public static Chromosome GetChromosome(ChromosomeEnum chId)
{
const string srcBaseRoot = @"http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/";
const string dataFolder = "chromosomes";
var chIdStr = chId.ToString().ToLower();
if (!Directory.Exists(dataFolder))
Directory.CreateDirectory(dataFolder);
var protoPath = Path.Combine(dataFolder, chIdStr + ".proto");
if (File.Exists(protoPath)) // если уже есть заготовка, то берём её и не паримся
return Deserialize(protoPath);
// ищем локальную копию или подгружаем из инета
var fazName = chIdStr + ".fa.gz";
var d = new Downloader(srcBaseRoot + fazName, dataFolder);
var faPath = d.Get();
// вычитываем в своё представление
var sw = Stopwatch.StartNew();
var faReader = new FastaReader(faPath);
var chr = new Chromosome(chId);
foreach (var f in faReader.ReadFlow())
chr.AddRange(f.Select(ToNucleotide).ToArray());
Debug.Assert(faReader.Description == chIdStr);
Logs.Instance.Trace("FASTA to Chromosome converted, dt=" + sw.Elapsed.ToHuman() + ", " + chr.Count.ToHuman("pairs"));
chr.Serialize(protoPath);// сериализуем в свою заготовку на будущее
return chr;
}
private static Nucleotide ToNucleotide(FastaReader.FastaItem item)
{
switch (item)
{
case FastaReader.FastaItem.A:
case FastaReader.FastaItem.Alow:
return Nucleotide.A;
case FastaReader.FastaItem.T:
case FastaReader.FastaItem.Tlow:
return Nucleotide.T;
case FastaReader.FastaItem.G:
case FastaReader.FastaItem.Glow:
return Nucleotide.G;
case FastaReader.FastaItem.C:
case FastaReader.FastaItem.Clow:
return Nucleotide.C;
case FastaReader.FastaItem.Any:
return Nucleotide.Any;
default:
throw new NotSupportedException();
}
}
