/// <summary>
/// Связывание мицелл в ядре
/// </summary>
public static List <int[]> BoundMiccelCore(int aLength, int bLength, int amount,
double radius, double[,] miccel)
{
var bonds = new List <int[]>();
var bondsInMiccel = new List <int[]>();
var intermedBonds = new List <int[]>();
int maxBonds = 4;
// Запись первоначальных связей
for (int i = 0; i < miccel.GetLength(0); i++)
{
int first = i + 1;
int second = i + 2;
if (((i + 1) % (aLength + bLength)) != 0)
{
intermedBonds.Add(new int[] { first, second });
}
}
int allChains = FilmFormer.GetAllChainsInFilm(aLength + bLength, miccel);
// Идем по каждой цепи
for (int k = 0; k < allChains; k++)
{
// Идем по каждому биду внутри цепи k, принадлежащей ядру
for (int i = bLength - 1; i >= 0; i--)
{
int beadbonds = 0;
int index = k * (aLength + bLength) + aLength + i;
int first = index + 1;
for (int j = 0; j < intermedBonds.Count; j++)
{
if (intermedBonds[j][0] == first || intermedBonds[j][1] == first)
{
beadbonds++;
}
}
if (beadbonds > 3)
{
continue;
}
// Смотрим остальные биды внутри ядра , не принадлежащие цепи k
for (int j = 0; j < miccel.GetLength(0); j++)
{
if (beadbonds > 3)
{
break;
}
if (j < k * (aLength + bLength) || j >= (k + 1) * (aLength + bLength))
{
if (miccel[j, 3] == 1.01)
{
double distance = Math.Sqrt(Math.Pow(miccel[index, 0] - miccel[j, 0], 2) +
Math.Pow(miccel[index, 1] - miccel[j, 1], 2) +
Math.Pow(miccel[index, 2] - miccel[j, 2], 2));
if (distance <= radius)
{
int second = j + 1;
int secondBonds = 0;
bool hasElement = false;
for (int l = 0; l < intermedBonds.Count; l++)
{
if (intermedBonds[l][0] == second ||
intermedBonds[l][1] == second)
{
secondBonds++;
}
}
//for (int l = 0; l < interBondsPerAtom.Count; l++)
//{
// if (interBondsPerAtom[l][0] == j + 1)
// {
// hasElement = true;
// break;
// }
//}
if (!hasElement && secondBonds < maxBonds)
{
intermedBonds.Add(new int[] { first, second });
beadbonds++;
}
}
}
}
}
}
}
// Сортировка
for (int i = 0; i < miccel.GetLength(0); i++)
{
foreach (var c in intermedBonds)
{
if (c[0] == i + 1)
{
bondsInMiccel.Add(c);
}
}
}
// Запись
for (int a = 0; a < amount; a++)
{
for (int i = 0; i < bondsInMiccel.Count; i++)
{
bonds.Add(new int[] { bondsInMiccel[i][0] + a * miccel.GetLength(0),
bondsInMiccel[i][1] + a * miccel.GetLength(0) });
}
}
return(bonds);
}
public static List <MiccelData> ShiftAll(bool hasWalls, bool onlyPolymer, int density,
int xSize, int ySize, int zSize,
double xShift, double yShift, double zShift,
double[,] data)
{
var atoms = new List <MiccelData>();
// 0 Этап - смещение (если есть) всех частиц по координате
for (int i = 0; i < data.GetLength(0); i++)
{
data[i, 0] += xShift;
if (data[i, 0] <= -xSize / 2.0)
{
data[i, 0] = data[i, 0] + xSize;
}
if (data[i, 0] >= xSize / 2.0)
{
data[i, 0] = data[i, 0] - xSize;
}
}
for (int i = 0; i < data.GetLength(0); i++)
{
data[i, 1] += yShift;
if (data[i, 1] <= -ySize / 2.0)
{
data[i, 1] = data[i, 1] + ySize;
}
if (data[i, 1] >= ySize / 2.0)
{
data[i, 1] = data[i, 1] - ySize;
}
}
// 1 Этап - смещение по оси z с учетом наличия/отсутствия стенок
double coef = 0;
if (hasWalls)
{
double step = 1.0 / Math.Pow((double)density, 1.0 / 3.0);
coef = 0.8 * step;
}
//1.5 Этап - определение типа координат
bool onlyZPositive = true;
for (int i = 0; i < data.GetLength(0); i++)
{
if (data[i, 2] < 0.0)
{
onlyZPositive = false;
break;
}
}
for (int i = 0; i < data.GetLength(0); i++)
{
if (onlyZPositive)
{
data[i, 2] += zShift;
if (data[i, 2] <= coef)
{
data[i, 2] = data[i, 2] + zSize - 2 * coef;
}
if (data[i, 2] >= zSize - coef)
{
data[i, 2] = data[i, 2] - zSize + 2 * coef;
}
}
else
{
data[i, 2] += (zShift - zSize / 2.0);
if (data[i, 2] <= -zSize / 2.0 + coef)
{
data[i, 2] = data[i, 2] + zSize - 2 * coef;
}
if (data[i, 2] >= zSize / 2.0 - coef)
{
data[i, 2] = data[i, 2] - zSize + 2 * coef;
}
}
}
int maxcount = xSize * ySize * ySize * density;
for (int i = 0; i < maxcount; i++)
{
if (onlyPolymer)
{
if (data[i, 3].Equals(1.00) || data[i, 3].Equals(1.01) || data[i, 3].Equals(1.04))
{
atoms.Add(new MiccelData(data[i, 3], i + 1, data[i, 0], data[i, 1], data[i, 2]));
}
}
else
{
atoms.Add(new MiccelData(data[i, 3], i + 1, data[i, 0], data[i, 1], data[i, 2]));
}
}
if (hasWalls)
{
FilmFormer fFormer = new FilmFormer(xSize, ySize, zSize, density, data);
fFormer.AddWalls(atoms);
}
return(atoms);
}