private void ProcessGroup(LcpTree interval)
{
var size = interval.Lcp; // размер совпадения
var cnt = interval.RightBound - interval.LeftBound + 1; // число совпавших
if (size < _minGroupSize || size > 100)
return;
Debug.Assert(cnt > 1);
// определим позиции совпавших кусков ДНК
var pos = new uint[cnt];
Array.Copy(_suftab, interval.LeftBound, pos, 0, cnt);
// определим сам совпавший кусок
var str = CutAndCheck(pos[0], size);
if (str == null)
return;
if (_elementGroups.Count > 0)
{
// проверим, не стоит ли слить с предыдущей группой
var last = _elementGroups.Last();
if (last.Count < cnt && str.Length < last.Chain.Length && str.SequenceEqual(last.Chain.Take(str.Length)))
{
_elementGroups[_elementGroups.Count-1] =new ElementGroup(str, pos);
return;
}
}
// сформируем группу и сохраним её
var group = new ElementGroup(str, pos);
_elementGroups.Add(group);
}
/// <summary>
/// Миша: уже заполнение хеш-таблицы childtab
/// </summary>
/// <param name="root"></param>
/// <param name="lcpIntervals"></param>
/// <param name="dictionary"></param>
private void BuildHashTableCustomStack(LcpTree root, List<Interval>[] lcpIntervals,
Dictionary<HashKey, LcpValue> dictionary)
{
var stack = new Stack<KeyValuePair<LcpTree, int>>();
stack.Push(new KeyValuePair<LcpTree, int>(root, 0));
while (stack.Count != 0)
{
var item = stack.Pop();
var tree = item.Key;
var childId = item.Value;
if (childId == 0)
{
lcpIntervals[tree.Lcp].Add(new Interval(tree.LeftBound, tree.RightBound));
AddInterval(tree, dictionary);
//AddSingleHashes(tree, dictionary);
}
if (tree.ChildList.Count > childId)
{
var childTree = tree.ChildList[childId];
stack.Push(new KeyValuePair<LcpTree, int>(tree, childId + 1));
stack.Push(new KeyValuePair<LcpTree, int>(childTree, 0));
}
}
}
/// <summary>
/// Добавляет в таблицу значение Хеш-Интервал ( начало - конец )
/// </summary>
/// <param name="interval"></param>
/// <param name="dic"></param>
private void AddInterval(LcpTree interval, Dictionary<HashKey, LcpValue> dic)
{
foreach (var child in interval.ChildList)
{
var id = _suftab[child.LeftBound] + interval.Lcp;
var hash = _hashes[id];
dic[new HashKey(hash, interval)] = new LcpValue(child);
}
AddSingleHashes(interval, dic);
}
/// <summary>
/// Добавляет значение хешей на одиночных интервалах ( когда конец и начало интервала одинаковы) в хештаблицу.
/// </summary>
private void AddSingleHashes(LcpTree interval, Dictionary<HashKey, LcpValue> hashTable)
{
var left = interval.LeftBound;
var right = interval.RightBound;
foreach (var c in interval.ChildList)
{
while (left < c.LeftBound)
{
var hash = _hashes[_suftab[left] + interval.Lcp];
hashTable[new HashKey(hash, interval.LeftBound, interval.RightBound)] =
new LcpValue((_hashesLength - (int)_suftab[left]) - 1, left, left);
left++;
}
left = c.RightBound + 1;
}
while (left <= right)
{
var hash = _hashes[_suftab[left] + interval.Lcp];
hashTable[new HashKey(hash, interval.LeftBound, interval.RightBound)] =
new LcpValue((_hashesLength - (int)_suftab[left]) - 1, left, left);
left++;
}
}
public LcpValue(LcpTree interval)
{
Lcp = interval.Lcp;
Left = interval.LeftBound;
Right = interval.RightBound;
}
