositiveInfinity)
{
for (; i_end < hrMarksToRate.Count; ++i_end)
{
end = hrMarksToRate[i_end].Position / data_rate * 1000.0;
interval = end - begin;
if (interval < min_interval_length)
{
// пропускаем все отметки, дающие слишком короткие интервалы
continue;
}
if (interval > max_interval_length)
{
// получаются слишком длинные интервалы, прекращаем
break;
}
i_ends.Add(i_end);
i_ends_interval_ends[i_end] = end;
}
}
else
{
i_ends.Add(i_end);
i_ends_interval_ends.Add(i_end, hrMarksToRate[i_end].Position / data_rate * 1000.0);
}
if (0 == i_ends.Count)
{
// сердечных сокращений, отстоящих от begin на допустимое расстояние, не обнаружено
continue;
}
// для каждого из "подозрительных" интервалов считаем разницу между
// его величиной и величиной предыдущего интервала.
// интервал с минимальной разницей и есть наиболее "качественный" интервал.
double min_delta = double.MaxValue;
int min_index = -1;
for (int l = 0; l < i_ends_interval_ends.Count; ++l)
{
interval = i_ends_interval_ends[i_ends[l]] - begin;
delta = System.Math.Abs(prev_interval - interval);
if (delta < min_delta)
{
min_delta = delta;
min_index = l;
}
}
// работаем с наиболее вероятным сердечным сокращением
i_end = i_ends[min_index];
// оно соответствует времени (в мс):
end = i_ends_interval_ends[i_end];
// и дает интервал длительностью
interval = end - begin;
delta = System.Math.Abs(prev_interval - interval);
rdelta = delta / prev_interval;
// по приращению по отношению к предыдущему интервалу:
rdelta_ok = (rdelta <= max_relative_delta);
// по абсолютному значению оно обязано подходить, ибо получено из этого условия...
bool abs_val_ok = (interval >= min_interval_length) && (interval <= max_interval_length);
bChecksPassed = abs_val_ok && rdelta_ok;
// ok, оценим интервал -- по абсолютной величине и по отношению к предыдущему...
if (bChecksPassed)
{
// получили достоверный интервал
// пометим все сокращения между begin и end как недостоверные!
for (int j = i_begin + 1; j < i_end; ++j)
{
hrMarksToRate[i].Valid = false;
hrMarksToRate[i].IntervalsCount = 0;
}
hrMarksToRate[i_begin].Valid = true;
hrMarksToRate[i_end].Valid = true;
++hrMarksToRate[i_begin].IntervalsCount;
++hrMarksToRate[i_end].IntervalsCount;
count_of_successive_failures_due_to_relative_change = 0;
in_step_back_mode = false;
prev_interval = interval;
intervals.Add(new CardioInterval(begin, end, i_begin, i_end));
i = i_end;
}
else
{
// наиболее достоверный интервал недостоверен...
// что делать?
// бросаем (i-1)-ю метку сердечного сокращения и пытаемся сформировать интервал
// с i-й по i+1-ю метку и т.д.
// не удалось построить интервал из i-1-го сердечного сокращения
// помечаем его как недостоверное
hrMarksToRate[i_begin].Valid = false;
// Интервал был отбракован
if (rdelta_ok) // Из-за относительного изменения?
{
// нет, относительное изменение в порядке
count_of_successive_failures_due_to_relative_change = 0;
in_step_back_mode = false;
}
else
{
// да
// еще одно сердечное сокращение отфильтровано по правилу относительного изменения длительности
++count_of_successive_failures_due_to_relative_change;
}
// проверим количество интервалов отброшенных подряд из-за нарушения ограничений
// на относительное изменение длительности интервала
if (PeaksFilter.EnableStepBackOnSuccessiveFailures)
{
if (count_of_successive_failures_due_to_relative_change > max_count_of_successive_failures_due_to_relative_change)
{
// шаг назад (чтобы не зациклиться, делаем шаг назад только один раз)...
if (false == in_step_back_mode)
{
// запоминаем, что шаг назад уже сделан
in_step_back_mode = true;
// переходим к оценке изменения по среднему интервалу,
// а не по предыдущему, с которого все и началось
prev_interval = ave;
count_of_successive_failures_due_to_relative_change = 0;
// возвращаемся на max_count_of_successive_failures_due_to_relative_change сокращений назад
i = System.Math.Max(1, i - max_count_of_successive_failures_due_to_relative_change);
}
else
{
// если шаг назад уже сделали, то больше его не повторяем, чтобы не зациклиться!
}
}
}
}
} // for( i = ...
result.Update();
return(result);
}
/// <summary>
/// Создает из массива сердечных сокращений массив кардио-интервалов с указанием положения интервала
/// в записи в секундах.
/// При анализе учитываются возможные пропуски сердечных сокращений в областях некачественного сигнала.
///
/// После построения ряда сердечных сокращений с
/// </summary>
/// <param name="hr_marks_to_rate"></param>
/// <param name="data_rate"></param>
/// <param name="min_interval_length"></param>
/// <param name="max_interval_length"></param>
/// <param name="max_relative_delta">
/// Максимальное приращение относительно предыдущего или приближенного усредненного интервала, %%
/// Если значение параметра равно double.PositiveInfinity, фильтрация по относительному приращению не производится
/// </param>
/// <param name="signal">Сигнал, на основе которого определены моменты сердечных сокращений.
