/// <summary>
/// Computes the number of fragments in molecule given a SMARTS pattern
/// </summary>
/// <param name="mol"></param>
/// <param name="pattern">SMARTS pattern (string)</param>
/// <returns></returns>
public static int SmartPatternCount(this OBMol mol, string pattern)
{
var sp = new OBSmartsPattern();
sp.Init(pattern);
sp.Match(mol);
return(sp.GetUMapList().Count);
}
/// <summary>
/// Проверка соответствия молекулы паттерну.
/// </summary>
/// <param name="Mol"></param>
/// <param name="DB_Mol"></param>
/// <returns></returns>
private bool CheckMol(string Mol, string DB_Mol)
{
DataBase.Log($"Получены молекула {DB_Mol} и паттерн {Mol}");
DataBase.Log($"Формирование объектов для сравнения");
// Создаём объекты OpenBabel
OBSmartsPattern SP = null;
OBConversion obconv = null;
OBMol mol = null;
try
{
SP = new OBSmartsPattern();
obconv = new OBConversion();
obconv.SetInFormat("smi");
mol = new OBMol();
obconv.ReadString(mol, Mol);
obconv.SetOutFormat("smi");
DataBase.Log($"Объекты сформированы");
}
catch (Exception e)
{
DataBase.Log($"Объекты не сформированы: причина {e.Message}");
}
string Temp = obconv.WriteString(mol);
DataBase.Log($"Обработанный паттерн {Temp}");
if (!mol.DeleteHydrogens())
{
Console.WriteLine("DeleteHidrogens() failed!");
}
; //Убираем все водороды
DataBase.Log($"Водороды убраны");
string SubMol = System.Text.RegularExpressions.Regex.Replace(obconv.WriteString(mol), "[Hh ]", ""); //Убираем все водороды
SP.Init(SubMol); //Задаём структуру поиска в SMARTS
DataBase.Log($"Инициализация поиска по паттерну {SubMol}");
obconv.SetInFormat("smi");
obconv.ReadString(mol, DB_Mol); //Добавляем структуру из БД
SP.Match(mol); //Сравниваем
DataBase.Log($"Сравнение прошло");
VectorVecInt Vec = SP.GetUMapList();
DataBase.Log($"Число совпадений {Vec.Count}");
if (Vec.Count > 0)
{
return(true);
}
else
{
return(false);
}; //Возвращаем результат
}
public static VectorVecInt findcarboxylates(OBMol mol)
{
//finds carboxylates and returns a mapping, mapping must be initialized
OBSmartsPattern findcbxl = new OBSmartsPattern();
findcbxl.Init("[#8]=[#6](-[#8])-*"); //find the carboxylate
var mapping = new VectorVecInt();
findcbxl.Match(mol, mapping, OBSmartsPattern.MatchType.AllUnique);
return(mapping);
}
//functions for evaluating
public static bool findcarboxylates(OBMol mol, ref VectorVecInt mapping)
{
//finds carboxylates and returns a mapping, mapping must be initialized
OBSmartsPattern
findcbxl =
new OBSmartsPattern(); //initialization is sufficiently fast that we do not need to worry about initializing an obsmartspattern and keeping it around
findcbxl.Init("[#8]=[#6](-[#8])-*"); //find the carboxylate
return(findcbxl.Match(mol, mapping, OBSmartsPattern.MatchType.AllUnique));
}
/// <summary>
/// Проверка соответствия молекулы паттерну.
/// </summary>
/// <param name="Mol"></param>
/// <param name="DB_Mol"></param>
/// <returns></returns>
private bool CheckMol(string Mol, string DB_Mol)
{
// Создаём объекты OpenBabel
OBSmartsPattern SP = new OBSmartsPattern();
OBConversion obconv = new OBConversion();
obconv.SetInFormat("smi");
OBMol mol = new OBMol();
obconv.ReadString(mol, Mol);
obconv.SetOutFormat("smi");
string Temp = obconv.WriteString(mol);
if (!mol.DeleteHydrogens())
{
Console.WriteLine("DeleteHidrogens() failed!");
}
; //Убираем все водороды
string SubMol = System.Text.RegularExpressions.Regex.Replace(obconv.WriteString(mol), "[Hh ]", ""); //Убираем все водороды
SP.Init(SubMol); //Задаём структуру поиска в SMARTS
obconv.SetInFormat("smi");
obconv.ReadString(mol, DB_Mol); //Добавляем структуру из БД
SP.Match(mol); //Сравниваем
VectorVecInt Vec = SP.GetUMapList();
if (Vec.Count > 0)
{
return(true);
}
else
{
return(false);
}; //Возвращаем результат
}