/// Может использоваться для оценки "качества" найденных сердечных сокращений</param>
/// <returns></returns>
/// <remarks>
///
/// 0. Предложние:
/// Выбрасываем сразу:
/// Все СС (сердечные сокращения), расстояние от которых до соседних сокращений меньше 1/3
/// минимально допустимого кардио-интервала?????
///
/// Зная средний интервал, можем строить предположения о качестве обнаруженных сердечных сокращений (СС).
///
/// 1. Например, если обнаружено (СС), образующее с
/// предыдущим СС интервал длительностью менее чем в 0.65 среднего интервала
/// и более чем на 30% короче предыдущего интервала, то можем предполагать,
/// что данное СС обнаружено в районе инцезуры (дикротической волны)
/// и его нужно "выбросить" из ряда сокращений, используемых для построения
/// ряда интервалов.
/// 1а. Если значение предыдущего интервала неизвестно (например, для первого интервала в ряду),
/// используем для оценки величину среднего интервала (получаем ее из всех интервалов в течение
/// записи, как "качественных", таки "некачественных" по критерию скрости изменения
/// (т.е. учитываем только интервалы, удовлетворяющие ограничениям на абсолютную величину интервала).
///
/// 2. Если некоторое сердечное сокращение было пропущено, то пытаемся найти
/// "валидный" интервал, используя в качестве начального и конечного СС
/// СС, предшествующий отброшенному и СС, следующие за отброшенным, предполагая
/// их "валидными" СС и проводя оценку валидности каждого из получившехся интервалов
/// с учетом правил отбраковки кардио-интервалов.
///
/// 3. Если по правилу (2) валидных интервалов получить не удается (величина получающихся
/// интервалов начинает превышать максимально допустимую), начинаем строить новый кардио-интервал,
/// считая моментом начального СС "отброшенное" СС, и переходим к пункту 1.
///
/// Предложение:
/// 4. Если фильтрация СС с учетом ограничений на относительное изменение длительности
/// интервалов дает слишком много (более T=6) недостоверных СС и (T-1) кардио-интервалов подряд,
/// предлагается делать T шагов назад (к первому СС из отброшенной серии) и оценить относительное
/// изменение длительности первого из серии отброшенных интервалов не по сравнению с предыдущим,
/// а по сравнению со средним значением за всю запись без отбраковки.
///
/// Для получения корректных результатов должно выполняться предположение о том, что количество
/// неотсеянных инцезур в исходном списке сердечных сокращений много меньше количества правильно
/// обнаруженных СС.
/// ///////////////////////////////////////////
/// </remarks>
public static PeaksFilterOutput ConvertPeaksToIntervalsWithRejectionAndRatePeaks(
List <RatedContractionMark> hr_marks_to_rate,
double data_rate,
double min_interval_length,
double max_interval_length,
double max_relative_delta,
ChannelData signal
)
{
if (hr_marks_to_rate.Count < 2)
{
throw new ArgumentException(strings.too_few_heart_contractions_detected_in_signal);
}
// перейдем от %% к долям от 1
max_relative_delta /= 100.0;
// вычисляем (приближенно) усредненную величину достоверного интервал с учетом ограничений
double ave = Estimate_AverageInterval(
hr_marks_to_rate,
data_rate,
min_interval_length,
max_interval_length,
max_relative_delta);
List <PeaksFilterOutput> results = new List <PeaksFilterOutput>(5);
int start = 1;
int max_retries = 1; // 5 -- этот подход подлежит дальнейшему изучению и уточнению, пока отключено
for (int i_first = start; i_first < System.Math.Min(start + max_retries, hr_marks_to_rate.Count); ++i_first)
{
PeaksFilterOutput r = TryConvertAndRatePeaks(hr_marks_to_rate, data_rate, min_interval_length, max_interval_length, max_relative_delta, ave, i_first);
results.Add(r);
double delta_ave = System.Math.Abs(r.average_cardio_interval - ave) / (0.5 * (r.average_cardio_interval + ave));
if ((delta_ave <= 0.1) || (double.PositiveInfinity == max_relative_delta))
{
Debug_DumpFilteringResults(r);
return(r);
}
}
// Если попали сюда, значит ни один из полученных наборов интервалов
// не укладывается в погрешность среднего в 10%. Необходимо выбрать
// наилучший результат из полученного набора
PeaksFilterOutput r_min = results[0];
double delta_r_min = System.Math.Abs(r_min.average_cardio_interval - ave) / (0.5 * (r_min.average_cardio_interval + ave));
for (int i = 1; i < results.Count; ++i)
{
double delta_r_i = System.Math.Abs(results[i].average_cardio_interval - ave) / (0.5 * (results[i].average_cardio_interval + ave));
if (delta_r_i < delta_r_min)
{
r_min = results[i];
delta_r_min = delta_r_i;
}
}
Debug_DumpFilteringResults(r_min);
return(r_min);
}
